Protein–RNA interactions for Protein: Q9UK41

VPS28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS28Q9UK41 ASPSCR1-208ENST00000580534 1776 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
VPS28Q9UK41 RPL13-202ENST00000393099 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
VPS28Q9UK41 KBTBD13-201ENST00000432196 1377 ntAPPRIS P1 BASIC22.62■■□□□ 1.21
VPS28Q9UK41 MAGED2-206ENST00000375068 2189 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
VPS28Q9UK41 H1FX-201ENST00000333762 1507 ntAPPRIS P1 BASIC22.62■■□□□ 1.21
VPS28Q9UK41 FBXW4-201ENST00000331272 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
VPS28Q9UK41 IKZF1-207ENST00000413698 1808 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
VPS28Q9UK41 POLDIP2-201ENST00000540200 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
VPS28Q9UK41 GUK1-205ENST00000366722 850 ntTSL 3 BASIC22.61■■□□□ 1.21
VPS28Q9UK41 STK19-202ENST00000375333 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
VPS28Q9UK41 UBE2E2-203ENST00000425792 1248 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
VPS28Q9UK41 ABHD6-205ENST00000478253 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
VPS28Q9UK41 RASGEF1B-208ENST00000510780 539 ntTSL 3 BASIC22.61■■□□□ 1.21
VPS28Q9UK41 RASGEF1B-209ENST00000512343 498 ntTSL 3 BASIC22.61■■□□□ 1.21
VPS28Q9UK41 PAFAH1B2-205ENST00000529887 1056 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
VPS28Q9UK41 NFKBID-201ENST00000396901 1834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
VPS28Q9UK41 NFKBID-211ENST00000641389 1834 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
VPS28Q9UK41 CTU2-201ENST00000312060 1672 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
VPS28Q9UK41 EGR3-203ENST00000519492 1500 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
VPS28Q9UK41 CDC16-206ENST00000375310 2156 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
VPS28Q9UK41 AMZ2-202ENST00000359904 2402 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
VPS28Q9UK41 HAUS3-202ENST00000443786 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
VPS28Q9UK41 ATP10A-207ENST00000619904 988 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
VPS28Q9UK41 ZYX-201ENST00000322764 2493 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
VPS28Q9UK41 UBA5-208ENST00000473651 1513 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
VPS28Q9UK41 TSKS-202ENST00000358830 1367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
VPS28Q9UK41 FAM86JP-203ENST00000485843 2012 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
VPS28Q9UK41 C2CD4B-201ENST00000380392 1579 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
VPS28Q9UK41 PTGES2-202ENST00000338961 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
VPS28Q9UK41 STK19-201ENST00000375331 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
VPS28Q9UK41 USP36-218ENST00000590546 1771 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
VPS28Q9UK41 C20orf144-201ENST00000375222 571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
VPS28Q9UK41 AURKAIP1-204ENST00000378853 875 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
VPS28Q9UK41 CROT-202ENST00000412227 1213 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
VPS28Q9UK41 PLPP5-201ENST00000419686 794 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
VPS28Q9UK41 AP001107.5-202ENST00000533759 948 ntTSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
VPS28Q9UK41 DIRAS1-202ENST00000585334 774 ntAPPRIS P1 BASIC22.59■■□□□ 1.21
VPS28Q9UK41 ST3GAL4-202ENST00000356132 1745 ntTSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
VPS28Q9UK41 FRS3-202ENST00000373018 2174 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.59■■□□□ 1.21
VPS28Q9UK41 SRPK3-204ENST00000370108 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
VPS28Q9UK41 MRPS2-202ENST00000371785 1640 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.58■■□□□ 1.21
VPS28Q9UK41 HSPE1-203ENST00000409729 478 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
VPS28Q9UK41 STARD3NL-202ENST00000396013 1365 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
VPS28Q9UK41 LRRC75A-203ENST00000470794 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
VPS28Q9UK41 DLK2-201ENST00000357338 2038 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.2
VPS28Q9UK41 IRF3-207ENST00000593922 1494 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
VPS28Q9UK41 NAT8L-202ENST00000423729 5870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
VPS28Q9UK41 XBP1-207ENST00000611155 1794 ntTSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.2
VPS28Q9UK41 NKIRAS2-206ENST00000393885 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
VPS28Q9UK41 STX4-202ENST00000394998 1498 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
