Protein–RNA interactions for Protein: Q4G0X9

CCDC40, Coiled-coil domain-containing protein 40, humanhuman

Predictions only

Length 1,142 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC40Q4G0X9 RCE1-202ENST00000524506 1379 ntTSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC40Q4G0X9 PLEKHO1-201ENST00000369124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC40Q4G0X9 SDK1-201ENST00000389531 7606 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC40Q4G0X9 ZGPAT-201ENST00000328969 1945 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC40Q4G0X9 LMF1-202ENST00000543238 2103 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC40Q4G0X9 KLC3-204ENST00000585434 1764 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC40Q4G0X9 BARHL1-201ENST00000263610 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC40Q4G0X9 LINC00565-201ENST00000562710 2331 ntBASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC40Q4G0X9 SOHLH1-201ENST00000298466 1987 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC40Q4G0X9 AC139530.1-201ENST00000575312 1977 ntBASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC40Q4G0X9 AP002761.3-201ENST00000546324 1695 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC40Q4G0X9 ANKHD1-221ENST00000616482 2064 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC40Q4G0X9 GLRX3-201ENST00000331244 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC40Q4G0X9 P4HTM-201ENST00000343546 2268 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC40Q4G0X9 SDC3-202ENST00000339394 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
CCDC40Q4G0X9 SH3GLB2-203ENST00000372564 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
CCDC40Q4G0X9 KCNQ5-213ENST00000629977 2830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
CCDC40Q4G0X9 RITA1-202ENST00000549621 2041 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
CCDC40Q4G0X9 NKIRAS2-204ENST00000393880 1644 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
CCDC40Q4G0X9 BIN1-202ENST00000316724 2693 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
CCDC40Q4G0X9 ST3GAL4-213ENST00000530591 1459 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
CCDC40Q4G0X9 SPATA2L-201ENST00000289805 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
CCDC40Q4G0X9 AL356441.2-201ENST00000443009 864 ntBASIC24.03■■□□□ 1.44
CCDC40Q4G0X9 TMEM165-201ENST00000381334 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
CCDC40Q4G0X9 PAXBP1-201ENST00000290178 2564 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
CCDC40Q4G0X9 TOX2-201ENST00000341197 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
CCDC40Q4G0X9 HOXC8-201ENST00000040584 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
CCDC40Q4G0X9 AL391650.1-201ENST00000448923 1468 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
CCDC40Q4G0X9 NPY4R-201ENST00000374312 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
CCDC40Q4G0X9 NPY4R2-201ENST00000576178 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
CCDC40Q4G0X9 RDX-204ENST00000528498 2511 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
CCDC40Q4G0X9 ACTL10-201ENST00000330271 2028 ntAPPRIS P1 BASIC24.02■■□□□ 1.44
CCDC40Q4G0X9 FAM173A-201ENST00000219535 806 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
CCDC40Q4G0X9 AC006455.2-201ENST00000429931 906 ntBASIC24.02■■□□□ 1.44
CCDC40Q4G0X9 MEIS1-AS3-201ENST00000454167 707 ntTSL 4 BASIC24.02■■□□□ 1.44
CCDC40Q4G0X9 AC019163.1-201ENST00000512634 610 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
CCDC40Q4G0X9 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
CCDC40Q4G0X9 RASSF1-AS1-201ENST00000629828 790 ntBASIC24.02■■□□□ 1.44
CCDC40Q4G0X9 OLIG2-202ENST00000382357 2578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
CCDC40Q4G0X9 AVPR2-201ENST00000337474 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
CCDC40Q4G0X9 SRP68-201ENST00000307877 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC40Q4G0X9 ERMP1-202ENST00000339450 5376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC40Q4G0X9 GATM-206ENST00000558336 1522 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC40Q4G0X9 GTSE1-AS1-202ENST00000623117 1518 ntBASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC40Q4G0X9 RAB32-201ENST00000367495 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC40Q4G0X9 PABPN1-207ENST00000556821 1220 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC40Q4G0X9 KRAS-204ENST00000557334 1052 ntTSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC40Q4G0X9 RNF225-201ENST00000601382 990 ntAPPRIS P1 BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC40Q4G0X9 AC099791.2-201ENST00000605725 427 ntBASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC40Q4G0X9 ZNF568-208ENST00000586353 1902 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC40Q4G0X9 NIPA2-203ENST00000398013 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC40Q4G0X9 RNF39-202ENST00000376751 1970 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC40Q4G0X9 PDLIM2-216ENST00000464275 1995 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC40Q4G0X9 LMLN-210ENST00000482695 2010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC40Q4G0X9 FAM72A-202ENST00000367128 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC40Q4G0X9 FAM72D-201ENST00000400889 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC40Q4G0X9 H2AFY-217ENST00000511689 2789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC40Q4G0X9 NTN1-201ENST00000173229 5954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC40Q4G0X9 CERS4-205ENST00000558331 1803 ntTSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC40Q4G0X9 AC092053.2-201ENST00000640557 1818 ntBASIC24■■□□□ 1.43
CCDC40Q4G0X9 HADH-201ENST00000309522 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC40Q4G0X9 PLK5-202ENST00000454744 1930 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC40Q4G0X9 NOTUM-201ENST00000409678 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC40Q4G0X9 FAHD1-201ENST00000382666 1964 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC40Q4G0X9 PARD3-207ENST00000374788 5996 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC40Q4G0X9 LEFTY1-201ENST00000272134 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC40Q4G0X9 POLD2-218ENST00000610533 1619 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC40Q4G0X9 TLX2-201ENST00000233638 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC40Q4G0X9 NDUFV2-201ENST00000318388 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC40Q4G0X9 P2RX2-205ENST00000352418 1200 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC40Q4G0X9 TRAPPC5-202ENST00000426877 765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC40Q4G0X9 SCUBE1-208ENST00000615096 1119 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC40Q4G0X9 AC090377.1-201ENST00000585691 1762 ntTSL 3 BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC40Q4G0X9 CLN6-201ENST00000249806 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC40Q4G0X9 AC073188.6-202ENST00000616616 2281 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC40Q4G0X9 TARBP2-201ENST00000266987 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC40Q4G0X9 THOC6-202ENST00000326266 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC40Q4G0X9 CXCL14-201ENST00000337225 1971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC40Q4G0X9 ANKHD1-204ENST00000394722 2035 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC40Q4G0X9 IRX2-202ENST00000382611 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
CCDC40Q4G0X9 TMEM198B-205ENST00000487582 1581 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
CCDC40Q4G0X9 BRSK2-212ENST00000531197 3163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
CCDC40Q4G0X9 ARL13B-205ENST00000471138 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
CCDC40Q4G0X9 pRNA.6-201ENST00000610482 90 ntBASIC23.99■■□□□ 1.43
CCDC40Q4G0X9 pRNA.5-201ENST00000612139 90 ntBASIC23.99■■□□□ 1.43
CCDC40Q4G0X9 pRNA.11-201ENST00000618423 90 ntBASIC23.99■■□□□ 1.43
CCDC40Q4G0X9 pRNA.13-201ENST00000619112 90 ntBASIC23.99■■□□□ 1.43
CCDC40Q4G0X9 LRRC75A-201ENST00000409083 2656 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
CCDC40Q4G0X9 WDR86-201ENST00000334493 2023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
CCDC40Q4G0X9 HOXB7-201ENST00000239165 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
CCDC40Q4G0X9 SLC35A3-204ENST00000427993 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
CCDC40Q4G0X9 CACYBP-201ENST00000367679 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
CCDC40Q4G0X9 NR2F1-AS1-210ENST00000606739 1431 ntTSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
CCDC40Q4G0X9 IRF3-207ENST00000593922 1494 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
CCDC40Q4G0X9 IGFBP1-201ENST00000275525 1653 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
CCDC40Q4G0X9 DMPK-220ENST00000618091 2503 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
CCDC40Q4G0X9 SKIDA1-201ENST00000444772 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC40Q4G0X9 MMEL1-206ENST00000502556 1943 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC40Q4G0X9 SYT7-201ENST00000263846 4854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC40Q4G0X9 NEIL1-206ENST00000564784 2019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.5 ms