Protein–RNA interactions for Protein: P49639

HOXA1, Homeobox protein Hox-A1, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 335 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA1P49639 IRX2-202ENST00000382611 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
HOXA1P49639 PGF-206ENST00000555567 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
HOXA1P49639 TRIM58-201ENST00000366481 3225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
HOXA1P49639 LSM14B-201ENST00000279068 2548 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
HOXA1P49639 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
HOXA1P49639 TEAD2-201ENST00000311227 2164 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
HOXA1P49639 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
HOXA1P49639 EGR3-203ENST00000519492 1500 ntTSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
HOXA1P49639 C19orf12-201ENST00000323670 2464 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
HOXA1P49639 PRSS29P-202ENST00000568091 1864 ntTSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
HOXA1P49639 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC18.04■□□□□ 0.48
HOXA1P49639 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
HOXA1P49639 MRGPRF-AS1-203ENST00000569432 542 ntTSL 4 BASIC18.04■□□□□ 0.48
HOXA1P49639 SMAD1-201ENST00000302085 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
HOXA1P49639 CADM1-201ENST00000331581 1766 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
HOXA1P49639 MAPKAPK2-202ENST00000367103 2961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
HOXA1P49639 CDK5R2-201ENST00000302625 2508 ntAPPRIS P1 BASIC18.03■□□□□ 0.48
HOXA1P49639 IRF3-227ENST00000600911 1637 ntTSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
HOXA1P49639 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
HOXA1P49639 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
HOXA1P49639 SOX4-201ENST00000244745 5852 ntAPPRIS P1 BASIC18.03■□□□□ 0.48
HOXA1P49639 AC009126.1-201ENST00000501338 2245 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
HOXA1P49639 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
HOXA1P49639 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
HOXA1P49639 RALB-201ENST00000272519 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
HOXA1P49639 ARMC9-201ENST00000349938 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
HOXA1P49639 FLT1-207ENST00000615840 6453 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
HOXA1P49639 C7orf25-201ENST00000350427 2451 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
HOXA1P49639 BPTF-201ENST00000306378 9688 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
HOXA1P49639 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
HOXA1P49639 AL121899.1-202ENST00000411839 536 ntTSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
HOXA1P49639 TERT-206ENST00000508104 2486 ntTSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
HOXA1P49639 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
HOXA1P49639 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC18.02■□□□□ 0.48
HOXA1P49639 SMIM11B-205ENST00000624304 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
HOXA1P49639 EVC-201ENST00000264956 6431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
HOXA1P49639 CACNA1A-246ENST00000637736 8340 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
HOXA1P49639 TMEM235-205ENST00000586400 2272 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
HOXA1P49639 ALG1-201ENST00000262374 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
HOXA1P49639 GRK4-206ENST00000504933 1971 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
HOXA1P49639 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
HOXA1P49639 HOXC6-202ENST00000394331 2943 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
HOXA1P49639 NMI-201ENST00000243346 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
HOXA1P49639 DCAF4-202ENST00000358377 2024 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
HOXA1P49639 PLCL1-201ENST00000428675 5125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
HOXA1P49639 COMT-203ENST00000403184 2217 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
HOXA1P49639 TBXA2R-201ENST00000375190 2608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
HOXA1P49639 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
HOXA1P49639 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
HOXA1P49639 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
HOXA1P49639 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
HOXA1P49639 PPT2-244ENST00000324816 2053 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
HOXA1P49639 ESR2-204ENST00000353772 2454 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
HOXA1P49639 SLC35A3-205ENST00000465289 5696 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
HOXA1P49639 KLHDC2-201ENST00000298307 5514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
HOXA1P49639 YY1AP1-214ENST00000407221 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
HOXA1P49639 EVX1-201ENST00000222761 1500 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
HOXA1P49639 SCARF2-202ENST00000622235 3232 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
HOXA1P49639 DBX2-201ENST00000332700 2806 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
HOXA1P49639 NOP56-201ENST00000329276 2400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
HOXA1P49639 NEK3-208ENST00000618534 2414 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
HOXA1P49639 MARK2-211ENST00000513765 2671 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
HOXA1P49639 C3orf58-207ENST00000495414 1876 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
HOXA1P49639 HMGA2-203ENST00000393578 1993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
HOXA1P49639 MYL5-206ENST00000506838 2956 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
HOXA1P49639 CDHR5-201ENST00000349570 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
HOXA1P49639 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
HOXA1P49639 SOX11-201ENST00000322002 8719 ntAPPRIS P1 BASIC18■□□□□ 0.47
HOXA1P49639 SPTBN4-207ENST00000595535 6105 ntTSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
HOXA1P49639 MSANTD1-203ENST00000507492 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
HOXA1P49639 SPRED3-204ENST00000587013 1539 ntTSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
HOXA1P49639 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC18■□□□□ 0.47
HOXA1P49639 YY1AP1-212ENST00000404643 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
HOXA1P49639 TPST2-203ENST00000403880 2084 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
HOXA1P49639 METTL9-202ENST00000396014 1817 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
HOXA1P49639 ZSWIM8-220ENST00000604524 5465 ntTSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
HOXA1P49639 VGF-201ENST00000249330 2575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
HOXA1P49639 ADGRL1-202ENST00000361434 5610 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
HOXA1P49639 PILRB-207ENST00000448382 2314 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
HOXA1P49639 ST3GAL4-209ENST00000526727 1967 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
HOXA1P49639 GFI1-202ENST00000370332 2855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
HOXA1P49639 IGLON5-201ENST00000270642 2606 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
HOXA1P49639 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
HOXA1P49639 LBH-205ENST00000407930 756 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
HOXA1P49639 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
HOXA1P49639 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC17.99■□□□□ 0.47
HOXA1P49639 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
HOXA1P49639 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
HOXA1P49639 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
HOXA1P49639 DLX2-201ENST00000234198 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
HOXA1P49639 AUH-201ENST00000303617 1490 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
HOXA1P49639 DISC1-220ENST00000602873 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
HOXA1P49639 SEPT8-207ENST00000378719 2889 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
HOXA1P49639 ZKSCAN7-206ENST00000431636 1692 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
HOXA1P49639 NTRK1-206ENST00000524377 2432 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
HOXA1P49639 TTC34-202ENST00000637179 1775 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
HOXA1P49639 MAPT-210ENST00000535772 5718 ntTSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
HOXA1P49639 AGAP4-207ENST00000616763 2784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
HOXA1P49639 KCNQ5-201ENST00000342056 6688 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
HOXA1P49639 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.4 ms