Protein–RNA interactions for Protein: Q3L8U1

CHD9, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 9, humanhuman

Predictions only

Length 2,897 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD9Q3L8U1 PTOV1-201ENST00000391842 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
CHD9Q3L8U1 FAM201B-201ENST00000458407 597 ntBASIC23.6■■□□□ 1.37
CHD9Q3L8U1 MLF2-206ENST00000539187 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
CHD9Q3L8U1 TESC-206ENST00000541210 936 ntTSL 3 BASIC23.6■■□□□ 1.37
CHD9Q3L8U1 AC104187.1-201ENST00000607510 612 ntBASIC23.6■■□□□ 1.37
CHD9Q3L8U1 SGMS1-210ENST00000619438 1680 ntTSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
CHD9Q3L8U1 SPANXA2-OT1-201ENST00000622372 1686 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
CHD9Q3L8U1 OSCAR-211ENST00000617140 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
CHD9Q3L8U1 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CHD9Q3L8U1 AC099522.1-201ENST00000505955 881 ntTSL 3 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CHD9Q3L8U1 AC016888.1-201ENST00000585285 565 ntTSL 3 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CHD9Q3L8U1 FP325331.1-202ENST00000623531 1380 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
CHD9Q3L8U1 SLC25A5-AS1-202ENST00000445759 1616 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CHD9Q3L8U1 KRT87P-202ENST00000534226 1464 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
CHD9Q3L8U1 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CHD9Q3L8U1 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CHD9Q3L8U1 PON2-218ENST00000633531 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CHD9Q3L8U1 WIPF1-207ENST00000410117 777 ntTSL 3 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CHD9Q3L8U1 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CHD9Q3L8U1 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CHD9Q3L8U1 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CHD9Q3L8U1 PTP4A3-204ENST00000521578 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
CHD9Q3L8U1 AC231657.2-201ENST00000624556 255 ntBASIC23.58■■□□□ 1.37
CHD9Q3L8U1 AC011498.4-201ENST00000586020 1803 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
CHD9Q3L8U1 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
CHD9Q3L8U1 RAPSN-205ENST00000529341 1408 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
CHD9Q3L8U1 PRDX1-201ENST00000262746 1234 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
CHD9Q3L8U1 DCPS-201ENST00000263579 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
CHD9Q3L8U1 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
CHD9Q3L8U1 SFTPC-205ENST00000521315 1046 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
CHD9Q3L8U1 ARFRP1-202ENST00000607873 1061 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.36
CHD9Q3L8U1 C7orf25-203ENST00000431882 1645 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
CHD9Q3L8U1 UQCRFS1P1-201ENST00000435169 820 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
CHD9Q3L8U1 AC068987.5-201ENST00000642069 987 ntAPPRIS P1 BASIC23.57■■□□□ 1.36
CHD9Q3L8U1 ITM2C-210ENST00000620962 501 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
CHD9Q3L8U1 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
CHD9Q3L8U1 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
CHD9Q3L8U1 PTH1R-202ENST00000418619 2070 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
CHD9Q3L8U1 EI24-211ENST00000534546 1544 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
CHD9Q3L8U1 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
CHD9Q3L8U1 AC007322.1-201ENST00000426983 750 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
CHD9Q3L8U1 SNX24-211ENST00000513881 1563 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
CHD9Q3L8U1 AC135048.1-201ENST00000566056 1318 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
CHD9Q3L8U1 PRR7-201ENST00000323249 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
CHD9Q3L8U1 PUS1-203ENST00000443358 1664 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
CHD9Q3L8U1 SPRED3-204ENST00000587013 1539 ntTSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
CHD9Q3L8U1 LINC01117-201ENST00000443670 699 ntTSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
CHD9Q3L8U1 AC079140.4-201ENST00000507448 529 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
