Protein–RNA interactions for Protein: Q9BRK5

SDF4, 45 kDa calcium-binding protein, humanhuman

Predictions only

Length 362 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDF4Q9BRK5 HAR1A-201ENST00000433161 1882 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
SDF4Q9BRK5 HOXD4-201ENST00000306324 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
SDF4Q9BRK5 ENKD1-206ENST00000602644 1353 ntTSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
SDF4Q9BRK5 SHMT1-202ENST00000352886 2437 ntTSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
SDF4Q9BRK5 CELF5-201ENST00000292672 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
SDF4Q9BRK5 ASB1-202ENST00000409297 878 ntTSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
SDF4Q9BRK5 HES6-206ENST00000409574 738 ntTSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
SDF4Q9BRK5 H2AFY-217ENST00000511689 2789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
SDF4Q9BRK5 MIR3181-201ENST00000578512 73 ntBASIC25.33■■□□□ 1.65
SDF4Q9BRK5 GRAMD4P4-201ENST00000613563 1115 ntBASIC25.33■■□□□ 1.65
SDF4Q9BRK5 CACNG8-201ENST00000270458 8747 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
SDF4Q9BRK5 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
SDF4Q9BRK5 LTB4R-201ENST00000345363 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
SDF4Q9BRK5 WISP2-203ENST00000372868 1600 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.33■■□□□ 1.65
SDF4Q9BRK5 TBX1-203ENST00000359500 1538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
SDF4Q9BRK5 SESN3-202ENST00000416495 1408 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
SDF4Q9BRK5 SUDS3P1-201ENST00000505831 966 ntBASIC25.32■■□□□ 1.64
SDF4Q9BRK5 AC004707.1-201ENST00000511627 715 ntTSL 3 BASIC25.32■■□□□ 1.64
SDF4Q9BRK5 BAG1-212ENST00000641048 1038 ntAPPRIS P3 BASIC25.32■■□□□ 1.64
SDF4Q9BRK5 LSR-203ENST00000360798 1963 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
SDF4Q9BRK5 MTCH2-201ENST00000302503 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
SDF4Q9BRK5 MSL1-203ENST00000577454 2081 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
SDF4Q9BRK5 U2AF2-202ENST00000450554 3022 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
SDF4Q9BRK5 CLDN5-203ENST00000413119 1760 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
SDF4Q9BRK5 MRPL41-201ENST00000371443 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
SDF4Q9BRK5 CAMTA1-208ENST00000473578 567 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
SDF4Q9BRK5 ECEL1P1-201ENST00000373592 1742 ntBASIC25.31■■□□□ 1.64
SDF4Q9BRK5 PKD1P6-201ENST00000343738 4769 ntBASIC25.31■■□□□ 1.64
SDF4Q9BRK5 EPS8L1-202ENST00000245618 2198 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
SDF4Q9BRK5 LLGL2-202ENST00000375227 1374 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
SDF4Q9BRK5 SKIDA1-201ENST00000444772 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
SDF4Q9BRK5 GRM6-202ENST00000517717 2673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
SDF4Q9BRK5 WTAP-201ENST00000337387 1622 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
SDF4Q9BRK5 NRSN1-204ENST00000378491 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
SDF4Q9BRK5 DPH1-203ENST00000570477 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
SDF4Q9BRK5 FGF8-204ENST00000347978 823 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
SDF4Q9BRK5 ZDHHC16-205ENST00000370846 1280 ntTSL 3 BASIC25.3■■□□□ 1.64
SDF4Q9BRK5 AC007009.1-201ENST00000458624 429 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
SDF4Q9BRK5 AC010336.5-201ENST00000594308 317 ntTSL 3 BASIC25.3■■□□□ 1.64
SDF4Q9BRK5 pRNA.6-201ENST00000610482 90 ntBASIC25.3■■□□□ 1.64
SDF4Q9BRK5 pRNA.5-201ENST00000612139 90 ntBASIC25.3■■□□□ 1.64
SDF4Q9BRK5 pRNA.11-201ENST00000618423 90 ntBASIC25.3■■□□□ 1.64
SDF4Q9BRK5 pRNA.13-201ENST00000619112 90 ntBASIC25.3■■□□□ 1.64
SDF4Q9BRK5 SH3D19-211ENST00000604030 5228 ntTSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
SDF4Q9BRK5 FAM102B-201ENST00000370035 5600 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
SDF4Q9BRK5 SYF2-201ENST00000236273 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
SDF4Q9BRK5 NFKBID-201ENST00000396901 1834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
SDF4Q9BRK5 NFKBID-211ENST00000641389 1834 ntAPPRIS ALT2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
SDF4Q9BRK5 AP006623.1-201ENST00000506172 2061 ntTSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
SDF4Q9BRK5 UBE3C-209ENST00000611269 1866 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
