Protein–RNA interactions for Protein: Q9UN37

VPS4A, Vacuolar protein sorting-associated protein 4A, humanhuman

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS4AQ9UN37 NELFCD-213ENST00000602795 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
VPS4AQ9UN37 WRNIP1-204ENST00000380773 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
VPS4AQ9UN37 H2AFY2-201ENST00000373255 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
VPS4AQ9UN37 C1QL1-201ENST00000253407 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
VPS4AQ9UN37 STMN4-201ENST00000265770 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
VPS4AQ9UN37 GATA3-AS1-204ENST00000438755 675 ntTSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
VPS4AQ9UN37 SMARCA5-AS1-201ENST00000500800 945 ntTSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
VPS4AQ9UN37 AIPL1-206ENST00000571740 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
VPS4AQ9UN37 BAG1-212ENST00000641048 1038 ntAPPRIS P3 BASIC21.07■□□□□ 0.96
VPS4AQ9UN37 HNRNPM-202ENST00000348943 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
VPS4AQ9UN37 NKX6-2-201ENST00000368592 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
VPS4AQ9UN37 CELF5-201ENST00000292672 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
VPS4AQ9UN37 HAR1A-201ENST00000433161 1882 ntTSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
VPS4AQ9UN37 ST3GAL4-202ENST00000356132 1745 ntTSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
VPS4AQ9UN37 GLRX3-201ENST00000331244 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
VPS4AQ9UN37 ZC3H14-219ENST00000556945 2075 ntTSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
VPS4AQ9UN37 BRSK2-212ENST00000531197 3163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
VPS4AQ9UN37 ACTL10-201ENST00000330271 2028 ntAPPRIS P1 BASIC21.06■□□□□ 0.96
VPS4AQ9UN37 IRX2-202ENST00000382611 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
VPS4AQ9UN37 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
VPS4AQ9UN37 MOSPD3-203ENST00000393950 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
VPS4AQ9UN37 AP001330.3-201ENST00000520123 633 ntBASIC21.06■□□□□ 0.96
VPS4AQ9UN37 EDA-209ENST00000525810 843 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
VPS4AQ9UN37 SERGEF-219ENST00000532265 1124 ntTSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
VPS4AQ9UN37 PLD4-205ENST00000553861 667 ntTSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
VPS4AQ9UN37 PRSS22-203ENST00000571228 1037 ntTSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
VPS4AQ9UN37 ZNF264-206ENST00000600531 774 ntTSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
VPS4AQ9UN37 AC087623.3-201ENST00000607047 1098 ntBASIC21.06■□□□□ 0.96
VPS4AQ9UN37 LINC00526-201ENST00000581067 1875 ntBASIC21.06■□□□□ 0.96
VPS4AQ9UN37 MTCH2-201ENST00000302503 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
VPS4AQ9UN37 ECEL1P1-201ENST00000373592 1742 ntBASIC21.06■□□□□ 0.96
VPS4AQ9UN37 DPH1-203ENST00000570477 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
VPS4AQ9UN37 PDE5A-201ENST00000264805 3020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
VPS4AQ9UN37 YAP1-210ENST00000615667 5398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
VPS4AQ9UN37 ANKLE2-201ENST00000357997 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
VPS4AQ9UN37 IGDCC4-201ENST00000352385 6508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
VPS4AQ9UN37 C6orf89-201ENST00000355190 1309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
VPS4AQ9UN37 GAL3ST1-202ENST00000401975 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
VPS4AQ9UN37 ZNF395-210ENST00000523095 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
VPS4AQ9UN37 GFRA4-201ENST00000290417 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
VPS4AQ9UN37 UBE3C-209ENST00000611269 1866 ntTSL 2 BASIC21.05■□□□□ 0.96
VPS4AQ9UN37 SEPT8-207ENST00000378719 2889 ntTSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
VPS4AQ9UN37 SYNGR3-202ENST00000562045 1743 ntTSL 2 BASIC21.05■□□□□ 0.96
VPS4AQ9UN37 SYT6-209ENST00000610222 1707 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.05■□□□□ 0.96
VPS4AQ9UN37 CCDC160-201ENST00000370809 1299 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.05■□□□□ 0.96
VPS4AQ9UN37 AC092171.4-201ENST00000609130 632 ntBASIC21.05■□□□□ 0.96
VPS4AQ9UN37 SLC12A5-217ENST00000626937 1224 ntTSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
VPS4AQ9UN37 CLDN5-201ENST00000403084 2357 ntBASIC21.05■□□□□ 0.96
VPS4AQ9UN37 ZNF444-201ENST00000337080 2042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
