Protein–RNA interactions for Protein: O75379

VAMP4, Vesicle-associated membrane protein 4, humanhuman

Predictions only

Length 141 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VAMP4O75379 AC008443.4-201ENST00000503314 456 ntTSL 4 BASIC28.08■■■□□ 2.09
VAMP4O75379 CDKN2A-210ENST00000530628 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.08■■■□□ 2.09
VAMP4O75379 RHOF-204ENST00000537265 699 ntTSL 2 BASIC28.08■■■□□ 2.09
VAMP4O75379 GOLGA6L9-202ENST00000618348 1710 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.08■■■□□ 2.09
VAMP4O75379 UBALD1-208ENST00000591401 1305 ntTSL 5 BASIC28.08■■■□□ 2.09
VAMP4O75379 TERT-206ENST00000508104 2486 ntTSL 5 BASIC28.08■■■□□ 2.09
VAMP4O75379 CREB1-205ENST00000430624 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.08■■■□□ 2.08
VAMP4O75379 PLPP5-209ENST00000529359 2185 ntTSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
VAMP4O75379 BIN1-209ENST00000393040 2293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
VAMP4O75379 ST3GAL5-268ENST00000640982 2465 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.07■■■□□ 2.08
VAMP4O75379 AC079305.3-201ENST00000455416 218 ntTSL 5 BASIC28.07■■■□□ 2.08
VAMP4O75379 C11orf96-201ENST00000339446 1308 ntTSL 5 BASIC28.07■■■□□ 2.08
VAMP4O75379 DPEP2-204ENST00000572888 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
VAMP4O75379 OXCT2P1-201ENST00000447263 1535 ntBASIC28.07■■■□□ 2.08
VAMP4O75379 CADM1-201ENST00000331581 1766 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
VAMP4O75379 IQCD-203ENST00000546692 1872 ntTSL 5 BASIC28.06■■■□□ 2.08
VAMP4O75379 DOK1-203ENST00000409429 1955 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
VAMP4O75379 WT1-204ENST00000448076 2114 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.06■■■□□ 2.08
VAMP4O75379 UPF3A-201ENST00000351487 2235 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
VAMP4O75379 NGEF-203ENST00000409079 1022 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
VAMP4O75379 ARPC5L-201ENST00000259477 1325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
VAMP4O75379 PWWP2A-205ENST00000523662 1819 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
VAMP4O75379 KLF3-203ENST00000514033 1871 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
VAMP4O75379 CCDC9-201ENST00000221922 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
VAMP4O75379 SLC25A39-201ENST00000225308 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
VAMP4O75379 MAIP1-201ENST00000295079 1495 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.05■■■□□ 2.08
VAMP4O75379 XPA-201ENST00000375128 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
VAMP4O75379 POLR2F-203ENST00000407936 582 ntTSL 3 BASIC28.05■■■□□ 2.08
VAMP4O75379 CROT-202ENST00000412227 1213 ntTSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
VAMP4O75379 POLR2F-207ENST00000460648 518 ntTSL 4 BASIC28.05■■■□□ 2.08
VAMP4O75379 AC127496.7-201ENST00000625110 1798 ntBASIC28.05■■■□□ 2.08
VAMP4O75379 EZH2-208ENST00000483967 2466 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC28.04■■■□□ 2.08
VAMP4O75379 GPR143-203ENST00000467482 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
VAMP4O75379 MIR572-201ENST00000384983 95 ntBASIC28.04■■■□□ 2.08
VAMP4O75379 ZFYVE28-207ENST00000509171 1135 ntTSL 2 BASIC28.04■■■□□ 2.08
VAMP4O75379 HERC2P4-206ENST00000568097 1062 ntTSL 5 BASIC28.04■■■□□ 2.08
VAMP4O75379 GSX2-205ENST00000611459 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
VAMP4O75379 SIMC1-202ENST00000341199 2056 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.04■■■□□ 2.08
VAMP4O75379 RYK-209ENST00000623711 2934 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
VAMP4O75379 PPT2-248ENST00000395523 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.03■■■□□ 2.08
VAMP4O75379 YIF1B-202ENST00000337679 1257 ntTSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
VAMP4O75379 MED14OS-201ENST00000456333 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
VAMP4O75379 AC079089.2-201ENST00000531211 1277 ntBASIC28.03■■■□□ 2.08
VAMP4O75379 OTUB1-212ENST00000543988 1259 ntTSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
VAMP4O75379 TRAF4-217ENST00000618771 543 ntTSL 5 BASIC28.03■■■□□ 2.08
VAMP4O75379 B3GNT6-202ENST00000622824 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
VAMP4O75379 GNB2-201ENST00000303210 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
VAMP4O75379 TOX2-201ENST00000341197 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.03■■■□□ 2.08
VAMP4O75379 SMUG1-215ENST00000508394 1697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.03■■■□□ 2.08
