Protein–RNA interactions for Protein: Q9NY93

DDX56, Probable ATP-dependent RNA helicase DDX56, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 547 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DDX56Q9NY93 ZNF568-208ENST00000586353 1902 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
DDX56Q9NY93 DENND1A-201ENST00000373618 3003 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
DDX56Q9NY93 ANKHD1-221ENST00000616482 2064 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
DDX56Q9NY93 ADRM1-205ENST00000620230 1361 ntTSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.26
DDX56Q9NY93 C19orf68-201ENST00000328759 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
DDX56Q9NY93 IER5L-201ENST00000372491 2711 ntAPPRIS P1 BASIC22.89■■□□□ 1.26
DDX56Q9NY93 TLX2-201ENST00000233638 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
DDX56Q9NY93 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC22.89■■□□□ 1.25
DDX56Q9NY93 SLC25A39-203ENST00000537904 1274 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
DDX56Q9NY93 CCDC194-202ENST00000636079 705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.25
DDX56Q9NY93 MXRA7-201ENST00000355797 5661 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
DDX56Q9NY93 MRPS2-202ENST00000371785 1640 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.89■■□□□ 1.25
DDX56Q9NY93 AKT1S1-206ENST00000391834 1849 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.25
DDX56Q9NY93 P4HA3-202ENST00000427714 2248 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
DDX56Q9NY93 HOXC8-201ENST00000040584 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
DDX56Q9NY93 AL391650.1-201ENST00000448923 1468 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
DDX56Q9NY93 WDR86-201ENST00000334493 2023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
DDX56Q9NY93 CLPSL2-202ENST00000403376 405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
DDX56Q9NY93 ERRFI1-204ENST00000474874 479 ntTSL 3 BASIC22.88■■□□□ 1.25
DDX56Q9NY93 LRRK1-208ENST00000532029 1241 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
DDX56Q9NY93 PICSAR-201ENST00000615826 733 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
DDX56Q9NY93 SDSL-202ENST00000403593 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
DDX56Q9NY93 PCP4L1-201ENST00000504449 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
DDX56Q9NY93 FOXJ1-201ENST00000322957 2641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
DDX56Q9NY93 NIPA2-203ENST00000398013 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
DDX56Q9NY93 REPIN1-214ENST00000489432 2058 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
DDX56Q9NY93 KISS1-201ENST00000367194 709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
DDX56Q9NY93 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC22.87■■□□□ 1.25
DDX56Q9NY93 OIP5-AS1-208ENST00000560706 473 ntTSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
DDX56Q9NY93 PRSS21-201ENST00000005995 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
DDX56Q9NY93 TUBBP5-204ENST00000635438 565 ntTSL 4 BASIC22.87■■□□□ 1.25
DDX56Q9NY93 KIF2A-202ENST00000401507 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
DDX56Q9NY93 GPR137B-202ENST00000366592 2042 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
DDX56Q9NY93 EPCAM-202ENST00000405271 1530 ntTSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
DDX56Q9NY93 AC138028.2-201ENST00000440406 1539 ntTSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
DDX56Q9NY93 RNF39-202ENST00000376751 1970 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
DDX56Q9NY93 LMF1-202ENST00000543238 2103 ntTSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
DDX56Q9NY93 PLEKHA8-208ENST00000622102 2140 ntTSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
DDX56Q9NY93 P4HTM-201ENST00000343546 2268 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
DDX56Q9NY93 ARL13B-205ENST00000471138 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
DDX56Q9NY93 HADH-201ENST00000309522 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
DDX56Q9NY93 GPR143-203ENST00000467482 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
DDX56Q9NY93 P2RX5-201ENST00000225328 2309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
DDX56Q9NY93 GABBR2-201ENST00000259455 5788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
DDX56Q9NY93 SDC3-202ENST00000339394 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
DDX56Q9NY93 FXYD3-201ENST00000344013 1404 ntTSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
DDX56Q9NY93 AC103702.2-201ENST00000433510 1270 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
DDX56Q9NY93 ARPC4-208ENST00000498623 942 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
