Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 HNRNPAB-208ENST00000515193 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
VPS39Q96JC1 POLR2J3-220ENST00000613744 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
VPS39Q96JC1 TRIM54-202ENST00000380075 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
VPS39Q96JC1 EEF1D-203ENST00000419152 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
VPS39Q96JC1 AC133065.2-201ENST00000573379 2147 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
VPS39Q96JC1 CDK5-204ENST00000485972 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
VPS39Q96JC1 HADH-201ENST00000309522 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
VPS39Q96JC1 CREM-229ENST00000474362 1030 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
VPS39Q96JC1 CUL4A-209ENST00000488558 1111 ntTSL 3 BASIC21.85■■□□□ 1.09
VPS39Q96JC1 AC136475.3-202ENST00000534742 812 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
VPS39Q96JC1 AP001267.3-203ENST00000554407 579 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
VPS39Q96JC1 SPAG16-202ENST00000331683 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
VPS39Q96JC1 MADCAM1-205ENST00000613880 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
VPS39Q96JC1 RBMS1-205ENST00000409972 1815 ntTSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
VPS39Q96JC1 IQSEC3-201ENST00000382841 2701 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
VPS39Q96JC1 IDH2-202ENST00000540499 1453 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
VPS39Q96JC1 GRIN1-208ENST00000371561 5149 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
VPS39Q96JC1 GMPPB-202ENST00000308388 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
VPS39Q96JC1 SLC35F5-203ENST00000409342 2284 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
VPS39Q96JC1 CRYAA-201ENST00000291554 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
VPS39Q96JC1 MT1E-201ENST00000306061 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
VPS39Q96JC1 FOXP1-201ENST00000318779 843 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
VPS39Q96JC1 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
VPS39Q96JC1 TMEM151B-201ENST00000438774 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.84■■□□□ 1.09
VPS39Q96JC1 ATP11B-209ENST00000493826 963 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
VPS39Q96JC1 TBC1D22A-206ENST00000407381 1949 ntTSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
VPS39Q96JC1 MRPS2-202ENST00000371785 1640 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.84■■□□□ 1.09
VPS39Q96JC1 HES5-201ENST00000378453 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
VPS39Q96JC1 PDE5A-201ENST00000264805 3020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
VPS39Q96JC1 CNTD2-202ENST00000430325 1817 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
VPS39Q96JC1 PLPP7-202ENST00000372264 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
VPS39Q96JC1 NAXE-202ENST00000368234 901 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
VPS39Q96JC1 CLYBL-202ENST00000376354 1127 ntTSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
VPS39Q96JC1 CENPX-202ENST00000392359 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
VPS39Q96JC1 AC138028.2-201ENST00000440406 1539 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
VPS39Q96JC1 IQCJ-SCHIP1-203ENST00000476809 1780 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
VPS39Q96JC1 RAPH1-210ENST00000453034 2394 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
VPS39Q96JC1 BID-212ENST00000614949 1988 ntTSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.08
VPS39Q96JC1 SCAND1-202ENST00000373991 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
VPS39Q96JC1 TLX3-201ENST00000296921 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
VPS39Q96JC1 HOXD4-201ENST00000306324 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
VPS39Q96JC1 IRF3-207ENST00000593922 1494 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
VPS39Q96JC1 ZNF316-201ENST00000382252 5392 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.08
VPS39Q96JC1 IGFBP1-201ENST00000275525 1653 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
VPS39Q96JC1 AC090377.1-201ENST00000585691 1762 ntTSL 3 BASIC21.82■■□□□ 1.08
VPS39Q96JC1 CBLN3-201ENST00000267406 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
VPS39Q96JC1 RBAK-202ENST00000396912 6551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
VPS39Q96JC1 FAM120A-201ENST00000277165 5118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
VPS39Q96JC1 CCDC38-201ENST00000344280 2277 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
VPS39Q96JC1 PHLDB3-207ENST00000599242 2286 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
VPS39Q96JC1 TSPAN17-204ENST00000503045 1019 ntTSL 5 BASIC21.81■■□□□ 1.08
VPS39Q96JC1 CHTF8-205ENST00000519520 856 ntTSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
VPS39Q96JC1 AL117209.1-201ENST00000560931 828 ntTSL 3 BASIC21.81■■□□□ 1.08
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VPS39Q96JC1 AP002761.3-201ENST00000546324 1695 ntTSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
VPS39Q96JC1 MAGIX-207ENST00000615915 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
VPS39Q96JC1 AC092490.1-203ENST00000514568 1972 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
VPS39Q96JC1 FMR1-201ENST00000218200 4333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
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VPS39Q96JC1 RBPJL-202ENST00000372741 1636 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
VPS39Q96JC1 ANKRD44-204ENST00000409919 1622 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
VPS39Q96JC1 ANO8-201ENST00000159087 4152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
VPS39Q96JC1 DTNB-207ENST00000405222 2273 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
VPS39Q96JC1 USP21-202ENST00000368001 2095 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
VPS39Q96JC1 HAGHL-212ENST00000564537 1667 ntTSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
VPS39Q96JC1 NUDT18-201ENST00000611621 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
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VPS39Q96JC1 CA15P2-201ENST00000611168 834 ntBASIC21.8■■□□□ 1.08
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VPS39Q96JC1 SLCO3A1-202ENST00000424469 2705 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
VPS39Q96JC1 FBXW4P1-201ENST00000426721 2239 ntBASIC21.8■■□□□ 1.08
VPS39Q96JC1 LIMS2-201ENST00000324938 2111 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
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VPS39Q96JC1 CA9-204ENST00000617161 1374 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
VPS39Q96JC1 PWWP2A-205ENST00000523662 1819 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
VPS39Q96JC1 C14orf80-211ENST00000450383 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
VPS39Q96JC1 AC004540.2-202ENST00000451264 508 ntTSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
VPS39Q96JC1 OIP5-AS1-208ENST00000560706 473 ntTSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
VPS39Q96JC1 SLC16A10-206ENST00000612036 1231 ntTSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
VPS39Q96JC1 CNTFR-202ENST00000378980 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
VPS39Q96JC1 LENG1-201ENST00000222224 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
VPS39Q96JC1 MXRA8-203ENST00000445648 2001 ntTSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
VPS39Q96JC1 MFSD7-203ENST00000404286 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
VPS39Q96JC1 FAM47E-201ENST00000424749 1484 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
VPS39Q96JC1 BIN1-202ENST00000316724 2693 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
VPS39Q96JC1 TRH-201ENST00000302649 1978 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
VPS39Q96JC1 DBP-201ENST00000222122 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
VPS39Q96JC1 KRT16P3-201ENST00000439127 1283 ntBASIC21.78■■□□□ 1.08
VPS39Q96JC1 OR2A1-AS1-204ENST00000470435 602 ntBASIC21.78■■□□□ 1.08
VPS39Q96JC1 TMEM218-209ENST00000529583 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.78■■□□□ 1.08
VPS39Q96JC1 MIR222HG-202ENST00000602507 1758 ntTSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
VPS39Q96JC1 PCP4L1-201ENST00000504449 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
VPS39Q96JC1 DOC2A-218ENST00000616445 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
VPS39Q96JC1 SOHLH1-201ENST00000298466 1987 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
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