Protein–RNA interactions for Protein: Q92900

UPF1, Regulator of nonsense transcripts 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,129 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
UPF1Q92900 APH1A-202ENST00000360244 2353 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.281e-7■■■■■ 31.1
UPF1Q92900 VPS37C-201ENST00000301765 2865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.292e-9■■■■■ 31.1
UPF1Q92900 CYTH1-209ENST00000589296 2159 ntTSL 5 BASIC21.05■□□□□ 0.961e-8■■■■■ 31.1
UPF1Q92900 CYTH1-202ENST00000446868 3311 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.51e-8■■■■■ 31.1
UPF1Q92900 CYTH1-201ENST00000361101 3311 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.51e-8■■■■■ 31.1
UPF1Q92900 CYTH1-203ENST00000585509 3315 ntTSL 5 BASIC14.18□□□□□ -0.141e-8■■■■■ 31.1
UPF1Q92900 CYTH1-215ENST00000591455 3286 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC14□□□□□ -0.171e-8■■■■■ 31.1
UPF1Q92900 CYTH1-206ENST00000586299 4423 nt13.95□□□□□ -0.181e-8■■■■■ 31.1
UPF1Q92900 CYTH1-210ENST00000589297 3756 ntTSL 5 BASIC11.36□□□□□ -0.591e-8■■■■■ 31.1
UPF1Q92900 YDJC-205ENST00000468686 1423 ntTSL 1 (best)29.14■■■□□ 2.269e-8■■■■■ 31.1
UPF1Q92900 YDJC-201ENST00000292778 1351 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.09■■□□□ 1.939e-8■■■■■ 31.1
UPF1Q92900 YDJC-207ENST00000482998 1388 ntTSL 527.06■■□□□ 1.929e-8■■■■■ 31.1
UPF1Q92900 YDJC-203ENST00000415762 1410 ntTSL 1 (best)26.15■■□□□ 1.789e-8■■■■■ 31.1
UPF1Q92900 YDJC-206ENST00000473985 1494 ntTSL 524.4■■□□□ 1.59e-8■■■■■ 31.1
UPF1Q92900 YDJC-204ENST00000464015 1613 ntTSL 1 (best)24.08■■□□□ 1.459e-8■■■■■ 31.1
UPF1Q92900 SNX11-201ENST00000359238 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.012e-8■■■■■ 31.1
UPF1Q92900 SNX11-202ENST00000393405 2733 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.082e-8■■■■■ 31.1
UPF1Q92900 BRD4-201ENST00000263377 7169 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.24□□□□□ -0.619e-9■■■■■ 31.1
UPF1Q92900 MRM1-203ENST00000612760 1284 ntTSL 1 (best) BASIC30.16■■■□□ 2.424e-7■■■■■ 31.1
UPF1Q92900 MRM1-204ENST00000614766 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.154e-7■■■■■ 31.1
UPF1Q92900 CXorf56-201ENST00000320339 2372 ntTSL 2 BASIC13.79□□□□□ -0.24e-9■■■■■ 31.1
UPF1Q92900 PISD-212ENST00000473770 2378 ntTSL 516.11■□□□□ 0.172e-12■■■■■ 31
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UPF1Q92900 PISD-203ENST00000397500 2194 ntTSL 5 BASIC13.72□□□□□ -0.212e-12■■■■■ 31
UPF1Q92900 PISD-202ENST00000382151 2669 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC12.94□□□□□ -0.342e-12■■■■■ 31
UPF1Q92900 PISD-201ENST00000266095 2655 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.37□□□□□ -0.432e-12■■■■■ 31
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UPF1Q92900 SLC25A25-201ENST00000373064 3474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.17□□□□□ -0.143e-8■■■■■ 31
UPF1Q92900 SLC25A25-203ENST00000373068 3431 ntTSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.233e-8■■■■■ 31
UPF1Q92900 SLC25A25-205ENST00000432073 3678 ntTSL 1 (best) BASIC12.39□□□□□ -0.433e-8■■■■■ 31
UPF1Q92900 SLC25A25-202ENST00000373066 3714 ntTSL 1 (best) BASIC11.42□□□□□ -0.583e-8■■■■■ 31
UPF1Q92900 FAXDC2-202ENST00000423554 3817 ntTSL 210.61□□□□□ -0.714e-9■■■■■ 31
UPF1Q92900 FAXDC2-201ENST00000326080 3251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.49□□□□□ -1.054e-9■■■■■ 31
UPF1Q92900 HM13-220ENST00000492709 1248 ntTSL 522.81■■□□□ 1.243e-7■■■■■ 31
UPF1Q92900 HM13-202ENST00000340852 1606 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.063e-7■■■■■ 31
UPF1Q92900 HM13-201ENST00000335574 1809 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.243e-7■■■■■ 31
UPF1Q92900 HM13-204ENST00000398174 3792 ntTSL 1 (best) BASIC10.87□□□□□ -0.673e-7■■■■■ 31
