Protein–RNA interactions for Protein: Q96MF4

CCDC140, Coiled-coil domain-containing protein 140, humanhuman

Predictions only

Length 163 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC140Q96MF4 XBP1-207ENST00000611155 1794 ntTSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 CELF5-201ENST00000292672 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 HOXA4-201ENST00000360046 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 NKX2-4-201ENST00000351817 2238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 C8orf82-202ENST00000524821 2476 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 SIMC1-202ENST00000341199 2056 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 DNPH1-201ENST00000230431 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 UNC93B3-201ENST00000308076 687 ntBASIC16.98■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 HYI-204ENST00000372432 1066 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 AP006621.3-202ENST00000530083 765 ntTSL 3 BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 ACYP1-205ENST00000555463 789 ntTSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 AL031602.1-201ENST00000633169 911 ntBASIC16.98■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 TOX2-201ENST00000341197 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 ST7L-201ENST00000343210 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 RNF39-201ENST00000244360 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 AC080038.3-201ENST00000623346 1952 ntBASIC16.98■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 TPM4-201ENST00000300933 2666 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 SOX10-201ENST00000360880 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 SOX10-202ENST00000396884 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 ADAD2-201ENST00000268624 2283 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 UHRF1BP1L-202ENST00000356828 2023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 CRIM1-201ENST00000280527 5912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 AVPR2-201ENST00000337474 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 HTATIP2-204ENST00000451739 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 PHLDB3-207ENST00000599242 2286 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 HSD17B14-201ENST00000263278 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 UBE2C-202ENST00000335046 737 ntTSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 PTMA-205ENST00000410064 814 ntTSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 AL357078.1-201ENST00000448344 310 ntTSL 4 BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 AC004707.1-201ENST00000511627 715 ntTSL 3 BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 TYROBP-203ENST00000544690 522 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 AC010525.1-201ENST00000585559 441 ntBASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 HADH-201ENST00000309522 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 DPF1-206ENST00000420980 2227 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 FZD8-201ENST00000374694 4030 ntAPPRIS P1 BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 UCHL5-201ENST00000367448 1534 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 AC242852.2-201ENST00000615738 1807 ntBASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 HEXB-201ENST00000261416 1901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 ZNF444-201ENST00000337080 2042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 GAS2L1-206ENST00000610653 2238 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 LSM14B-201ENST00000279068 2548 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 UBE2E2-203ENST00000425792 1248 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 CA15P2-201ENST00000611168 834 ntBASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 CENPH-201ENST00000283006 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 IER2-201ENST00000292433 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 ASRGL1-202ENST00000415229 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 SNHG7-201ENST00000414282 2357 ntTSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.31
CCDC140Q96MF4 ACTL10-201ENST00000330271 2028 ntAPPRIS P1 BASIC16.96■□□□□ 0.3
CCDC140Q96MF4 ECEL1P1-201ENST00000373592 1742 ntBASIC16.96■□□□□ 0.3
CCDC140Q96MF4 NBL1-202ENST00000375136 2172 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC140Q96MF4 MYBL1-204ENST00000522677 5192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC140Q96MF4 DBP-201ENST00000222122 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC140Q96MF4 LYPD2-201ENST00000359228 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC140Q96MF4 AC096631.2-201ENST00000436136 790 ntBASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC140Q96MF4 CHTF8-208ENST00000522091 863 ntTSL 2 BASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC140Q96MF4 AC084116.4-201ENST00000524320 484 ntTSL 2 BASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC140Q96MF4 AC024257.2-201ENST00000549699 147 ntBASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC140Q96MF4 NRL-205ENST00000560550 788 ntTSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC140Q96MF4 MIR4767-201ENST00000582827 78 ntBASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC140Q96MF4 AL136162.1-201ENST00000607711 1078 ntBASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC140Q96MF4 AC137767.1-201ENST00000602918 1920 ntBASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC140Q96MF4 TSSK1B-201ENST00000390666 2478 ntAPPRIS P1 BASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC140Q96MF4 IMPA2-201ENST00000269159 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC140Q96MF4 EI24-211ENST00000534546 1544 ntTSL 2 BASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC140Q96MF4 ACP4-201ENST00000270593 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC140Q96MF4 MIS18A-201ENST00000290130 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC140Q96MF4 EFCAB1-202ENST00000433756 2286 ntTSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC140Q96MF4 DOC2A-218ENST00000616445 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC140Q96MF4 EP400NL-214ENST00000641289 2402 ntBASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC140Q96MF4 NAA38-201ENST00000333775 999 ntTSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC140Q96MF4 SLC47A1P1-202ENST00000449666 945 ntBASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC140Q96MF4 CDKN3-207ENST00000543789 610 ntTSL 5 BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC140Q96MF4 C15orf61-202ENST00000557807 769 ntTSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC140Q96MF4 PDS5A-202ENST00000503396 2685 ntTSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC140Q96MF4 SHMT1-201ENST00000316694 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC140Q96MF4 CNEP1R1-202ENST00000427478 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC140Q96MF4 IQCJ-SCHIP1-203ENST00000476809 1780 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC140Q96MF4 SNCB-206ENST00000614675 1407 ntTSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC140Q96MF4 AC135279.3-201ENST00000610945 1311 ntBASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC140Q96MF4 TMEM198B-205ENST00000487582 1581 ntTSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC140Q96MF4 TMEM64-203ENST00000458549 4997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC140Q96MF4 MFSD7-203ENST00000404286 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC140Q96MF4 USP21-202ENST00000368001 2095 ntTSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC140Q96MF4 ZBTB46-202ENST00000302995 2335 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC140Q96MF4 LSR-203ENST00000360798 1963 ntTSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC140Q96MF4 AC139530.1-201ENST00000575312 1977 ntBASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC140Q96MF4 EYA2-203ENST00000357410 2465 ntTSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC140Q96MF4 STARD3NL-202ENST00000396013 1365 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC140Q96MF4 KREMEN2-203ENST00000571007 1877 ntTSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC140Q96MF4 RDX-204ENST00000528498 2511 ntTSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC140Q96MF4 RITA1-202ENST00000549621 2041 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC140Q96MF4 GPR143-203ENST00000467482 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC140Q96MF4 STAP2-206ENST00000600324 1508 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC140Q96MF4 C16orf95-201ENST00000253461 953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC140Q96MF4 HES4-201ENST00000304952 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC140Q96MF4 ZNF32-202ENST00000395797 1201 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC140Q96MF4 RBM38-205ENST00000440234 686 ntTSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC140Q96MF4 NRIP3-203ENST00000531090 980 ntTSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC140Q96MF4 AC005906.2-202ENST00000638821 2168 ntTSL 5 BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC140Q96MF4 MMEL1-206ENST00000502556 1943 ntTSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.4 ms