Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 SAMD8-202ENST00000372690 1654 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP39Q53GS9 ZNF517-207ENST00000531720 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP39Q53GS9 ORAI3-204ENST00000566237 1393 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP39Q53GS9 ACYP2-201ENST00000303536 789 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP39Q53GS9 AC061979.1-201ENST00000532061 434 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP39Q53GS9 SEC11A-208ENST00000559729 1256 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP39Q53GS9 FIZ1-205ENST00000592585 489 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP39Q53GS9 RPS15-210ENST00000592623 873 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP39Q53GS9 REPS2-202ENST00000357277 7953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP39Q53GS9 RARA-202ENST00000394081 2285 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP39Q53GS9 MYBL1-204ENST00000522677 5192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP39Q53GS9 UNC50-204ENST00000409975 2172 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP39Q53GS9 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP39Q53GS9 SLC25A5-AS1-202ENST00000445759 1616 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP39Q53GS9 COX20-201ENST00000366528 568 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP39Q53GS9 PPCS-202ENST00000372560 793 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP39Q53GS9 AC099681.3-201ENST00000421500 939 ntTSL 4 BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP39Q53GS9 GABARAPL2-205ENST00000568455 646 ntTSL 3 BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP39Q53GS9 KCNQ5-208ENST00000414165 6236 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP39Q53GS9 NMI-201ENST00000243346 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP39Q53GS9 B3GNT4-201ENST00000324189 1642 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP39Q53GS9 TMEM121-201ENST00000392519 1532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
USP39Q53GS9 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
USP39Q53GS9 RBPMS2-201ENST00000300069 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
USP39Q53GS9 NXT1-201ENST00000254998 1123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
USP39Q53GS9 FNDC3B-204ENST00000421757 946 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
USP39Q53GS9 Z97986.1-201ENST00000565879 476 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
USP39Q53GS9 TMEM230-210ENST00000612323 1231 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
USP39Q53GS9 GXYLT1P5-201ENST00000614548 1189 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
USP39Q53GS9 RNF114-202ENST00000622920 1284 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
USP39Q53GS9 SCAND1-202ENST00000373991 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
USP39Q53GS9 GRK4-204ENST00000503518 2136 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
USP39Q53GS9 STK19-202ENST00000375333 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
USP39Q53GS9 NIPSNAP2-205ENST00000446778 1882 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
USP39Q53GS9 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
USP39Q53GS9 MXRA7-201ENST00000355797 5661 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
USP39Q53GS9 IQCJ-SCHIP1-201ENST00000412423 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
USP39Q53GS9 PEBP1-201ENST00000261313 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
USP39Q53GS9 PCSK1N-201ENST00000218230 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
USP39Q53GS9 AC073343.2-201ENST00000413182 548 ntTSL 4 BASIC22.15■■□□□ 1.14
USP39Q53GS9 CDCA4P2-201ENST00000441182 718 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
USP39Q53GS9 AC073111.5-205ENST00000641717 521 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
USP39Q53GS9 KCNIP1-203ENST00000390656 2249 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
USP39Q53GS9 PEX5-205ENST00000420616 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
USP39Q53GS9 PTH1R-207ENST00000449590 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
USP39Q53GS9 AUTS2-203ENST00000406775 5950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
USP39Q53GS9 B3GAT3-201ENST00000265471 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
USP39Q53GS9 URAD-201ENST00000332715 931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 STX7-201ENST00000367937 1090 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 HSCB-202ENST00000398941 955 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 EXD3-208ENST00000479452 962 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 AC092468.1-201ENST00000491321 562 ntTSL 4 BASIC22.14■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 ARHGAP24-206ENST00000503995 1273 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 DBI-210ENST00000542275 757 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 COX4I1-216ENST00000568794 794 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 TPRG1LP1-201ENST00000598702 760 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 CPNE2-202ENST00000535318 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 ADAM22-209ENST00000439864 2576 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 ACBD4-214ENST00000591859 1998 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 AP002761.3-201ENST00000546324 1695 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 SLC25A39-201ENST00000225308 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 USF3-203ENST00000491165 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 AC091230.1-202ENST00000564823 5356 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 SAMD4B-208ENST00000598913 2877 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 CACNA1H-202ENST00000358590 8069 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 FBXW4-201ENST00000331272 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 ANKS6-201ENST00000353234 7164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 ORMDL1-202ENST00000392349 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 NUDT14-202ENST00000392568 845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 AC026185.1-201ENST00000445748 174 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 SLC25A29-212ENST00000555927 960 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 AC091138.1-202ENST00000578967 457 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 KRT18P61-201ENST00000585825 1298 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 RAP2CP1-201ENST00000605103 478 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 AP001160.5-201ENST00000636508 485 ntAPPRIS P1 BASIC22.13■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 NPAS1-208ENST00000602212 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 PON2-218ENST00000633531 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 BCL2L12-212ENST00000616144 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 PON2-217ENST00000633192 1876 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 ZFAND4-205ENST00000374371 2283 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 ACTR1B-201ENST00000289228 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 DAZAP1-201ENST00000233078 2160 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 CTDSPL-206ENST00000443503 4640 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 EI24-213ENST00000618552 1747 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 ABHD6-205ENST00000478253 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 SMCO4-201ENST00000298966 1104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 IZUMO4-203ENST00000395307 944 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 ABHD14A-202ENST00000458031 1113 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 AP001363.2-201ENST00000538101 391 ntTSL 3 BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 SEPT4-215ENST00000580809 952 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 AC012313.1-203ENST00000597980 570 ntTSL 4 BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 BID-214ENST00000617586 542 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 DACT3-202ENST00000391916 2834 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 HNF4A-205ENST00000443598 1603 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 FAM167A-204ENST00000528897 1620 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 ATP5G2-208ENST00000552242 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 EPS8L1-205ENST00000586329 2130 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.7 ms