Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 CKMT1B-207ENST00000441322 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
USP53Q70EK8 HIST2H2AC-201ENST00000331380 390 ntAPPRIS P1 BASIC21.19■□□□□ 0.98
USP53Q70EK8 POLR3GL-201ENST00000369313 818 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
USP53Q70EK8 RASGRP2-203ENST00000377486 667 ntTSL 3 BASIC21.19■□□□□ 0.98
USP53Q70EK8 AC062017.1-203ENST00000413029 455 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
USP53Q70EK8 GLI4-201ENST00000340042 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
USP53Q70EK8 MRPL38-201ENST00000309352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
USP53Q70EK8 TSEN15-201ENST00000361641 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
USP53Q70EK8 TNFRSF10B-202ENST00000347739 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
USP53Q70EK8 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC21.18■□□□□ 0.98
USP53Q70EK8 SRPK3-204ENST00000370108 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
USP53Q70EK8 MAZ-201ENST00000219782 2698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
USP53Q70EK8 UCN-201ENST00000296099 795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
USP53Q70EK8 MAP6D1-201ENST00000318631 2111 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
USP53Q70EK8 MFF-208ENST00000409616 1247 ntTSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
USP53Q70EK8 BRD2-214ENST00000496118 735 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
USP53Q70EK8 DLX3-202ENST00000512495 834 ntTSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
USP53Q70EK8 AC145207.2-202ENST00000576554 565 ntTSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
USP53Q70EK8 TNFRSF11A-207ENST00000639222 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
USP53Q70EK8 ZFAND4-205ENST00000374371 2283 ntTSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
USP53Q70EK8 MEIOB-202ENST00000397344 1792 ntTSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
USP53Q70EK8 ASMT-202ENST00000381233 989 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
USP53Q70EK8 ASRGL1-210ENST00000534571 639 ntTSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
USP53Q70EK8 SLC35A3-213ENST00000638988 1286 ntTSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
USP53Q70EK8 LINC00969-219ENST00000453324 1439 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
USP53Q70EK8 UBE3C-209ENST00000611269 1866 ntTSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
USP53Q70EK8 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
USP53Q70EK8 TM9SF3-201ENST00000371142 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
USP53Q70EK8 NRXN1-205ENST00000401710 2873 ntTSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
USP53Q70EK8 CTBP1-203ENST00000382952 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
USP53Q70EK8 MIS18A-201ENST00000290130 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
USP53Q70EK8 ANKRD11-217ENST00000613312 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
USP53Q70EK8 TMEM268-202ENST00000374049 4578 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
USP53Q70EK8 MIR222HG-201ENST00000602461 1379 ntTSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
USP53Q70EK8 ORMDL1-202ENST00000392349 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
USP53Q70EK8 AC092675.2-201ENST00000413274 541 ntTSL 4 BASIC21.16■□□□□ 0.98
USP53Q70EK8 AC004528.2-201ENST00000610701 440 ntTSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
USP53Q70EK8 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
USP53Q70EK8 RAD9A-201ENST00000307980 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
USP53Q70EK8 PCYT2-201ENST00000331285 2147 ntTSL 2 BASIC21.16■□□□□ 0.98
USP53Q70EK8 MTMR14-202ENST00000351233 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
USP53Q70EK8 NPHS2-201ENST00000367615 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
USP53Q70EK8 DUSP8P5-201ENST00000422884 1815 ntBASIC21.15■□□□□ 0.98
USP53Q70EK8 PTP4A3-204ENST00000521578 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
USP53Q70EK8 SPOCK3-222ENST00000512681 1457 ntTSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
USP53Q70EK8 ARRDC1-AS1-201ENST00000371417 1409 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
USP53Q70EK8 RASD1-202ENST00000579152 1404 ntTSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
USP53Q70EK8 TALDO1-201ENST00000319006 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
USP53Q70EK8 MFSD7-201ENST00000322224 2123 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
USP53Q70EK8 TCTEX1D4-201ENST00000339355 763 ntAPPRIS P1 BASIC21.15■□□□□ 0.98