VPS28Q9UK41 ERI3-201ENST00000372257 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
VPS28Q9UK41 C3orf58-207ENST00000495414 1876 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
VPS28Q9UK41 RASSF5-202ENST00000579436 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
VPS28Q9UK41 BFSP1-202ENST00000377873 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
VPS28Q9UK41 ZNHIT2-201ENST00000310597 1306 ntAPPRIS P1 BASIC22.57■■□□□ 1.2
VPS28Q9UK41 NPTXR-201ENST00000333039 5784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
VPS28Q9UK41 EN1-201ENST00000295206 2457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
VPS28Q9UK41 HAS1-201ENST00000222115 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
VPS28Q9UK41 SYNDIG1-201ENST00000376862 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
VPS28Q9UK41 IQCD-203ENST00000546692 1872 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
VPS28Q9UK41 MAP2K5-204ENST00000395476 1689 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS28Q9UK41 KLC1-201ENST00000246489 2294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS28Q9UK41 KLC1-224ENST00000557450 2265 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS28Q9UK41 CDC37L1-202ENST00000381858 1244 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS28Q9UK41 MIR935-201ENST00000401179 91 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS28Q9UK41 AC008443.4-201ENST00000503314 456 ntTSL 4 BASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS28Q9UK41 GJD3-201ENST00000578689 885 ntAPPRIS P1 BASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS28Q9UK41 FAM167A-204ENST00000528897 1620 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS28Q9UK41 AC096677.1-201ENST00000454651 1516 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS28Q9UK41 OAZ2-201ENST00000326005 1934 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS28Q9UK41 FAM102B-202ENST00000405454 1585 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS28Q9UK41 GLT8D2-205ENST00000548660 1835 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS28Q9UK41 GRIN2D-201ENST00000263269 5093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS28Q9UK41 STRBP-202ENST00000360998 2990 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS28Q9UK41 EID2B-201ENST00000326282 1865 ntAPPRIS P1 BASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS28Q9UK41 PRSS29P-202ENST00000568091 1864 ntTSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS28Q9UK41 TCF3-203ENST00000395423 2779 ntTSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS28Q9UK41 PNKP-201ENST00000322344 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS28Q9UK41 DOHH-201ENST00000427575 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS28Q9UK41 SRPK3-203ENST00000370104 1753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS28Q9UK41 ACP1-201ENST00000272065 1549 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS28Q9UK41 P2RX2-202ENST00000348800 1222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS28Q9UK41 P2RX2-204ENST00000351222 1140 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS28Q9UK41 RBM38-205ENST00000440234 686 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS28Q9UK41 P2RX2-207ENST00000449132 1113 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS28Q9UK41 LGR4-203ENST00000480977 492 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS28Q9UK41 SIRT3-215ENST00000532956 1235 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS28Q9UK41 AICDA-202ENST00000537228 667 ntTSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS28Q9UK41 MADCAM1-208ENST00000621286 1203 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS28Q9UK41 IGF2-AS-201ENST00000381361 2063 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS28Q9UK41 ME2-208ENST00000638937 2471 ntTSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS28Q9UK41 MAP6D1-201ENST00000318631 2111 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS28Q9UK41 MAF-202ENST00000393350 6384 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS28Q9UK41 SLC22A17-201ENST00000206544 2284 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS28Q9UK41 SMIM19-203ENST00000417410 1466 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS28Q9UK41 C1orf122-202ENST00000373043 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
VPS28Q9UK41 SPAG7-205ENST00000573366 1668 ntTSL 3 BASIC22.53■■□□□ 1.2
VPS28Q9UK41 NGEF-203ENST00000409079 1022 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
VPS28Q9UK41 CCDC115-202ENST00000409127 1247 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
VPS28Q9UK41 NDUFAF8-201ENST00000431388 615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.6 ms