Protein–RNA interactions for Protein: Q3LFD5

USP41, Putative ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 41, humanhuman

Predictions only

Length 358 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP41Q3LFD5 USP45-205ENST00000472914 1617 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
USP41Q3LFD5 NAE1-202ENST00000359087 1825 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
USP41Q3LFD5 ADARB2-202ENST00000381310 1810 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
USP41Q3LFD5 HSF1-201ENST00000400780 2105 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
USP41Q3LFD5 R3HDM4-203ENST00000587975 1765 ntTSL 3 BASIC23.33■■□□□ 1.33
USP41Q3LFD5 MAP2K5-204ENST00000395476 1689 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
USP41Q3LFD5 PRR7-201ENST00000323249 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
USP41Q3LFD5 SOCS1-201ENST00000332029 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
USP41Q3LFD5 COX20-201ENST00000366528 568 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
USP41Q3LFD5 GABARAPL2-205ENST00000568455 646 ntTSL 3 BASIC23.33■■□□□ 1.33
USP41Q3LFD5 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.33■■□□□ 1.32
USP41Q3LFD5 EPCAM-202ENST00000405271 1530 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.32
USP41Q3LFD5 DTNB-206ENST00000404103 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.32
USP41Q3LFD5 GRK4-204ENST00000503518 2136 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
USP41Q3LFD5 KRTAP17-1-201ENST00000334202 779 ntAPPRIS P1 BASIC23.32■■□□□ 1.32
USP41Q3LFD5 OLFM1-206ENST00000371799 961 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
USP41Q3LFD5 AC092468.1-201ENST00000491321 562 ntTSL 4 BASIC23.32■■□□□ 1.32
USP41Q3LFD5 KRT18P61-201ENST00000585825 1298 ntBASIC23.32■■□□□ 1.32
USP41Q3LFD5 AP001160.5-201ENST00000636508 485 ntAPPRIS P1 BASIC23.32■■□□□ 1.32
USP41Q3LFD5 TMEM185B-201ENST00000426077 2131 ntAPPRIS P1 BASIC23.32■■□□□ 1.32
USP41Q3LFD5 GLT8D2-205ENST00000548660 1835 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
USP41Q3LFD5 STX4-201ENST00000313843 1481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
USP41Q3LFD5 ATAD3B-201ENST00000308647 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
USP41Q3LFD5 ZNRF1-201ENST00000320619 2479 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
USP41Q3LFD5 ADAMTS13-204ENST00000371911 1155 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
USP41Q3LFD5 AL032819.3-201ENST00000640283 925 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
USP41Q3LFD5 TMEM121-201ENST00000392519 1532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
USP41Q3LFD5 GPR161-203ENST00000367836 1983 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
USP41Q3LFD5 DENND2D-202ENST00000369752 1894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
USP41Q3LFD5 RBM42-203ENST00000588161 1609 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
USP41Q3LFD5 PIKFYVE-203ENST00000392202 2039 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
USP41Q3LFD5 C16orf86-201ENST00000403458 1267 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
USP41Q3LFD5 FAM66D-201ENST00000434078 918 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
USP41Q3LFD5 FGF12-AS2-201ENST00000443165 580 ntTSL 4 BASIC23.3■■□□□ 1.32
USP41Q3LFD5 PTH1R-201ENST00000313049 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
USP41Q3LFD5 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
USP41Q3LFD5 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
USP41Q3LFD5 ID2-201ENST00000234091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
USP41Q3LFD5 AP004607.4-201ENST00000530158 1459 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
USP41Q3LFD5 ADSS-201ENST00000366535 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
USP41Q3LFD5 RPS6-203ENST00000380384 1355 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
USP41Q3LFD5 UCHL1-201ENST00000284440 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
USP41Q3LFD5 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
USP41Q3LFD5 AC006015.1-201ENST00000429970 570 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
USP41Q3LFD5 UCHL1-210ENST00000512788 785 ntTSL 3 BASIC23.29■■□□□ 1.32
USP41Q3LFD5 AC137761.2-201ENST00000561729 223 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
USP41Q3LFD5 AC145350.3-201ENST00000569033 163 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
USP41Q3LFD5 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
USP41Q3LFD5 RASL12-202ENST00000421977 1523 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