USP53Q70EK8 IL15RA-201ENST00000379971 588 ntTSL 3 BASIC21.15■□□□□ 0.98
USP53Q70EK8 PYCR3-203ENST00000433751 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
USP53Q70EK8 ADGRB1-202ENST00000517894 6241 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
USP53Q70EK8 FAM120B-204ENST00000625626 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
USP53Q70EK8 KLC1-201ENST00000246489 2294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
USP53Q70EK8 KLC1-224ENST00000557450 2265 ntTSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
USP53Q70EK8 CDC16-203ENST00000356221 2203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
USP53Q70EK8 MAF-202ENST00000393350 6384 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.14■□□□□ 0.98
USP53Q70EK8 CCDC151-203ENST00000591179 1943 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
USP53Q70EK8 GZMM-201ENST00000264553 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
USP53Q70EK8 PPCS-202ENST00000372560 793 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
USP53Q70EK8 SDHAP3-201ENST00000436493 736 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
USP53Q70EK8 AC068587.7-201ENST00000641602 218 ntBASIC21.14■□□□□ 0.97
USP53Q70EK8 CNPY3-201ENST00000372836 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
USP53Q70EK8 ERF-201ENST00000222329 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
USP53Q70EK8 HOXA10-206ENST00000613671 2175 ntTSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
USP53Q70EK8 IL15RA-204ENST00000379977 1626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
USP53Q70EK8 AZIN2-204ENST00000373443 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
USP53Q70EK8 GPR161-203ENST00000367836 1983 ntTSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
USP53Q70EK8 DIXDC1-205ENST00000529225 1945 ntTSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
USP53Q70EK8 AC009506.1-201ENST00000418474 1494 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
USP53Q70EK8 FRMD8-203ENST00000416776 1818 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
USP53Q70EK8 ZNF213-208ENST00000576416 2240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
USP53Q70EK8 HTATIP2-204ENST00000451739 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
USP53Q70EK8 IRX5-201ENST00000320990 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
USP53Q70EK8 RAMP2-201ENST00000253796 780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
USP53Q70EK8 AC087239.1-201ENST00000622671 572 ntBASIC21.13■□□□□ 0.97
USP53Q70EK8 AC096677.1-201ENST00000454651 1516 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
USP53Q70EK8 FBXW4-201ENST00000331272 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
USP53Q70EK8 HSF1-201ENST00000400780 2105 ntTSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
USP53Q70EK8 MAGI2-201ENST00000354212 6880 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
USP53Q70EK8 IQCJ-SCHIP1-201ENST00000412423 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
USP53Q70EK8 ENTPD5-206ENST00000556242 1437 ntTSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
USP53Q70EK8 MAP2K5-204ENST00000395476 1689 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
USP53Q70EK8 SPAG7-205ENST00000573366 1668 ntTSL 3 BASIC21.12■□□□□ 0.97
USP53Q70EK8 LDB1-201ENST00000361198 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
USP53Q70EK8 MME-202ENST00000382989 1319 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
USP53Q70EK8 AC135048.1-201ENST00000566056 1318 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
USP53Q70EK8 ZNF419-203ENST00000354197 1569 ntTSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
USP53Q70EK8 NFKBIB-201ENST00000313582 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
USP53Q70EK8 PHLDA3-201ENST00000367309 896 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
USP53Q70EK8 AC010141.3-201ENST00000456659 717 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
USP53Q70EK8 AC012313.1-203ENST00000597980 570 ntTSL 4 BASIC21.12■□□□□ 0.97
USP53Q70EK8 IMPDH1-210ENST00000480861 1765 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
USP53Q70EK8 SEC22C-207ENST00000423701 1458 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
USP53Q70EK8 AL391650.1-201ENST00000448923 1468 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
USP53Q70EK8 NFE2L3P1-201ENST00000588207 1959 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
USP53Q70EK8 C21orf2-203ENST00000397956 1634 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
USP53Q70EK8 DNAAF3-203ENST00000524407 2059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
USP53Q70EK8 SLC22A17-201ENST00000206544 2284 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.4 ms