Protein–RNA interactions for Protein: Q3L8U1

CHD9, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 9, humanhuman

Predictions only

Length 2,897 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD9Q3L8U1 POLD2-207ENST00000452185 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
CHD9Q3L8U1 ARHGEF9-210ENST00000623517 2143 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
CHD9Q3L8U1 PYURF-201ENST00000273968 1361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
CHD9Q3L8U1 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
CHD9Q3L8U1 KRT18P29-201ENST00000397031 1267 ntBASIC23.51■■□□□ 1.35
CHD9Q3L8U1 HMX1-202ENST00000506970 651 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
CHD9Q3L8U1 GNAS-201ENST00000265620 1866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
CHD9Q3L8U1 AC007326.4-201ENST00000638240 1669 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
CHD9Q3L8U1 RWDD4-206ENST00000512740 1393 ntTSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
CHD9Q3L8U1 OXCT2-201ENST00000327582 1826 ntAPPRIS P1 BASIC23.5■■□□□ 1.35
CHD9Q3L8U1 AK2-201ENST00000354858 1021 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
CHD9Q3L8U1 AP006621.1-202ENST00000528982 464 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
CHD9Q3L8U1 AC005697.1-201ENST00000582441 582 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.5■■□□□ 1.35
CHD9Q3L8U1 AC083880.1-201ENST00000608266 535 ntBASIC23.5■■□□□ 1.35
CHD9Q3L8U1 KCNQ2-201ENST00000344425 1426 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
CHD9Q3L8U1 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
CHD9Q3L8U1 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
CHD9Q3L8U1 ABHD14A-204ENST00000491470 674 ntTSL 3 BASIC23.5■■□□□ 1.35
CHD9Q3L8U1 DHRS4-207ENST00000559632 1003 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
CHD9Q3L8U1 MBD3L1-202ENST00000595891 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
CHD9Q3L8U1 GUK1-209ENST00000366730 937 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC23.49■■□□□ 1.35
CHD9Q3L8U1 APTR-203ENST00000430801 583 ntTSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
CHD9Q3L8U1 SLC7A5P1-201ENST00000568957 537 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
CHD9Q3L8U1 PLAGL1-207ENST00000417959 1645 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
CHD9Q3L8U1 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
CHD9Q3L8U1 DUSP5P2-201ENST00000426873 1033 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
CHD9Q3L8U1 AC012645.1-201ENST00000515455 1650 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
CHD9Q3L8U1 AL596275.1-201ENST00000423464 877 ntBASIC23.48■■□□□ 1.35
CHD9Q3L8U1 ENTPD4-201ENST00000356206 2097 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
CHD9Q3L8U1 ENTPD4-203ENST00000417069 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
CHD9Q3L8U1 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
CHD9Q3L8U1 GSEC-202ENST00000629441 1572 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
CHD9Q3L8U1 NAA60-204ENST00000421765 1045 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
CHD9Q3L8U1 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CHD9Q3L8U1 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
CHD9Q3L8U1 CDX1-201ENST00000231656 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CHD9Q3L8U1 AL365295.1-202ENST00000456100 562 ntTSL 4 BASIC23.47■■□□□ 1.35
CHD9Q3L8U1 LIMD2-202ENST00000578061 756 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
CHD9Q3L8U1 MAGIX-202ENST00000595224 1238 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
CHD9Q3L8U1 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
CHD9Q3L8U1 SAMD8-202ENST00000372690 1654 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CHD9Q3L8U1 XPA-201ENST00000375128 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CHD9Q3L8U1 BDH1-207ENST00000441275 1605 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
CHD9Q3L8U1 CRIP2-202ENST00000483017 1176 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
CHD9Q3L8U1 ULK4P1-204ENST00000565949 721 ntTSL 4 BASIC23.47■■□□□ 1.35
CHD9Q3L8U1 AC005789.1-201ENST00000585411 297 ntTSL 3 BASIC23.47■■□□□ 1.35
CHD9Q3L8U1 ZNF419-203ENST00000354197 1569 ntTSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
CHD9Q3L8U1 CMTM8-202ENST00000458535 996 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
CHD9Q3L8U1 TMEM9-209ENST00000485839 938 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
