Protein–RNA interactions for Protein: Q9NT62

ATG3, Ubiquitin-like-conjugating enzyme ATG3, humanhuman

Predictions only

Length 314 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ATG3Q9NT62 STX4-201ENST00000313843 1481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
ATG3Q9NT62 FOSL1-201ENST00000312562 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
ATG3Q9NT62 MAP2K5-204ENST00000395476 1689 ntTSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
ATG3Q9NT62 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
ATG3Q9NT62 HEXDC-202ENST00000337014 2285 ntTSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
ATG3Q9NT62 LINC01124-201ENST00000409786 2117 ntBASIC28.3■■■□□ 2.12
ATG3Q9NT62 CNIH2-201ENST00000311445 1356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
ATG3Q9NT62 MIR222HG-201ENST00000602461 1379 ntTSL 5 BASIC28.3■■■□□ 2.12
ATG3Q9NT62 CD58-203ENST00000457047 1328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
ATG3Q9NT62 RHOD-201ENST00000308831 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
ATG3Q9NT62 LARP6-202ENST00000344870 527 ntTSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
ATG3Q9NT62 MFSD11-216ENST00000590393 1141 ntBASIC28.3■■■□□ 2.12
ATG3Q9NT62 CORO1A-201ENST00000219150 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
ATG3Q9NT62 PDLIM3-203ENST00000284771 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
ATG3Q9NT62 ZFAND6-224ENST00000618205 1659 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.29■■■□□ 2.12
ATG3Q9NT62 LY6E-202ENST00000429120 1173 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
ATG3Q9NT62 MAGI2-AS3-209ENST00000448195 774 ntTSL 3 BASIC28.29■■■□□ 2.12
ATG3Q9NT62 ZNF717-203ENST00000477374 1169 ntTSL 2 BASIC28.29■■■□□ 2.12
ATG3Q9NT62 HAS1-203ENST00000594621 760 ntTSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
ATG3Q9NT62 CD24-202ENST00000610952 802 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.29■■■□□ 2.12
ATG3Q9NT62 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
ATG3Q9NT62 LRRC24-201ENST00000529415 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
ATG3Q9NT62 AP004608.1-201ENST00000531319 1402 ntTSL 2 BASIC28.28■■■□□ 2.12
ATG3Q9NT62 PYCR1-202ENST00000337943 1890 ntTSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
ATG3Q9NT62 PLEKHJ1-206ENST00000587962 1311 ntTSL 2 BASIC28.28■■■□□ 2.12
ATG3Q9NT62 AC096541.1-201ENST00000445070 1807 ntTSL 2 BASIC28.28■■■□□ 2.12
ATG3Q9NT62 ZNF561-AS1-205ENST00000588765 579 ntTSL 4 BASIC28.28■■■□□ 2.12
ATG3Q9NT62 GAMT-205ENST00000640762 751 ntTSL 5 BASIC28.28■■■□□ 2.12
ATG3Q9NT62 PACRGL-208ENST00000503585 1582 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.28■■■□□ 2.12
ATG3Q9NT62 C10orf95-201ENST00000625129 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
ATG3Q9NT62 CFD-201ENST00000327726 1201 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
ATG3Q9NT62 GPX1P1-201ENST00000388829 606 ntBASIC28.27■■■□□ 2.12
ATG3Q9NT62 PDXDC2P-202ENST00000527016 543 ntTSL 3 BASIC28.27■■■□□ 2.12
ATG3Q9NT62 AL355102.2-201ENST00000553811 600 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.27■■■□□ 2.12
ATG3Q9NT62 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
ATG3Q9NT62 FLOT1-201ENST00000376389 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
ATG3Q9NT62 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
ATG3Q9NT62 MDK-213ENST00000617138 635 ntTSL 2 BASIC28.26■■■□□ 2.11
ATG3Q9NT62 AL050303.2-201ENST00000619798 666 ntBASIC28.26■■■□□ 2.11
ATG3Q9NT62 C19orf67-203ENST00000548523 1427 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.26■■■□□ 2.11
ATG3Q9NT62 HSF1-201ENST00000400780 2105 ntTSL 5 BASIC28.25■■■□□ 2.11
ATG3Q9NT62 C7orf25-203ENST00000431882 1645 ntTSL 2 BASIC28.25■■■□□ 2.11
ATG3Q9NT62 GSTM3-202ENST00000361066 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
ATG3Q9NT62 RAB28-203ENST00000338176 1787 ntTSL 3 BASIC28.25■■■□□ 2.11
ATG3Q9NT62 KCTD5-201ENST00000301738 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
ATG3Q9NT62 RAMP1-203ENST00000404910 857 ntTSL 2 BASIC28.25■■■□□ 2.11
ATG3Q9NT62 TRNT1-207ENST00000420393 854 ntTSL 3 BASIC28.25■■■□□ 2.11
ATG3Q9NT62 SDR39U1-208ENST00000554698 1364 ntTSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
ATG3Q9NT62 CERKL-203ENST00000374969 1330 ntTSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
