Protein–RNA interactions for Protein: Q9BYB0

SHANK3, SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,731 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHANK3Q9BYB0 LARP6-202ENST00000344870 527 ntTSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
SHANK3Q9BYB0 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
SHANK3Q9BYB0 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
SHANK3Q9BYB0 LTB-211ENST00000446745 853 ntTSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
SHANK3Q9BYB0 AC010141.3-201ENST00000456659 717 ntBASIC28.81■■■□□ 2.2
SHANK3Q9BYB0 SPI1-203ENST00000533030 661 ntTSL 2 BASIC28.81■■■□□ 2.2
SHANK3Q9BYB0 UBE2DNL-204ENST00000602536 740 ntBASIC28.81■■■□□ 2.2
SHANK3Q9BYB0 MBNL3-202ENST00000370844 1643 ntTSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
SHANK3Q9BYB0 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC28.81■■■□□ 2.2
SHANK3Q9BYB0 IQCJ-SCHIP1-202ENST00000460298 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
SHANK3Q9BYB0 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
SHANK3Q9BYB0 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.81■■■□□ 2.2
SHANK3Q9BYB0 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
SHANK3Q9BYB0 MOB2-201ENST00000329957 1207 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.8■■■□□ 2.2
SHANK3Q9BYB0 ADAMTS13-204ENST00000371911 1155 ntTSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
SHANK3Q9BYB0 AL645608.9-201ENST00000442292 829 ntTSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
SHANK3Q9BYB0 TRAPPC2L-213ENST00000567895 854 ntTSL 3 BASIC28.8■■■□□ 2.2
SHANK3Q9BYB0 AL161421.1-201ENST00000619666 1101 ntTSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
SHANK3Q9BYB0 C7orf26-202ENST00000359073 1762 ntTSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
SHANK3Q9BYB0 HMCES-203ENST00000417226 1490 ntTSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
SHANK3Q9BYB0 AC009506.1-201ENST00000418474 1494 ntTSL 2 BASIC28.8■■■□□ 2.2
SHANK3Q9BYB0 CYP2A13-201ENST00000330436 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
SHANK3Q9BYB0 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
SHANK3Q9BYB0 TOR2A-201ENST00000336067 1370 ntTSL 2 BASIC28.8■■■□□ 2.2
SHANK3Q9BYB0 MT3-201ENST00000200691 569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
SHANK3Q9BYB0 HAS1-203ENST00000594621 760 ntTSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
SHANK3Q9BYB0 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
SHANK3Q9BYB0 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
SHANK3Q9BYB0 KRT87P-202ENST00000534226 1464 ntBASIC28.79■■■□□ 2.2
SHANK3Q9BYB0 METTL15-202ENST00000403099 795 ntTSL 5 BASIC28.79■■■□□ 2.2
SHANK3Q9BYB0 RAB6B-203ENST00000469959 500 ntTSL 3 BASIC28.79■■■□□ 2.2
SHANK3Q9BYB0 PDXDC2P-202ENST00000527016 543 ntTSL 3 BASIC28.79■■■□□ 2.2
SHANK3Q9BYB0 MRPL37-201ENST00000336230 1179 ntTSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
SHANK3Q9BYB0 RAP1B-202ENST00000341355 714 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.78■■■□□ 2.2
SHANK3Q9BYB0 ZNF292-204ENST00000392985 1096 ntTSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
SHANK3Q9BYB0 LTC4S-202ENST00000401985 486 ntTSL 3 BASIC28.78■■■□□ 2.2
SHANK3Q9BYB0 KRT18P11-201ENST00000435214 1283 ntBASIC28.78■■■□□ 2.2
SHANK3Q9BYB0 AC142086.2-201ENST00000569753 217 ntBASIC28.78■■■□□ 2.2
SHANK3Q9BYB0 AC011767.1-201ENST00000617410 1153 ntBASIC28.78■■■□□ 2.2
SHANK3Q9BYB0 TMEM191A-211ENST00000637163 1067 ntBASIC28.78■■■□□ 2.2
SHANK3Q9BYB0 ZNF205-202ENST00000382192 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
SHANK3Q9BYB0 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC28.78■■■□□ 2.2
SHANK3Q9BYB0 AC005224.4-201ENST00000583262 1652 ntBASIC28.78■■■□□ 2.2
SHANK3Q9BYB0 APTR-205ENST00000447009 902 ntTSL 2 BASIC28.77■■■□□ 2.2
SHANK3Q9BYB0 AC018730.2-201ENST00000598623 443 ntTSL 5 BASIC28.77■■■□□ 2.2
SHANK3Q9BYB0 RAB40B-201ENST00000269347 2189 ntTSL 2 BASIC28.77■■■□□ 2.2
SHANK3Q9BYB0 SLC35B2-201ENST00000393810 1898 ntTSL 2 BASIC28.77■■■□□ 2.2
SHANK3Q9BYB0 C19orf73-201ENST00000408991 744 ntAPPRIS P1 BASIC28.77■■■□□ 2.2
SHANK3Q9BYB0 RPL29-204ENST00000479017 670 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.77■■■□□ 2.2