CHD9Q3L8U1 NDUFS3-207ENST00000529276 558 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
CHD9Q3L8U1 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
CHD9Q3L8U1 CREB3L3-202ENST00000595923 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
CHD9Q3L8U1 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
CHD9Q3L8U1 SDR39U1-208ENST00000554698 1364 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
CHD9Q3L8U1 AC044860.1-201ENST00000560756 1160 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
CHD9Q3L8U1 TYMP-202ENST00000395678 1614 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
CHD9Q3L8U1 AC004687.1-201ENST00000579003 1625 ntBASIC23.46■■□□□ 1.35
CHD9Q3L8U1 UBE2E3-201ENST00000392415 1347 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.46■■□□□ 1.35
CHD9Q3L8U1 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
CHD9Q3L8U1 NOXO1-203ENST00000397280 1147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
CHD9Q3L8U1 AC105036.2-201ENST00000569468 176 ntBASIC23.46■■□□□ 1.35
CHD9Q3L8U1 GTPBP3-202ENST00000358792 1951 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.35
CHD9Q3L8U1 AC009506.1-201ENST00000418474 1494 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.35
CHD9Q3L8U1 RAC1-202ENST00000356142 907 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
CHD9Q3L8U1 PARP1-202ENST00000366792 553 ntTSL 3 BASIC23.45■■□□□ 1.34
CHD9Q3L8U1 PEX26-203ENST00000428061 815 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
CHD9Q3L8U1 CAVIN3-203ENST00000530979 957 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
CHD9Q3L8U1 PXK-203ENST00000383715 1756 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
CHD9Q3L8U1 MRPL39-201ENST00000307301 1199 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
CHD9Q3L8U1 MRPL39-202ENST00000352957 1110 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CHD9Q3L8U1 LGALS7-201ENST00000378626 466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CHD9Q3L8U1 CASP6-205ENST00000505486 538 ntTSL 4 BASIC23.44■■□□□ 1.34
CHD9Q3L8U1 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CHD9Q3L8U1 ARRDC1-AS1-201ENST00000371417 1409 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CHD9Q3L8U1 BRI3-207ENST00000539286 699 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
CHD9Q3L8U1 TNNI3-207ENST00000588882 669 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
CHD9Q3L8U1 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CHD9Q3L8U1 SERBP1-202ENST00000370990 1621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CHD9Q3L8U1 FAM185A-201ENST00000409231 1446 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CHD9Q3L8U1 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CHD9Q3L8U1 ACOT1-201ENST00000311148 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CHD9Q3L8U1 EIF4E3-203ENST00000421769 777 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CHD9Q3L8U1 AC133041.1-202ENST00000642053 222 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
CHD9Q3L8U1 MVB12A-212ENST00000543795 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CHD9Q3L8U1 PET100-202ENST00000594797 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CHD9Q3L8U1 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CHD9Q3L8U1 PACRGL-201ENST00000295290 1937 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CHD9Q3L8U1 TCP1-202ENST00000392168 1878 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CHD9Q3L8U1 AC100835.1-201ENST00000565737 498 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CHD9Q3L8U1 PLEKHF1-204ENST00000592810 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CHD9Q3L8U1 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CHD9Q3L8U1 P2RX2-201ENST00000343948 1494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CHD9Q3L8U1 ROGDI-201ENST00000322048 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CHD9Q3L8U1 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CHD9Q3L8U1 EDA-210ENST00000527388 927 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CHD9Q3L8U1 FAM32A-205ENST00000589852 1168 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CHD9Q3L8U1 KLHDC9-201ENST00000368011 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CHD9Q3L8U1 ZNF346-203ENST00000503425 1191 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CHD9Q3L8U1 ZNF324-202ENST00000535298 1006 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CHD9Q3L8U1 AC106820.5-201ENST00000566085 789 ntTSL 3 BASIC23.42■■□□□ 1.34
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