Protein–RNA interactions for Protein: Q9H4Z3

PCIF1, Phosphorylated CTD-interacting factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 704 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PCIF1Q9H4Z3 AC233723.2-201ENST00000623798 2106 ntBASIC23.98■■□□□ 1.43
PCIF1Q9H4Z3 DTNB-211ENST00000407661 2420 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
PCIF1Q9H4Z3 SNX3-202ENST00000349379 890 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
PCIF1Q9H4Z3 PPP1R14A-204ENST00000591291 433 ntTSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
PCIF1Q9H4Z3 EPCAM-202ENST00000405271 1530 ntTSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
PCIF1Q9H4Z3 TMEM159-201ENST00000233047 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
PCIF1Q9H4Z3 HNRNPM-202ENST00000348943 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
PCIF1Q9H4Z3 TPM4-201ENST00000300933 2666 ntTSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
PCIF1Q9H4Z3 UPF3A-201ENST00000351487 2235 ntTSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
PCIF1Q9H4Z3 FAM102B-202ENST00000405454 1585 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
PCIF1Q9H4Z3 AC068580.1-201ENST00000446489 252 ntTSL 3 BASIC23.97■■□□□ 1.43
PCIF1Q9H4Z3 ZNF395-210ENST00000523095 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
PCIF1Q9H4Z3 ACYP1-205ENST00000555463 789 ntTSL 2 BASIC23.97■■□□□ 1.43
PCIF1Q9H4Z3 ANXA8-204ENST00000583911 1874 ntTSL 2 BASIC23.97■■□□□ 1.43
PCIF1Q9H4Z3 AC008764.7-201ENST00000593779 1081 ntBASIC23.97■■□□□ 1.43
PCIF1Q9H4Z3 STRBP-202ENST00000360998 2990 ntTSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
PCIF1Q9H4Z3 ALG1L9P-201ENST00000508969 2165 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
PCIF1Q9H4Z3 DPEP2-204ENST00000572888 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
PCIF1Q9H4Z3 H2AFY2-201ENST00000373255 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
PCIF1Q9H4Z3 DOK1-203ENST00000409429 1955 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
PCIF1Q9H4Z3 AC012676.1-201ENST00000574705 1949 ntBASIC23.96■■□□□ 1.43
PCIF1Q9H4Z3 IMPA2-201ENST00000269159 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
PCIF1Q9H4Z3 EI24-211ENST00000534546 1544 ntTSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
PCIF1Q9H4Z3 UBALD1-201ENST00000283474 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
PCIF1Q9H4Z3 TSKS-202ENST00000358830 1367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
PCIF1Q9H4Z3 UBE2J2-203ENST00000360466 1047 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
PCIF1Q9H4Z3 AL031432.3-201ENST00000607698 485 ntBASIC23.96■■□□□ 1.43
PCIF1Q9H4Z3 SNHG7-201ENST00000414282 2357 ntTSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
PCIF1Q9H4Z3 PHLDB3-207ENST00000599242 2286 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
PCIF1Q9H4Z3 CDKN1C-202ENST00000414822 2051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
PCIF1Q9H4Z3 ACTL10-201ENST00000330271 2028 ntAPPRIS P1 BASIC23.96■■□□□ 1.43
PCIF1Q9H4Z3 ADGRA2-202ENST00000412232 5651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
PCIF1Q9H4Z3 DBP-201ENST00000222122 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
PCIF1Q9H4Z3 AL391650.1-201ENST00000448923 1468 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
PCIF1Q9H4Z3 PLEKHJ1-206ENST00000587962 1311 ntTSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
PCIF1Q9H4Z3 UBE2E2-203ENST00000425792 1248 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
PCIF1Q9H4Z3 GRIN2D-201ENST00000263269 5093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
PCIF1Q9H4Z3 HOXA4-201ENST00000360046 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
PCIF1Q9H4Z3 LEF1-AS1-207ENST00000512637 1675 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
PCIF1Q9H4Z3 ARL2BP-201ENST00000219204 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
PCIF1Q9H4Z3 MIS18A-201ENST00000290130 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
PCIF1Q9H4Z3 NRL-203ENST00000397002 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
PCIF1Q9H4Z3 ZFP69B-204ENST00000484445 1976 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
PCIF1Q9H4Z3 KCNC3-201ENST00000376959 5447 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
PCIF1Q9H4Z3 PNMA6A-201ENST00000421798 2209 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
PCIF1Q9H4Z3 MAGED2-206ENST00000375068 2189 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
PCIF1Q9H4Z3 TRIR-201ENST00000242784 970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
PCIF1Q9H4Z3 LKAAEAR1-201ENST00000302096 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
