Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 AC092368.3-201ENST00000562549 1107 ntTSL 5 BASIC29.39■■■□□ 2.3
HOXC9P31274 HSD11B2-201ENST00000326152 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
HOXC9P31274 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.39■■■□□ 2.3
HOXC9P31274 ILKAP-211ENST00000612675 1335 ntTSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
HOXC9P31274 RAB24-202ENST00000303270 1385 ntTSL 2 BASIC29.39■■■□□ 2.29
HOXC9P31274 OSCAR-209ENST00000616215 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.38■■■□□ 2.29
HOXC9P31274 PREB-202ENST00000406567 1910 ntTSL 5 BASIC29.38■■■□□ 2.29
HOXC9P31274 ADAMTS13-204ENST00000371911 1155 ntTSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
HOXC9P31274 PLAC9-202ENST00000372267 472 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC29.38■■■□□ 2.29
HOXC9P31274 CDCA4P2-201ENST00000441182 718 ntBASIC29.38■■■□□ 2.29
HOXC9P31274 ABHD14A-202ENST00000458031 1113 ntTSL 5 BASIC29.38■■■□□ 2.29
HOXC9P31274 TUSC3-209ENST00000509380 1266 ntTSL 5 BASIC29.38■■■□□ 2.29
HOXC9P31274 OXCT2P1-201ENST00000447263 1535 ntBASIC29.38■■■□□ 2.29
HOXC9P31274 RPIA-201ENST00000283646 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
HOXC9P31274 NPHS2-201ENST00000367615 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
HOXC9P31274 MBNL3-202ENST00000370844 1643 ntTSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
HOXC9P31274 HSF1-201ENST00000400780 2105 ntTSL 5 BASIC29.38■■■□□ 2.29
HOXC9P31274 GATA1-202ENST00000376670 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
HOXC9P31274 VSX1-201ENST00000376707 943 ntTSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
HOXC9P31274 RASGRP2-209ENST00000394429 453 ntTSL 3 BASIC29.37■■■□□ 2.29
HOXC9P31274 AC016769.1-201ENST00000409132 1010 ntBASIC29.37■■■□□ 2.29
HOXC9P31274 FAM66D-201ENST00000434078 918 ntTSL 5 BASIC29.37■■■□□ 2.29
HOXC9P31274 VSX1-206ENST00000444511 1197 ntTSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
HOXC9P31274 YIF1A-205ENST00000471387 854 ntTSL 5 BASIC29.37■■■□□ 2.29
HOXC9P31274 DENND3-207ENST00000518347 850 ntTSL 2 BASIC29.37■■■□□ 2.29
HOXC9P31274 AC073111.5-205ENST00000641717 521 ntBASIC29.37■■■□□ 2.29
HOXC9P31274 PLEKHJ1-206ENST00000587962 1311 ntTSL 2 BASIC29.37■■■□□ 2.29
HOXC9P31274 LYRM1-201ENST00000219168 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.37■■■□□ 2.29
HOXC9P31274 USP45-205ENST00000472914 1617 ntTSL 5 BASIC29.37■■■□□ 2.29
HOXC9P31274 KCTD15-207ENST00000589786 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.37■■■□□ 2.29
HOXC9P31274 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
HOXC9P31274 GLT8D2-205ENST00000548660 1835 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.36■■■□□ 2.29
HOXC9P31274 EPCAM-202ENST00000405271 1530 ntTSL 5 BASIC29.36■■■□□ 2.29
HOXC9P31274 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.36■■■□□ 2.29
HOXC9P31274 HLA-L-209ENST00000420110 1011 ntBASIC29.36■■■□□ 2.29
HOXC9P31274 AP003071.3-201ENST00000562506 366 ntTSL 3 BASIC29.36■■■□□ 2.29
HOXC9P31274 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
HOXC9P31274 C5orf49-201ENST00000399810 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
HOXC9P31274 RAD9A-201ENST00000307980 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
HOXC9P31274 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
HOXC9P31274 PDLIM3-203ENST00000284771 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
HOXC9P31274 TMEM54-202ENST00000373463 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
HOXC9P31274 C16orf86-201ENST00000403458 1267 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
HOXC9P31274 AP002748.1-201ENST00000504911 580 ntTSL 3 BASIC29.35■■■□□ 2.29
HOXC9P31274 CERKL-204ENST00000374970 1392 ntTSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
HOXC9P31274 PIKFYVE-203ENST00000392202 2039 ntTSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
HOXC9P31274 ADARB2-202ENST00000381310 1810 ntTSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
HOXC9P31274 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.34■■■□□ 2.29
HOXC9P31274 TNFRSF18-203ENST00000379268 1179 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