SHANK3Q9BYB0 C5AR2-202ENST00000600626 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
SHANK3Q9BYB0 MFSD14C-203ENST00000602917 786 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
SHANK3Q9BYB0 AC104187.1-201ENST00000607510 612 ntBASIC28.77■■■□□ 2.2
SHANK3Q9BYB0 MAZ-216ENST00000616501 991 ntTSL 5 BASIC28.77■■■□□ 2.2
SHANK3Q9BYB0 RAB28-203ENST00000338176 1787 ntTSL 3 BASIC28.76■■■□□ 2.19
SHANK3Q9BYB0 TMPO-201ENST00000261210 820 ntTSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
SHANK3Q9BYB0 AC098934.4-201ENST00000564127 592 ntBASIC28.76■■■□□ 2.19
SHANK3Q9BYB0 DCTPP1-205ENST00000568973 878 ntTSL 2 BASIC28.76■■■□□ 2.19
SHANK3Q9BYB0 AC016888.1-201ENST00000585285 565 ntTSL 3 BASIC28.76■■■□□ 2.19
SHANK3Q9BYB0 UCK2-201ENST00000367879 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
SHANK3Q9BYB0 MIR222HG-201ENST00000602461 1379 ntTSL 5 BASIC28.76■■■□□ 2.19
SHANK3Q9BYB0 AL591684.2-201ENST00000605970 1594 ntTSL 5 BASIC28.76■■■□□ 2.19
SHANK3Q9BYB0 IRF3-201ENST00000309877 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
SHANK3Q9BYB0 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
SHANK3Q9BYB0 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
SHANK3Q9BYB0 LRRC34-206ENST00000522526 1899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
SHANK3Q9BYB0 SERBP1-202ENST00000370990 1621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
SHANK3Q9BYB0 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
SHANK3Q9BYB0 UQCRFS1P1-201ENST00000435169 820 ntBASIC28.75■■■□□ 2.19
SHANK3Q9BYB0 AC079140.4-201ENST00000507448 529 ntBASIC28.75■■■□□ 2.19
SHANK3Q9BYB0 AC012313.1-203ENST00000597980 570 ntTSL 4 BASIC28.75■■■□□ 2.19
SHANK3Q9BYB0 AC012313.6-201ENST00000599889 790 ntTSL 3 BASIC28.75■■■□□ 2.19
SHANK3Q9BYB0 ZNF419-203ENST00000354197 1569 ntTSL 5 BASIC28.75■■■□□ 2.19
SHANK3Q9BYB0 AC074212.1-201ENST00000559756 1402 ntTSL 3 BASIC28.75■■■□□ 2.19
SHANK3Q9BYB0 AP000802.1-201ENST00000500537 1934 ntTSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
SHANK3Q9BYB0 WDR86-201ENST00000334493 2023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.74■■■□□ 2.19
SHANK3Q9BYB0 CERS4-205ENST00000558331 1803 ntTSL 5 BASIC28.74■■■□□ 2.19
SHANK3Q9BYB0 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC28.74■■■□□ 2.19
SHANK3Q9BYB0 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC28.74■■■□□ 2.19
SHANK3Q9BYB0 C10orf95-201ENST00000625129 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
SHANK3Q9BYB0 C19orf12-205ENST00000392278 895 ntTSL 2 BASIC28.74■■■□□ 2.19
SHANK3Q9BYB0 CDH18-AS1-201ENST00000513573 424 ntTSL 2 BASIC28.74■■■□□ 2.19
SHANK3Q9BYB0 DUX4L16-201ENST00000555130 1264 ntBASIC28.74■■■□□ 2.19
SHANK3Q9BYB0 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
SHANK3Q9BYB0 ARF3-202ENST00000447318 1089 ntTSL 2 BASIC28.73■■■□□ 2.19
SHANK3Q9BYB0 PRMT5-213ENST00000553897 1857 ntTSL 2 BASIC28.73■■■□□ 2.19
SHANK3Q9BYB0 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
SHANK3Q9BYB0 PDLIM3-203ENST00000284771 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
SHANK3Q9BYB0 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
SHANK3Q9BYB0 TBC1D22A-202ENST00000355704 1886 ntTSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
SHANK3Q9BYB0 METTL26-203ENST00000397664 604 ntTSL 2 BASIC28.72■■■□□ 2.19
SHANK3Q9BYB0 TESC-206ENST00000541210 936 ntTSL 3 BASIC28.72■■■□□ 2.19
SHANK3Q9BYB0 JAGN1-201ENST00000307768 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
SHANK3Q9BYB0 MSX2-201ENST00000239243 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
SHANK3Q9BYB0 ARL6IP4-204ENST00000392435 1339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
SHANK3Q9BYB0 BASP1-203ENST00000616743 1711 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.72■■■□□ 2.19
SHANK3Q9BYB0 FOSL1-201ENST00000312562 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
SHANK3Q9BYB0 SNRNP25-202ENST00000383018 1085 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
SHANK3Q9BYB0 TRIQK-221ENST00000524107 737 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.72■■■□□ 2.19
SHANK3Q9BYB0 TRAPPC5-203ENST00000595985 411 ntTSL 3 BASIC28.72■■■□□ 2.19
SHANK3Q9BYB0 PIKFYVE-203ENST00000392202 2039 ntTSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.7 ms