PCIF1Q9H4Z3 LKAAEAR1-202ENST00000308906 868 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
PCIF1Q9H4Z3 EDA-201ENST00000338901 1233 ntBASIC23.94■■□□□ 1.42
PCIF1Q9H4Z3 FGF8-204ENST00000347978 823 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
PCIF1Q9H4Z3 SRM-201ENST00000376957 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
PCIF1Q9H4Z3 BX842568.3-201ENST00000418104 571 ntBASIC23.94■■□□□ 1.42
PCIF1Q9H4Z3 CREB3L2-203ENST00000452463 1105 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
PCIF1Q9H4Z3 AC084116.4-201ENST00000524320 484 ntTSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
PCIF1Q9H4Z3 AC009097.2-201ENST00000562763 465 ntTSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
PCIF1Q9H4Z3 ZNF846-212ENST00000592859 1206 ntTSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
PCIF1Q9H4Z3 MAG-206ENST00000597035 542 ntTSL 4 BASIC23.94■■□□□ 1.42
PCIF1Q9H4Z3 AL031602.1-201ENST00000633169 911 ntBASIC23.94■■□□□ 1.42
PCIF1Q9H4Z3 ADD1-202ENST00000355842 4743 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
PCIF1Q9H4Z3 BIN1-209ENST00000393040 2293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
PCIF1Q9H4Z3 IQCD-203ENST00000546692 1872 ntTSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
PCIF1Q9H4Z3 ATP5G2-201ENST00000338662 1792 ntTSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
PCIF1Q9H4Z3 CMPK2-202ENST00000404168 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
PCIF1Q9H4Z3 HSD17B14-201ENST00000263278 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
PCIF1Q9H4Z3 IGHV3-20-201ENST00000390606 415 ntAPPRIS P1 BASIC23.93■■□□□ 1.42
PCIF1Q9H4Z3 SCO2-204ENST00000543927 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
PCIF1Q9H4Z3 AC233992.3-201ENST00000607491 485 ntBASIC23.93■■□□□ 1.42
PCIF1Q9H4Z3 AL355001.2-201ENST00000620617 1191 ntBASIC23.93■■□□□ 1.42
PCIF1Q9H4Z3 CADM1-201ENST00000331581 1766 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
PCIF1Q9H4Z3 LSR-204ENST00000361790 2210 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
PCIF1Q9H4Z3 HADH-201ENST00000309522 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
PCIF1Q9H4Z3 TPRN-202ENST00000409012 2718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
PCIF1Q9H4Z3 FAM110A-206ENST00000541082 1614 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.92■■□□□ 1.42
PCIF1Q9H4Z3 SLC19A1-209ENST00000485649 1896 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
PCIF1Q9H4Z3 KLF3-203ENST00000514033 1871 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
PCIF1Q9H4Z3 SLC4A3-203ENST00000358055 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
PCIF1Q9H4Z3 MSL1-203ENST00000577454 2081 ntTSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
PCIF1Q9H4Z3 MIR638-201ENST00000385237 100 ntBASIC23.92■■□□□ 1.42
PCIF1Q9H4Z3 NDUFAF8-201ENST00000431388 615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
PCIF1Q9H4Z3 AP001330.3-201ENST00000520123 633 ntBASIC23.92■■□□□ 1.42
PCIF1Q9H4Z3 AP001107.5-202ENST00000533759 948 ntTSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
PCIF1Q9H4Z3 AF213884.3-201ENST00000563833 479 ntBASIC23.92■■□□□ 1.42
PCIF1Q9H4Z3 AC093249.6-202ENST00000568500 1142 ntTSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
PCIF1Q9H4Z3 ACAP1-206ENST00000571471 320 ntTSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
PCIF1Q9H4Z3 FAM43A-201ENST00000329759 2494 ntAPPRIS P1 BASIC23.92■■□□□ 1.42
PCIF1Q9H4Z3 NAPRT-204ENST00000449291 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
PCIF1Q9H4Z3 LRRC34-201ENST00000446859 1718 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
PCIF1Q9H4Z3 KCNN1-204ENST00000615435 1691 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
PCIF1Q9H4Z3 FAM107B-211ENST00000468747 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
PCIF1Q9H4Z3 ARRDC1-AS1-201ENST00000371417 1409 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
PCIF1Q9H4Z3 DISC1-223ENST00000628350 2363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
PCIF1Q9H4Z3 GFRA3-202ENST00000378362 1837 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
PCIF1Q9H4Z3 SYT8-201ENST00000341958 1556 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
PCIF1Q9H4Z3 CNN3-201ENST00000370206 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
PCIF1Q9H4Z3 AC099791.1-201ENST00000416440 715 ntBASIC23.91■■□□□ 1.42
PCIF1Q9H4Z3 AC133561.4-201ENST00000566112 224 ntBASIC23.91■■□□□ 1.42
PCIF1Q9H4Z3 AC005837.3-201ENST00000612163 286 ntBASIC23.91■■□□□ 1.42
PCIF1Q9H4Z3 PLEKHO1-201ENST00000369124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
PCIF1Q9H4Z3 CASP9-203ENST00000375890 1351 ntTSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 52.4 ms