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UPF1Q92900 ST3GAL3-201ENST00000262915 2470 ntTSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.451e-12■■■■■ 31
UPF1Q92900 ST3GAL3-209ENST00000361400 2195 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.441e-12■■■■■ 31
UPF1Q92900 ST3GAL3-202ENST00000330208 1479 ntTSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.361e-12■■■■■ 31
UPF1Q92900 ST3GAL3-208ENST00000361392 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.141e-12■■■■■ 31
UPF1Q92900 UBE2O-204ENST00000587127 3569 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best)10.37□□□□□ -0.752e-8■■■■■ 31
UPF1Q92900 TMEM63A-201ENST00000366835 4098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.86□□□□□ -0.671e-6■■■■■ 31
UPF1Q92900 KDM2A-202ENST00000398645 6511 ntTSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.645e-9■■■■■ 31
UPF1Q92900 KDM2A-207ENST00000526258 5671 ntTSL 1 (best)12.58□□□□□ -0.45e-9■■■■■ 31
UPF1Q92900 KDM2A-204ENST00000524657 3692 ntTSL 1 (best)9.21□□□□□ -0.945e-9■■■■■ 31
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UPF1Q92900 APAF1-203ENST00000359972 7029 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.081e-6■■■■■ 31
UPF1Q92900 APAF1-202ENST00000357310 7055 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.13□□□□□ -0.311e-6■■■■■ 31
UPF1Q92900 APAF1-209ENST00000550527 6581 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC4.96□□□□□ -1.621e-6■■■■■ 31
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UPF1Q92900 TELO2-207ENST00000568240 1327 ntTSL 1 (best)24.12■■□□□ 1.454e-9■■■■■ 31
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UPF1Q92900 MBP-245ENST00000583474 570 ntTSL 417.78■□□□□ 0.444e-9■■■■■ 31
UPF1Q92900 MBP-233ENST00000577755 552 ntTSL 417.77■□□□□ 0.444e-9■■■■■ 31
UPF1Q92900 SLC27A1-201ENST00000252595 3594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.311e-7■■■■■ 31
UPF1Q92900 MBP-234ENST00000578193 578 ntTSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.24e-9■■■■■ 31
UPF1Q92900 MBP-218ENST00000484548 1290 ntTSL 216.33■□□□□ 0.24e-9■■■■■ 31
UPF1Q92900 MBP-232ENST00000533278 582 ntTSL 216.24■□□□□ 0.194e-9■■■■■ 31
UPF1Q92900 RETSAT-204ENST00000438611 1500 ntTSL 516.04■□□□□ 0.164e-9■■■■■ 31
UPF1Q92900 MBP-202ENST00000355994 2772 ntTSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.134e-9■■■■■ 31
UPF1Q92900 MBP-229ENST00000527975 566 ntTSL 415.83■□□□□ 0.124e-9■■■■■ 31
UPF1Q92900 MBP-215ENST00000473302 558 ntTSL 415.55■□□□□ 0.084e-9■■■■■ 31
UPF1Q92900 TELO2-201ENST00000262319 3314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.57□□□□□ -0.084e-9■■■■■ 31
UPF1Q92900 MBP-208ENST00000397866 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.42□□□□□ -0.14e-9■■■■■ 31
UPF1Q92900 MBP-207ENST00000397865 2127 ntTSL 1 (best) BASIC13.74□□□□□ -0.214e-9■■■■■ 31
UPF1Q92900 MBP-211ENST00000397875 2168 ntTSL 5 BASIC13.48□□□□□ -0.254e-9■■■■■ 31
UPF1Q92900 MBP-210ENST00000397869 884 ntTSL 4 BASIC13.47□□□□□ -0.254e-9■■■■■ 31
UPF1Q92900 MBP-205ENST00000397860 4844 ntTSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.264e-9■■■■■ 31
UPF1Q92900 MBP-214ENST00000467108 769 ntTSL 213.24□□□□□ -0.294e-9■■■■■ 31
UPF1Q92900 MBP-228ENST00000527041 582 ntTSL 5 BASIC13.24□□□□□ -0.294e-9■■■■■ 31
UPF1Q92900 MBP-244ENST00000583266 583 ntTSL 412.82□□□□□ -0.364e-9■■■■■ 31
UPF1Q92900 WDR26-207ENST00000480676 1725 ntTSL 512.57□□□□□ -0.44e-9■■■■■ 31
UPF1Q92900 WDR26-201ENST00000414423 6872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.4□□□□□ -0.424e-9■■■■■ 31
UPF1Q92900 SLC27A1-203ENST00000594962 4343 ntTSL 512.22□□□□□ -0.451e-7■■■■■ 31
UPF1Q92900 MBP-231ENST00000531144 581 ntTSL 411.74□□□□□ -0.534e-9■■■■■ 31
UPF1Q92900 MBP-206ENST00000397863 4800 ntTSL 3 BASIC8.84□□□□□ -0.994e-9■■■■■ 31
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