SDF4Q9BRK5 PCSK6-220ENST00000622483 3132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
SDF4Q9BRK5 DES-201ENST00000373960 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
SDF4Q9BRK5 CACYBP-201ENST00000367679 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
SDF4Q9BRK5 ST3GAL4-213ENST00000530591 1459 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
SDF4Q9BRK5 IDH2-202ENST00000540499 1453 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
SDF4Q9BRK5 LIMS2-202ENST00000355119 2045 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
SDF4Q9BRK5 GPSM1-204ENST00000429455 2057 ntTSL 3 BASIC25.29■■□□□ 1.64
SDF4Q9BRK5 SERGEF-219ENST00000532265 1124 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
SDF4Q9BRK5 AC136469.2-201ENST00000623944 1028 ntBASIC25.29■■□□□ 1.64
SDF4Q9BRK5 SYT8-201ENST00000341958 1556 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
SDF4Q9BRK5 NBL1-202ENST00000375136 2172 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
SDF4Q9BRK5 STEAP2-204ENST00000394626 2456 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
SDF4Q9BRK5 AL353803.4-201ENST00000565882 1934 ntBASIC25.29■■□□□ 1.64
SDF4Q9BRK5 PNMA6A-201ENST00000421798 2209 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
SDF4Q9BRK5 CIDEB-201ENST00000258807 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
SDF4Q9BRK5 SDSL-201ENST00000345635 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
SDF4Q9BRK5 P4HA2-202ENST00000360568 2313 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
SDF4Q9BRK5 NEIL1-206ENST00000564784 2019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
SDF4Q9BRK5 LETM1-201ENST00000302787 5462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
SDF4Q9BRK5 LENG1-201ENST00000222224 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
SDF4Q9BRK5 CCDC85B-201ENST00000312579 1524 ntAPPRIS P1 BASIC25.28■■□□□ 1.64
SDF4Q9BRK5 ESRRAP2-201ENST00000418437 1549 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
SDF4Q9BRK5 PAXBP1-201ENST00000290178 2564 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
SDF4Q9BRK5 ZGPAT-201ENST00000328969 1945 ntTSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
SDF4Q9BRK5 LKAAEAR1-201ENST00000302096 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
SDF4Q9BRK5 LKAAEAR1-202ENST00000308906 868 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
SDF4Q9BRK5 STX10-202ENST00000343587 1128 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
SDF4Q9BRK5 PARD6B-202ENST00000396039 522 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
SDF4Q9BRK5 LRRK1-208ENST00000532029 1241 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
SDF4Q9BRK5 FAM72A-202ENST00000367128 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
SDF4Q9BRK5 FAM72D-201ENST00000400889 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
SDF4Q9BRK5 TMEM151B-202ENST00000451188 4895 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
SDF4Q9BRK5 ZC3H14-223ENST00000557607 1983 ntTSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
SDF4Q9BRK5 GNG4-203ENST00000391854 5104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
SDF4Q9BRK5 ARIH2OS-201ENST00000408959 1598 ntAPPRIS P1 BASIC25.27■■□□□ 1.64
SDF4Q9BRK5 SPPL2B-211ENST00000614794 1559 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
SDF4Q9BRK5 EBPL-204ENST00000378272 766 ntTSL 3 BASIC25.27■■□□□ 1.64
SDF4Q9BRK5 AP001330.3-201ENST00000520123 633 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
SDF4Q9BRK5 AF213884.3-201ENST00000563833 479 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
SDF4Q9BRK5 AC093249.6-202ENST00000568500 1142 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
SDF4Q9BRK5 CBWD3-212ENST00000616550 721 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
SDF4Q9BRK5 CBWD6-216ENST00000617933 721 ntTSL 3 BASIC25.27■■□□□ 1.64
SDF4Q9BRK5 FP325331.1-202ENST00000623531 1380 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
SDF4Q9BRK5 WRNIP1-204ENST00000380773 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
SDF4Q9BRK5 GTSE1-AS1-202ENST00000623117 1518 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
SDF4Q9BRK5 RNF40-201ENST00000324685 5634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
SDF4Q9BRK5 SYT6-209ENST00000610222 1707 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
SDF4Q9BRK5 TRAM2-AS1-204ENST00000606714 2453 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
SDF4Q9BRK5 WRNIP1-203ENST00000380771 2595 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
SDF4Q9BRK5 STOX1-202ENST00000399162 935 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13 ms