CHD9Q3L8U1 CTAG1A-201ENST00000593606 993 ntTSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
CHD9Q3L8U1 PROSER2-205ENST00000622831 1646 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
CHD9Q3L8U1 ZNF767P-202ENST00000472212 2100 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
CHD9Q3L8U1 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
CHD9Q3L8U1 LINC01529-204ENST00000636474 1715 ntBASIC23.55■■□□□ 1.36
CHD9Q3L8U1 COA6-202ENST00000366613 641 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
CHD9Q3L8U1 POLR2F-203ENST00000407936 582 ntTSL 3 BASIC23.54■■□□□ 1.36
CHD9Q3L8U1 POLR2F-207ENST00000460648 518 ntTSL 4 BASIC23.54■■□□□ 1.36
CHD9Q3L8U1 AF201337.1-201ENST00000520239 748 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
CHD9Q3L8U1 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
CHD9Q3L8U1 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
CHD9Q3L8U1 AL512625.3-202ENST00000591993 1091 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
CHD9Q3L8U1 IGFBP3-211ENST00000615754 792 ntTSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
CHD9Q3L8U1 CBWD5-207ENST00000382405 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
CHD9Q3L8U1 FAM120B-204ENST00000625626 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
CHD9Q3L8U1 B3GAT3-201ENST00000265471 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
CHD9Q3L8U1 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
CHD9Q3L8U1 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
CHD9Q3L8U1 AC133552.2-202ENST00000575694 574 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
CHD9Q3L8U1 SMUG1P1-201ENST00000590640 811 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
CHD9Q3L8U1 COMT-206ENST00000407537 1457 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
CHD9Q3L8U1 IFNGR2-202ENST00000381995 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
CHD9Q3L8U1 DALRD3-206ENST00000441576 1706 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
CHD9Q3L8U1 MRPL12-201ENST00000333676 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
CHD9Q3L8U1 ZNF295-AS1-201ENST00000412906 952 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
CHD9Q3L8U1 PSME3-210ENST00000590720 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
CHD9Q3L8U1 CENPN-201ENST00000299572 1398 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
CHD9Q3L8U1 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
CHD9Q3L8U1 METTL9-202ENST00000396014 1817 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
CHD9Q3L8U1 LRRC3C-201ENST00000377924 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.53■■□□□ 1.36
CHD9Q3L8U1 C19orf81-201ENST00000425202 765 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
CHD9Q3L8U1 PPP1R14BP2-201ENST00000426284 444 ntBASIC23.53■■□□□ 1.36
CHD9Q3L8U1 LIMD2-206ENST00000578993 602 ntTSL 3 BASIC23.53■■□□□ 1.36
CHD9Q3L8U1 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
CHD9Q3L8U1 FOSL1-201ENST00000312562 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
CHD9Q3L8U1 USP45-202ENST00000329966 1444 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
CHD9Q3L8U1 HMCES-203ENST00000417226 1490 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
CHD9Q3L8U1 AL845552.2-201ENST00000553301 553 ntTSL 4 BASIC23.52■■□□□ 1.36
CHD9Q3L8U1 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
CHD9Q3L8U1 ZC3H14-219ENST00000556945 2075 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
CHD9Q3L8U1 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
CHD9Q3L8U1 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
CHD9Q3L8U1 LYRM9-201ENST00000379102 501 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
CHD9Q3L8U1 MAGI2-AS3-211ENST00000451809 707 ntTSL 3 BASIC23.52■■□□□ 1.36
CHD9Q3L8U1 LYRM9-206ENST00000508862 807 ntTSL 3 BASIC23.52■■□□□ 1.36
CHD9Q3L8U1 IGFALS-203ENST00000568221 730 ntTSL 4 BASIC23.52■■□□□ 1.36
CHD9Q3L8U1 HHEX-201ENST00000282728 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.35
CHD9Q3L8U1 EI24-213ENST00000618552 1747 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.35
CHD9Q3L8U1 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.35
CHD9Q3L8U1 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.35
CHD9Q3L8U1 AF117829.1-207ENST00000504145 1572 ntTSL 3 BASIC23.51■■□□□ 1.35
CHD9Q3L8U1 AC084116.4-201ENST00000524320 484 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
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