Protein–RNA interactions for Protein: P43246

MSH2, DNA mismatch repair protein Msh2, humanhuman

Predictions only

Length 934 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSH2P43246 RASGRP1-204ENST00000539159 5021 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
MSH2P43246 PAQR6-202ENST00000335852 2117 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
MSH2P43246 LINC01960-201ENST00000563759 1884 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
MSH2P43246 AC105935.1-201ENST00000424174 422 ntTSL 3 BASIC22.12■■□□□ 1.13
MSH2P43246 AC053527.1-201ENST00000502790 685 ntTSL 3 BASIC22.12■■□□□ 1.13
MSH2P43246 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC22.12■■□□□ 1.13
MSH2P43246 ST3GAL4-215ENST00000532243 1825 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
MSH2P43246 C16orf58-209ENST00000567994 1845 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
MSH2P43246 ZNF503-AS2-202ENST00000466942 1430 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
MSH2P43246 PEX10-202ENST00000447513 1997 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
MSH2P43246 CDK5-204ENST00000485972 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
MSH2P43246 CNNM4-201ENST00000377075 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
MSH2P43246 TFAP2A-202ENST00000379608 2576 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
MSH2P43246 AC005703.6-201ENST00000623265 1329 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
MSH2P43246 CTU2-201ENST00000312060 1672 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
MSH2P43246 MXRA8-203ENST00000445648 2001 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
MSH2P43246 FADS6-204ENST00000614223 2044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
MSH2P43246 PUF60-203ENST00000453551 1842 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
MSH2P43246 DACH1-201ENST00000611519 4789 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
MSH2P43246 C7orf25-201ENST00000350427 2451 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
MSH2P43246 AC243829.1-202ENST00000618848 486 ntTSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
MSH2P43246 TBC1D22A-206ENST00000407381 1949 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
MSH2P43246 ZIM2-201ENST00000593711 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
MSH2P43246 ZDHHC8P1-201ENST00000255890 2382 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
MSH2P43246 LOXL1-201ENST00000261921 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
MSH2P43246 DENND2D-202ENST00000369752 1894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
MSH2P43246 PMS1-222ENST00000639501 2506 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
MSH2P43246 NKX6-1-202ENST00000515820 2194 ntTSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
MSH2P43246 ZNF669-201ENST00000343381 1951 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
MSH2P43246 ING1-201ENST00000333219 5119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
MSH2P43246 PTDSS2-201ENST00000308020 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
MSH2P43246 COMT-206ENST00000407537 1457 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
MSH2P43246 CACNG6-203ENST00000352529 1635 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
MSH2P43246 GPR143-203ENST00000467482 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
MSH2P43246 GTPBP6-201ENST00000326153 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
MSH2P43246 ANKRD19P-205ENST00000473204 2370 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
MSH2P43246 GRIN1-208ENST00000371561 5149 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
MSH2P43246 LINC01116-201ENST00000295549 1407 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
MSH2P43246 SENP5-202ENST00000419026 973 ntTSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
MSH2P43246 AC233992.2-201ENST00000531225 1596 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
MSH2P43246 AC009086.3-201ENST00000623486 1008 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
MSH2P43246 ARHGEF25-201ENST00000286494 2552 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
MSH2P43246 FAM19A4-201ENST00000295569 2292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
MSH2P43246 ARHGAP5-203ENST00000396582 5786 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
MSH2P43246 TRADD-202ENST00000486556 1833 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
MSH2P43246 LOXL1-AS1-210ENST00000567257 2358 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
MSH2P43246 INAFM2-202ENST00000638170 3052 ntAPPRIS P1 BASIC22.1■■□□□ 1.13
MSH2P43246 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
MSH2P43246 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
MSH2P43246 SNUPN-207ENST00000567134 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
MSH2P43246 PHOX2B-201ENST00000226382 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
MSH2P43246 FBXW11-203ENST00000393802 2181 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
MSH2P43246 SLC41A3-202ENST00000346785 1705 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
MSH2P43246 ATP8A1-207ENST00000510289 2238 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
MSH2P43246 ASB1-202ENST00000409297 878 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
MSH2P43246 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
MSH2P43246 AC138028.2-201ENST00000440406 1539 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
MSH2P43246 MPND-202ENST00000359935 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
MSH2P43246 HUNK-201ENST00000270112 7385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
MSH2P43246 AC010542.4-201ENST00000563151 1910 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
MSH2P43246 GALNT8-202ENST00000433855 5977 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
MSH2P43246 THEM6-201ENST00000336138 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
MSH2P43246 AC026310.3-201ENST00000625186 2373 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
MSH2P43246 NAGPA-202ENST00000381955 2100 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
MSH2P43246 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
MSH2P43246 AL355490.1-201ENST00000445808 805 ntTSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.13
MSH2P43246 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
MSH2P43246 AC137630.3-201ENST00000607245 391 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
MSH2P43246 TMEM240-203ENST00000624426 796 ntTSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.13
MSH2P43246 FAM99A-202ENST00000538190 1989 ntBASIC22.08■■□□□ 1.12
MSH2P43246 CCNG2-204ENST00000502280 1459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.12
MSH2P43246 ARFGAP3-201ENST00000263245 2857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
MSH2P43246 SPN-202ENST00000395389 1935 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
MSH2P43246 PPP1R12B-202ENST00000356764 1687 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
MSH2P43246 FAM193B-217ENST00000514747 2913 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
MSH2P43246 ZPBP2-201ENST00000348931 1543 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
MSH2P43246 COMT-202ENST00000361682 2437 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
MSH2P43246 VSTM2L-201ENST00000373459 831 ntTSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
MSH2P43246 SUSD3-202ENST00000375472 1195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
MSH2P43246 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
MSH2P43246 TMEM9B-201ENST00000309134 1659 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
MSH2P43246 AC073130.3-201ENST00000624389 2278 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
MSH2P43246 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
MSH2P43246 HADH-201ENST00000309522 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
MSH2P43246 SYNGR2-201ENST00000225777 2325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
MSH2P43246 EPM2A-202ENST00000435470 1278 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
MSH2P43246 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC22.06■■□□□ 1.12
MSH2P43246 CTDSP2-203ENST00000547701 988 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
MSH2P43246 SNAI3-AS1-203ENST00000565633 829 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
MSH2P43246 DUX4L4-201ENST00000566884 1269 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
MSH2P43246 KLHL26-202ENST00000595182 522 ntTSL 4 BASIC22.06■■□□□ 1.12
MSH2P43246 MIR6722-201ENST00000617286 78 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
MSH2P43246 IRF3-207ENST00000593922 1494 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
MSH2P43246 KLC3-204ENST00000585434 1764 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
MSH2P43246 TFG-201ENST00000240851 1978 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
MSH2P43246 RBMS1-205ENST00000409972 1815 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
MSH2P43246 MGAT5B-209ENST00000569840 4492 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
MSH2P43246 EIF2B4-211ENST00000616081 1754 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
MSH2P43246 FAM53B-201ENST00000280780 1568 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
MSH2P43246 AL391650.1-201ENST00000448923 1468 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.9 ms