VAMP4O75379 ADAP2-204ENST00000580525 1598 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
VAMP4O75379 TMEM259-201ENST00000333175 2581 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
VAMP4O75379 AC080038.3-201ENST00000623346 1952 ntBASIC28.02■■■□□ 2.08
VAMP4O75379 INPP1-201ENST00000322522 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
VAMP4O75379 DPH7-201ENST00000277540 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
VAMP4O75379 STX5-201ENST00000294179 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
VAMP4O75379 ITGA9-AS1-210ENST00000457661 738 ntTSL 4 BASIC28.02■■■□□ 2.08
VAMP4O75379 MSL1-203ENST00000577454 2081 ntTSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
VAMP4O75379 ZNF354A-201ENST00000335815 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
VAMP4O75379 SSUH2-217ENST00000544814 1636 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
VAMP4O75379 AZIN2-204ENST00000373443 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
VAMP4O75379 SNHG7-201ENST00000414282 2357 ntTSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
VAMP4O75379 RARA-202ENST00000394081 2285 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
VAMP4O75379 ST7L-201ENST00000343210 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
VAMP4O75379 LINC00526-201ENST00000581067 1875 ntBASIC28.02■■■□□ 2.08
VAMP4O75379 NEK6-214ENST00000545174 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
VAMP4O75379 SAXO1-201ENST00000380530 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.01■■■□□ 2.07
VAMP4O75379 BASP1-203ENST00000616743 1711 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.01■■■□□ 2.07
VAMP4O75379 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
VAMP4O75379 IRS3P-201ENST00000223076 1006 ntBASIC28.01■■■□□ 2.07
VAMP4O75379 SLC39A3-203ENST00000545664 1219 ntTSL 2 BASIC28.01■■■□□ 2.07
VAMP4O75379 AC010203.1-202ENST00000550096 695 ntTSL 3 BASIC28.01■■■□□ 2.07
VAMP4O75379 AC087239.1-201ENST00000622671 572 ntBASIC28.01■■■□□ 2.07
VAMP4O75379 BARX2-201ENST00000281437 1813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
VAMP4O75379 CMPK2-202ENST00000404168 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
VAMP4O75379 BMP2K-204ENST00000502871 3195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
VAMP4O75379 CYHR1-201ENST00000306145 1409 ntTSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
VAMP4O75379 RASGRP2-207ENST00000377497 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
VAMP4O75379 C1QL3-201ENST00000298943 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
VAMP4O75379 AC012676.1-201ENST00000574705 1949 ntBASIC28■■■□□ 2.07
VAMP4O75379 KREMEN2-203ENST00000571007 1877 ntTSL 2 BASIC28■■■□□ 2.07
VAMP4O75379 PHF10-202ENST00000366780 1589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28■■■□□ 2.07
VAMP4O75379 AC080112.2-201ENST00000578774 2094 ntTSL 4 BASIC28■■■□□ 2.07
VAMP4O75379 GLTPD2-201ENST00000331264 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
VAMP4O75379 FBXL22-201ENST00000360587 1526 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
VAMP4O75379 PNMA6A-201ENST00000421798 2209 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28■■■□□ 2.07
VAMP4O75379 AP004608.1-202ENST00000533390 1863 ntTSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
VAMP4O75379 MAGED2-206ENST00000375068 2189 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
VAMP4O75379 DISC1-223ENST00000628350 2363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
VAMP4O75379 MOSPD3-203ENST00000393950 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
VAMP4O75379 LINC02136-201ENST00000567469 530 ntTSL 4 BASIC27.99■■■□□ 2.07
VAMP4O75379 AC233723.2-201ENST00000623798 2106 ntBASIC27.99■■■□□ 2.07
VAMP4O75379 AGAP3-201ENST00000335367 2675 ntTSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
VAMP4O75379 BMP6-201ENST00000283147 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
VAMP4O75379 ATP5G2-201ENST00000338662 1792 ntTSL 2 BASIC27.99■■■□□ 2.07
VAMP4O75379 CDK5-204ENST00000485972 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
VAMP4O75379 KCNK13-201ENST00000282146 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
VAMP4O75379 ARL2BP-201ENST00000219204 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
VAMP4O75379 UHRF1BP1L-202ENST00000356828 2023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
VAMP4O75379 GUK1-205ENST00000366722 850 ntTSL 3 BASIC27.98■■■□□ 2.07
VAMP4O75379 NINJ1-201ENST00000375446 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.8 ms