HOXC9P31274 AL590128.2-201ENST00000442889 415 ntTSL 3 BASIC29.34■■■□□ 2.29
HOXC9P31274 HSD17B14-204ENST00000599157 991 ntTSL 3 BASIC29.34■■■□□ 2.29
HOXC9P31274 CASP9-203ENST00000375890 1351 ntTSL 2 BASIC29.34■■■□□ 2.29
HOXC9P31274 SEPT4-205ENST00000426861 1906 ntTSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
HOXC9P31274 TK2-208ENST00000545043 1120 ntTSL 2 BASIC29.33■■■□□ 2.29
HOXC9P31274 AC127029.2-201ENST00000577329 502 ntTSL 3 BASIC29.33■■■□□ 2.29
HOXC9P31274 TMEM191B-201ENST00000612978 1220 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC29.33■■■□□ 2.29
HOXC9P31274 CPT2-209ENST00000636935 803 ntTSL 5 BASIC29.33■■■□□ 2.29
HOXC9P31274 GAS2L1P2-201ENST00000436355 1356 ntBASIC29.33■■■□□ 2.29
HOXC9P31274 DUSP8P3-201ENST00000399571 1760 ntBASIC29.33■■■□□ 2.29
HOXC9P31274 NAE1-202ENST00000359087 1825 ntTSL 2 BASIC29.33■■■□□ 2.29
HOXC9P31274 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
HOXC9P31274 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
HOXC9P31274 EMC7-201ENST00000256545 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
HOXC9P31274 RPS15-210ENST00000592623 873 ntTSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
HOXC9P31274 WWOX-218ENST00000627394 894 ntTSL 5 BASIC29.32■■■□□ 2.28
HOXC9P31274 ASPSCR1-208ENST00000580534 1776 ntTSL 2 BASIC29.31■■■□□ 2.28
HOXC9P31274 NOXA1-202ENST00000392815 1464 ntTSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
HOXC9P31274 AC138649.1-201ENST00000619611 1449 ntTSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
HOXC9P31274 UCHL1-201ENST00000284440 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
HOXC9P31274 UTF1-201ENST00000304477 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
HOXC9P31274 NRL-201ENST00000396995 810 ntTSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
HOXC9P31274 TMEM185B-201ENST00000426077 2131 ntAPPRIS P1 BASIC29.31■■■□□ 2.28
HOXC9P31274 UCHL1-210ENST00000512788 785 ntTSL 3 BASIC29.31■■■□□ 2.28
HOXC9P31274 CERS4-205ENST00000558331 1803 ntTSL 5 BASIC29.31■■■□□ 2.28
HOXC9P31274 LRRC3C-201ENST00000377924 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.3■■■□□ 2.28
HOXC9P31274 ASL-203ENST00000380839 1765 ntTSL 5 BASIC29.3■■■□□ 2.28
HOXC9P31274 PPP1R12B-202ENST00000356764 1687 ntTSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
HOXC9P31274 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
HOXC9P31274 RBM42-203ENST00000588161 1609 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
HOXC9P31274 GPR161-203ENST00000367836 1983 ntTSL 2 BASIC29.3■■■□□ 2.28
HOXC9P31274 DENND2D-202ENST00000369752 1894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.29■■■□□ 2.28
HOXC9P31274 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
HOXC9P31274 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
HOXC9P31274 FOSL1-201ENST00000312562 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
HOXC9P31274 TRAPPC2L-213ENST00000567895 854 ntTSL 3 BASIC29.29■■■□□ 2.28
HOXC9P31274 IL15RA-204ENST00000379977 1626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
HOXC9P31274 ZDHHC7-203ENST00000564466 1488 ntTSL 5 BASIC29.29■■■□□ 2.28
HOXC9P31274 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
HOXC9P31274 MT1M-201ENST00000379818 829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
HOXC9P31274 KRT19P1-201ENST00000405746 1186 ntBASIC29.28■■■□□ 2.28
HOXC9P31274 TMEM41B-205ENST00000533723 723 ntTSL 2 BASIC29.28■■■□□ 2.28
HOXC9P31274 Z97986.1-201ENST00000565879 476 ntTSL 5 BASIC29.28■■■□□ 2.28
HOXC9P31274 IGFBP1-201ENST00000275525 1653 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
HOXC9P31274 AC099805.1-201ENST00000523987 1797 ntTSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
HOXC9P31274 HCFC1R1-201ENST00000248089 965 ntTSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
HOXC9P31274 LTC4S-202ENST00000401985 486 ntTSL 3 BASIC29.27■■■□□ 2.28
HOXC9P31274 FAXDC2-211ENST00000520968 558 ntTSL 4 BASIC29.27■■■□□ 2.28
HOXC9P31274 HCFC1R1-207ENST00000574980 845 ntTSL 5 BASIC29.27■■■□□ 2.28
HOXC9P31274 SLC35A2-211ENST00000634461 533 ntTSL 4 BASIC29.27■■■□□ 2.28
HOXC9P31274 BASP1-203ENST00000616743 1711 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.27■■■□□ 2.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.3 ms