DDX56Q9NY93 TIE1-210ENST00000538015 1140 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
DDX56Q9NY93 CFD-202ENST00000592860 809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
DDX56Q9NY93 AL356740.2-201ENST00000601559 647 ntBASIC22.86■■□□□ 1.25
DDX56Q9NY93 CXCL14-201ENST00000337225 1971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
DDX56Q9NY93 RALGPS1-207ENST00000394022 1672 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
DDX56Q9NY93 HOXB7-201ENST00000239165 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
DDX56Q9NY93 FDFT1-201ENST00000220584 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
DDX56Q9NY93 FAM47E-201ENST00000424749 1484 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
DDX56Q9NY93 SCRT2-201ENST00000246104 3577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
DDX56Q9NY93 SEPT8-207ENST00000378719 2889 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
DDX56Q9NY93 C11orf96-202ENST00000528572 1834 ntBASIC22.85■■□□□ 1.25
DDX56Q9NY93 HAGHL-212ENST00000564537 1667 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
DDX56Q9NY93 ZBTB22-208ENST00000431845 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
DDX56Q9NY93 AC090377.1-201ENST00000585691 1762 ntTSL 3 BASIC22.85■■□□□ 1.25
DDX56Q9NY93 CIDEB-201ENST00000258807 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
DDX56Q9NY93 CASP9-203ENST00000375890 1351 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
DDX56Q9NY93 NKIRAS2-204ENST00000393880 1644 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
DDX56Q9NY93 FAHD1-201ENST00000382666 1964 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
DDX56Q9NY93 PEX7-201ENST00000318471 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
DDX56Q9NY93 PARD3-202ENST00000346874 5894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
DDX56Q9NY93 PARD3-203ENST00000350537 5867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
DDX56Q9NY93 GLRX3-201ENST00000331244 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
DDX56Q9NY93 PLEKHJ1-206ENST00000587962 1311 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
DDX56Q9NY93 AKT2-210ENST00000424901 5170 ntTSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
DDX56Q9NY93 SH2D3A-201ENST00000245908 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
DDX56Q9NY93 IGFBP1-201ENST00000275525 1653 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
DDX56Q9NY93 AP002761.3-201ENST00000546324 1695 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
DDX56Q9NY93 BCS1L-210ENST00000431802 2015 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
DDX56Q9NY93 THOC6-202ENST00000326266 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
DDX56Q9NY93 REXO1-201ENST00000170168 4591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
DDX56Q9NY93 KREMEN2-203ENST00000571007 1877 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
DDX56Q9NY93 CLN6-201ENST00000249806 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
DDX56Q9NY93 CACNB3-205ENST00000547392 2237 ntTSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
DDX56Q9NY93 NDUFV2-201ENST00000318388 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
DDX56Q9NY93 CA15P2-201ENST00000611168 834 ntBASIC22.84■■□□□ 1.25
DDX56Q9NY93 SCUBE1-208ENST00000615096 1119 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
DDX56Q9NY93 SYNDIG1-201ENST00000376862 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
DDX56Q9NY93 ST3GAL4-213ENST00000530591 1459 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
DDX56Q9NY93 MMEL1-206ENST00000502556 1943 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
DDX56Q9NY93 AC137767.1-201ENST00000602918 1920 ntBASIC22.84■■□□□ 1.25
DDX56Q9NY93 ANKHD1-204ENST00000394722 2035 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
DDX56Q9NY93 BCL11B-203ENST00000443726 2599 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
DDX56Q9NY93 DES-201ENST00000373960 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
DDX56Q9NY93 CDK5-204ENST00000485972 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
DDX56Q9NY93 PPT2-244ENST00000324816 2053 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
DDX56Q9NY93 DUX4-203ENST00000565211 1710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
DDX56Q9NY93 PAXBP1-201ENST00000290178 2564 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
DDX56Q9NY93 TRIR-205ENST00000592273 783 ntTSL 3 BASIC22.83■■□□□ 1.25
DDX56Q9NY93 ABHD16B-201ENST00000369916 1491 ntAPPRIS P1 BASIC22.83■■□□□ 1.25
DDX56Q9NY93 UBALD1-206ENST00000590965 1462 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
DDX56Q9NY93 NPY4R-201ENST00000374312 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
DDX56Q9NY93 NPY4R2-201ENST00000576178 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.3 ms