USP41Q3LFD5 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
USP41Q3LFD5 IMPDH1-210ENST00000480861 1765 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
USP41Q3LFD5 NEDD8-201ENST00000250495 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
USP41Q3LFD5 AC016769.1-201ENST00000409132 1010 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
USP41Q3LFD5 EN1-201ENST00000295206 2457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
USP41Q3LFD5 LACTBL1-201ENST00000426928 1641 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
USP41Q3LFD5 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
USP41Q3LFD5 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
USP41Q3LFD5 ST3GAL4-202ENST00000356132 1745 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
USP41Q3LFD5 RAD9A-201ENST00000307980 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
USP41Q3LFD5 AC004854.2-201ENST00000608450 1441 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
USP41Q3LFD5 HNF4A-205ENST00000443598 1603 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
USP41Q3LFD5 RAMP2-201ENST00000253796 780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
USP41Q3LFD5 AL021707.1-201ENST00000416406 500 ntTSL 3 BASIC23.27■■□□□ 1.32
USP41Q3LFD5 AP003071.3-201ENST00000562506 366 ntTSL 3 BASIC23.27■■□□□ 1.32
USP41Q3LFD5 AC127029.2-201ENST00000577329 502 ntTSL 3 BASIC23.27■■□□□ 1.32
USP41Q3LFD5 RPS15-210ENST00000592623 873 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
USP41Q3LFD5 PPP1R12B-202ENST00000356764 1687 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
USP41Q3LFD5 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
USP41Q3LFD5 PITX1-205ENST00000506438 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
USP41Q3LFD5 ZNF837-202ENST00000597582 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
USP41Q3LFD5 PCOLCE2-201ENST00000295992 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
USP41Q3LFD5 JSRP1-201ENST00000300961 1138 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
USP41Q3LFD5 BCKDHB-203ENST00000369760 743 ntTSL 3 BASIC23.26■■□□□ 1.31
USP41Q3LFD5 AC099681.3-201ENST00000421500 939 ntTSL 4 BASIC23.26■■□□□ 1.31
USP41Q3LFD5 DUSP8P3-201ENST00000399571 1760 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
USP41Q3LFD5 ILKAP-211ENST00000612675 1335 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
USP41Q3LFD5 RAB24-202ENST00000303270 1385 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
USP41Q3LFD5 IGFBP1-201ENST00000275525 1653 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
USP41Q3LFD5 AC138649.1-201ENST00000619611 1449 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
USP41Q3LFD5 RCC2-201ENST00000375433 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
USP41Q3LFD5 NFKBID-201ENST00000396901 1834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
USP41Q3LFD5 NFKBID-211ENST00000641389 1834 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
USP41Q3LFD5 STYXL1-204ENST00000360591 1127 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
USP41Q3LFD5 LRRC3C-201ENST00000377924 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.25■■□□□ 1.31
USP41Q3LFD5 SMIM12-202ENST00000423898 897 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
USP41Q3LFD5 AP002748.1-201ENST00000504911 580 ntTSL 3 BASIC23.25■■□□□ 1.31
USP41Q3LFD5 HSD17B14-204ENST00000599157 991 ntTSL 3 BASIC23.25■■□□□ 1.31
USP41Q3LFD5 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
USP41Q3LFD5 CCR10-203ENST00000591765 1942 ntTSL 3 BASIC23.25■■□□□ 1.31
USP41Q3LFD5 MPND-202ENST00000359935 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
USP41Q3LFD5 TMCC2-209ENST00000637895 1455 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
USP41Q3LFD5 ZPBP2-201ENST00000348931 1543 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
USP41Q3LFD5 STX7-201ENST00000367937 1090 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
USP41Q3LFD5 ID1-201ENST00000376105 1233 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
USP41Q3LFD5 DBI-210ENST00000542275 757 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
USP41Q3LFD5 AC080038.1-201ENST00000611274 1154 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
USP41Q3LFD5 CPT2-209ENST00000636935 803 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
USP41Q3LFD5 PDLIM3-203ENST00000284771 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
USP41Q3LFD5 CERS4-205ENST00000558331 1803 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
USP41Q3LFD5 DIXDC1-205ENST00000529225 1945 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.3 ms