Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 RIMBP3-201ENST00000619918 6105 ntAPPRIS P1 BASIC17.32■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 FAH-202ENST00000407106 2152 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 NAGPA-202ENST00000381955 2100 ntTSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 RITA1-202ENST00000549621 2041 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 EIF5A-211ENST00000576930 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 ZNF584-201ENST00000306910 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 TMC7-205ENST00000569532 2738 ntTSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 ENTPD4-201ENST00000356206 2097 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 ENTPD4-203ENST00000417069 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 UBC-201ENST00000339647 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 FSTL1-201ENST00000295633 5943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 RNF165-205ENST00000588679 2904 ntBASIC17.31■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 RHOBTB2-201ENST00000251822 5451 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 PICK1-202ENST00000404072 2164 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 EHBP1-209ENST00000431489 5076 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 PRELID2-201ENST00000334744 2140 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 PBX4-201ENST00000251203 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 MRPL10-202ENST00000351111 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 SUSD1-202ENST00000374263 2973 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC17.3■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC17.3■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 LSM14B-201ENST00000279068 2548 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 ST7L-201ENST00000343210 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 PPTC7-201ENST00000354300 4996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 SUMF1-201ENST00000272902 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 FBXO27-202ENST00000509137 2130 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 TCF7-201ENST00000342854 3045 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 AC009041.2-204ENST00000568394 3343 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 GADD45A-202ENST00000370986 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 CCDC24-201ENST00000372318 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 PTPN13-205ENST00000502971 1708 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 DUX4-203ENST00000565211 1710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 JAKMIP1-201ENST00000282924 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 CXCL14-201ENST00000337225 1971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 HS3ST3A1-201ENST00000284110 2527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 ZFP92-201ENST00000338647 6105 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 NUDT10-201ENST00000356450 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 NFIX-202ENST00000360105 5459 ntTSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 HSD11B1L-217ENST00000581521 1884 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 RBM26-207ENST00000622611 5230 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 ASPSCR1-202ENST00000306739 1843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC17.29■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC17.29■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 VPS9D1-AS1-202ENST00000562866 1753 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 LPCAT4-201ENST00000314891 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 GALNT10-201ENST00000297107 5961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 MAPT-210ENST00000535772 5718 ntTSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 RAD9A-201ENST00000307980 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 CRHR1-202ENST00000314537 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 TMEM129-201ENST00000303277 2678 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 PABPC1L2A-201ENST00000373519 2237 ntAPPRIS P1 BASIC17.28■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 GRK3-203ENST00000619906 2873 ntTSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 APAF1-210ENST00000551964 5444 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 WEE1-202ENST00000450114 2799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 FGFR3-210ENST00000613647 4438 ntTSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 XYLT1-201ENST00000261381 9891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 STRADB-201ENST00000194530 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 PNLIPRP2-205ENST00000611850 1407 ntTSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 C14orf80-204ENST00000392522 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 AC079630.1-202ENST00000618127 1840 ntBASIC17.28■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 AC005229.4-201ENST00000610085 2198 ntBASIC17.28■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 SYT6-209ENST00000610222 1707 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 TBC1D2B-202ENST00000409931 6086 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 CCDC185-201ENST00000366875 2054 ntAPPRIS P1 BASIC17.27■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 EZH2-201ENST00000320356 2639 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 IRF3-201ENST00000309877 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 PON2-218ENST00000633531 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC17.27■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 KLF13-201ENST00000307145 6825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 AC080038.3-201ENST00000623346 1952 ntBASIC17.27■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 MANEAL-202ENST00000373045 2685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC17.27■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 ERLEC1-202ENST00000378239 2271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 MAG-201ENST00000361922 2426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 CCDC7-201ENST00000277657 1899 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 WFDC1-201ENST00000219454 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 FAM99A-202ENST00000538190 1989 ntBASIC17.26■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 POU3F2-201ENST00000328345 4879 ntAPPRIS P1 BASIC17.26■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 CPEB1-218ENST00000620182 2422 ntTSL 2 BASIC17.26■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 PLD6-201ENST00000321560 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 PNRC1-201ENST00000336032 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 RASSF5-202ENST00000579436 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.26■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 CD63-202ENST00000420846 981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.26■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC17.26■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 SERINC5-203ENST00000509193 1441 ntTSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 51.3 ms