ATG3Q9NT62 TADA2B-204ENST00000512388 1343 ntTSL 5 BASIC28.24■■■□□ 2.11
ATG3Q9NT62 DHH-201ENST00000266991 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
ATG3Q9NT62 ABHD8-201ENST00000247706 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
ATG3Q9NT62 HMCES-203ENST00000417226 1490 ntTSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
ATG3Q9NT62 ARF3-202ENST00000447318 1089 ntTSL 2 BASIC28.24■■■□□ 2.11
ATG3Q9NT62 AC104187.1-201ENST00000607510 612 ntBASIC28.24■■■□□ 2.11
ATG3Q9NT62 SLC25A29-201ENST00000359232 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
ATG3Q9NT62 TBL2-222ENST00000610724 2165 ntTSL 5 BASIC28.24■■■□□ 2.11
ATG3Q9NT62 CASP9-203ENST00000375890 1351 ntTSL 2 BASIC28.24■■■□□ 2.11
ATG3Q9NT62 EPCAM-202ENST00000405271 1530 ntTSL 5 BASIC28.23■■■□□ 2.11
ATG3Q9NT62 AC005224.4-201ENST00000583262 1652 ntBASIC28.23■■■□□ 2.11
ATG3Q9NT62 WDR86-201ENST00000334493 2023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.23■■■□□ 2.11
ATG3Q9NT62 MRPL37-201ENST00000336230 1179 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
ATG3Q9NT62 SFTPC-205ENST00000521315 1046 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
ATG3Q9NT62 AL161421.1-201ENST00000619666 1101 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
ATG3Q9NT62 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
ATG3Q9NT62 TBX1-202ENST00000332710 2084 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
ATG3Q9NT62 BASP1-203ENST00000616743 1711 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.23■■■□□ 2.11
ATG3Q9NT62 ANTXR2-202ENST00000346652 1343 ntTSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
ATG3Q9NT62 DUSP8P3-201ENST00000399571 1760 ntBASIC28.22■■■□□ 2.11
ATG3Q9NT62 TMED4-205ENST00000481238 1755 ntTSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
ATG3Q9NT62 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
ATG3Q9NT62 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
ATG3Q9NT62 C19orf73-201ENST00000408991 744 ntAPPRIS P1 BASIC28.22■■■□□ 2.11
ATG3Q9NT62 IGFALS-203ENST00000568221 730 ntTSL 4 BASIC28.22■■■□□ 2.11
ATG3Q9NT62 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
ATG3Q9NT62 NPAS1-208ENST00000602212 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
ATG3Q9NT62 PLEKHA8-202ENST00000396257 1907 ntTSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
ATG3Q9NT62 CITED1-201ENST00000246139 1231 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
ATG3Q9NT62 AC142086.2-201ENST00000569753 217 ntBASIC28.21■■■□□ 2.11
ATG3Q9NT62 MAZ-216ENST00000616501 991 ntTSL 5 BASIC28.21■■■□□ 2.11
ATG3Q9NT62 SLC30A3-201ENST00000233535 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
ATG3Q9NT62 AL139125.2-201ENST00000623134 1869 ntBASIC28.21■■■□□ 2.11
ATG3Q9NT62 TMCC2-209ENST00000637895 1455 ntTSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
ATG3Q9NT62 GLT8D2-205ENST00000548660 1835 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.2■■■□□ 2.11
ATG3Q9NT62 SNRNP25-202ENST00000383018 1085 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
ATG3Q9NT62 HAGH-203ENST00000455446 1276 ntTSL 2 BASIC28.2■■■□□ 2.1
ATG3Q9NT62 AC044860.1-203ENST00000560811 844 ntTSL 3 BASIC28.2■■■□□ 2.1
ATG3Q9NT62 LOXL1-AS1-208ENST00000565756 885 ntTSL 2 BASIC28.2■■■□□ 2.1
ATG3Q9NT62 UTS2R-201ENST00000313135 1357 ntAPPRIS P1 BASIC28.2■■■□□ 2.1
ATG3Q9NT62 BCL2L12-212ENST00000616144 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
ATG3Q9NT62 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC28.19■■■□□ 2.1
ATG3Q9NT62 SERBP1-202ENST00000370990 1621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
ATG3Q9NT62 ABCB10P4-201ENST00000566803 2184 ntBASIC28.19■■■□□ 2.1
ATG3Q9NT62 ABHD12B-201ENST00000337334 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
ATG3Q9NT62 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC28.19■■■□□ 2.1
ATG3Q9NT62 DUX4L16-201ENST00000555130 1264 ntBASIC28.19■■■□□ 2.1
ATG3Q9NT62 SNAP23-214ENST00000567094 834 ntTSL 3 BASIC28.19■■■□□ 2.1
ATG3Q9NT62 DCTPP1-205ENST00000568973 878 ntTSL 2 BASIC28.19■■■□□ 2.1
ATG3Q9NT62 MFSD14C-203ENST00000602917 786 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
ATG3Q9NT62 LSM8-203ENST00000422760 1920 ntTSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.2 ms