VPS4AQ9UN37 MFSD7-202ENST00000347950 1599 ntTSL 2 BASIC21.05■□□□□ 0.96
VPS4AQ9UN37 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
VPS4AQ9UN37 ASPSCR1-208ENST00000580534 1776 ntTSL 2 BASIC21.05■□□□□ 0.96
VPS4AQ9UN37 NIPSNAP2-205ENST00000446778 1882 ntTSL 2 BASIC21.05■□□□□ 0.96
VPS4AQ9UN37 GPSM1-204ENST00000429455 2057 ntTSL 3 BASIC21.05■□□□□ 0.96
VPS4AQ9UN37 LTK-202ENST00000355166 2940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
VPS4AQ9UN37 KDM3B-201ENST00000314358 6813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
VPS4AQ9UN37 EYA2-203ENST00000357410 2465 ntTSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
VPS4AQ9UN37 PAXBP1-201ENST00000290178 2564 ntTSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
VPS4AQ9UN37 TMEM230-205ENST00000379279 1636 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
VPS4AQ9UN37 COG8-201ENST00000562081 1731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.04■□□□□ 0.96
VPS4AQ9UN37 RNF39-201ENST00000244360 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
VPS4AQ9UN37 CRTC2-203ENST00000368633 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
VPS4AQ9UN37 CHAC1-201ENST00000444189 1204 ntTSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
VPS4AQ9UN37 GATA2-AS1-201ENST00000464242 1163 ntTSL 2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
VPS4AQ9UN37 AC093249.6-202ENST00000568500 1142 ntTSL 2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
VPS4AQ9UN37 SF1-220ENST00000626028 704 ntTSL 2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
VPS4AQ9UN37 C1QTNF1-207ENST00000580454 1396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.04■□□□□ 0.96
VPS4AQ9UN37 TGIF1-206ENST00000405385 1689 ntTSL 2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
VPS4AQ9UN37 SLC25A11-201ENST00000225665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
VPS4AQ9UN37 TRIM28-201ENST00000253024 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
VPS4AQ9UN37 IDI1-201ENST00000381344 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
VPS4AQ9UN37 LSR-202ENST00000354900 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
VPS4AQ9UN37 TULP1-202ENST00000322263 1941 ntTSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
VPS4AQ9UN37 AC144652.1-201ENST00000609974 1624 ntBASIC21.04■□□□□ 0.96
VPS4AQ9UN37 EN1-201ENST00000295206 2457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.03■□□□□ 0.96
VPS4AQ9UN37 AP006623.1-201ENST00000506172 2061 ntTSL 5 BASIC21.03■□□□□ 0.96
VPS4AQ9UN37 MSL1-203ENST00000577454 2081 ntTSL 2 BASIC21.03■□□□□ 0.96
VPS4AQ9UN37 SKI-201ENST00000378536 5613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
VPS4AQ9UN37 SH3YL1-201ENST00000356150 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
VPS4AQ9UN37 RAP1B-207ENST00000450214 1466 ntTSL 2 BASIC21.03■□□□□ 0.96
VPS4AQ9UN37 MIR222HG-201ENST00000602461 1379 ntTSL 5 BASIC21.03■□□□□ 0.96
VPS4AQ9UN37 TMEM218-209ENST00000529583 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.03■□□□□ 0.96
VPS4AQ9UN37 WRNIP1-203ENST00000380771 2595 ntTSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
VPS4AQ9UN37 CACNG2-201ENST00000300105 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
VPS4AQ9UN37 SESN3-202ENST00000416495 1408 ntTSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
VPS4AQ9UN37 CCDC7-201ENST00000277657 1899 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
VPS4AQ9UN37 SYT6-210ENST00000641643 1587 ntBASIC21.02■□□□□ 0.96
VPS4AQ9UN37 TMEM235-205ENST00000586400 2272 ntTSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
VPS4AQ9UN37 ODF3L2-201ENST00000315489 1604 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
VPS4AQ9UN37 ZDHHC16-203ENST00000353979 1647 ntTSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
VPS4AQ9UN37 CREG1-201ENST00000370509 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
VPS4AQ9UN37 LINC00565-201ENST00000562710 2331 ntBASIC21.02■□□□□ 0.96
VPS4AQ9UN37 PRELID2-201ENST00000334744 2140 ntTSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.96
VPS4AQ9UN37 PTPN13-205ENST00000502971 1708 ntTSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
VPS4AQ9UN37 ZFP69B-204ENST00000484445 1976 ntTSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
VPS4AQ9UN37 FNTA-208ENST00000529687 1950 ntTSL 2 BASIC21.01■□□□□ 0.95
VPS4AQ9UN37 ZC3H14-223ENST00000557607 1983 ntTSL 5 BASIC21.01■□□□□ 0.95
VPS4AQ9UN37 LRRC45-201ENST00000306688 2701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
VPS4AQ9UN37 PRADC1-201ENST00000258083 1083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
VPS4AQ9UN37 JAGN1-201ENST00000307768 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.5 ms