Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
CCDC87Q9NVE4 ADAMTS13-204ENST00000371911 1155 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
CCDC87Q9NVE4 MT1M-201ENST00000379818 829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
CCDC87Q9NVE4 LINC02091-201ENST00000576171 1185 ntTSL 5 BASIC28.16■■■□□ 2.1
CCDC87Q9NVE4 HAS1-203ENST00000594621 760 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
CCDC87Q9NVE4 BID-214ENST00000617586 542 ntTSL 5 BASIC28.16■■■□□ 2.1
CCDC87Q9NVE4 SLC35A2-211ENST00000634461 533 ntTSL 4 BASIC28.16■■■□□ 2.1
CCDC87Q9NVE4 TBC1D22A-202ENST00000355704 1886 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
CCDC87Q9NVE4 TCP1-202ENST00000392168 1878 ntTSL 5 BASIC28.16■■■□□ 2.1
CCDC87Q9NVE4 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.16■■■□□ 2.1
CCDC87Q9NVE4 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
CCDC87Q9NVE4 AL591684.2-201ENST00000605970 1594 ntTSL 5 BASIC28.16■■■□□ 2.1
CCDC87Q9NVE4 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
CCDC87Q9NVE4 SCAMP3-202ENST00000355379 1537 ntTSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
CCDC87Q9NVE4 TESC-201ENST00000335209 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
CCDC87Q9NVE4 MAP2K4P1-201ENST00000438453 1195 ntBASIC28.15■■■□□ 2.1
CCDC87Q9NVE4 TRAPPC3-208ENST00000616074 1114 ntTSL 5 BASIC28.15■■■□□ 2.1
CCDC87Q9NVE4 WWOX-218ENST00000627394 894 ntTSL 5 BASIC28.15■■■□□ 2.1
CCDC87Q9NVE4 POU5F1-209ENST00000638788 369 ntTSL 5 BASIC28.15■■■□□ 2.1
CCDC87Q9NVE4 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
CCDC87Q9NVE4 MIS18A-201ENST00000290130 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
CCDC87Q9NVE4 GATA1-202ENST00000376670 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
CCDC87Q9NVE4 BLOC1S4-201ENST00000320776 1617 ntAPPRIS P1 BASIC28.14■■■□□ 2.1
CCDC87Q9NVE4 FAM120B-204ENST00000625626 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.14■■■□□ 2.1
CCDC87Q9NVE4 UTF1-201ENST00000304477 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
CCDC87Q9NVE4 RAB6B-203ENST00000469959 500 ntTSL 3 BASIC28.14■■■□□ 2.1
CCDC87Q9NVE4 AC037459.4-201ENST00000517384 585 ntTSL 4 BASIC28.14■■■□□ 2.1
CCDC87Q9NVE4 HSD17B14-204ENST00000599157 991 ntTSL 3 BASIC28.14■■■□□ 2.1
CCDC87Q9NVE4 ARRDC1-AS1-201ENST00000371417 1409 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
CCDC87Q9NVE4 KRTAP17-1-201ENST00000334202 779 ntAPPRIS P1 BASIC28.13■■■□□ 2.09
CCDC87Q9NVE4 AL355802.2-201ENST00000402069 882 ntBASIC28.13■■■□□ 2.09
CCDC87Q9NVE4 KRT19P1-201ENST00000405746 1186 ntBASIC28.13■■■□□ 2.09
CCDC87Q9NVE4 AC010141.3-201ENST00000456659 717 ntBASIC28.13■■■□□ 2.09
CCDC87Q9NVE4 AP002748.1-201ENST00000504911 580 ntTSL 3 BASIC28.13■■■□□ 2.09
CCDC87Q9NVE4 TMEM191A-211ENST00000637163 1067 ntBASIC28.13■■■□□ 2.09
CCDC87Q9NVE4 ACBD4-214ENST00000591859 1998 ntTSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
CCDC87Q9NVE4 ILKAP-211ENST00000612675 1335 ntTSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
CCDC87Q9NVE4 RASL12-202ENST00000421977 1523 ntTSL 2 BASIC28.13■■■□□ 2.09
CCDC87Q9NVE4 PTP4A3-204ENST00000521578 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.12■■■□□ 2.09
CCDC87Q9NVE4 ZNF205-202ENST00000382192 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
CCDC87Q9NVE4 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
CCDC87Q9NVE4 HIST1H2AM-201ENST00000359611 393 ntAPPRIS P1 BASIC28.12■■■□□ 2.09
CCDC87Q9NVE4 AC006970.2-201ENST00000450065 779 ntBASIC28.12■■■□□ 2.09
CCDC87Q9NVE4 EXD3-208ENST00000479452 962 ntTSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
CCDC87Q9NVE4 TUSC3-209ENST00000509380 1266 ntTSL 5 BASIC28.12■■■□□ 2.09
CCDC87Q9NVE4 PDXDC2P-202ENST00000527016 543 ntTSL 3 BASIC28.12■■■□□ 2.09
CCDC87Q9NVE4 AP003071.3-201ENST00000562506 366 ntTSL 3 BASIC28.12■■■□□ 2.09
CCDC87Q9NVE4 LINC01901-201ENST00000585822 1115 ntTSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
CCDC87Q9NVE4 AL109923.1-201ENST00000618799 583 ntBASIC28.12■■■□□ 2.09
CCDC87Q9NVE4 TMED2-201ENST00000262225 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
CCDC87Q9NVE4 PRR7-201ENST00000323249 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
CCDC87Q9NVE4 AC009506.1-201ENST00000418474 1494 ntTSL 2 BASIC28.12■■■□□ 2.09
CCDC87Q9NVE4 CERKL-204ENST00000374970 1392 ntTSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
CCDC87Q9NVE4 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
CCDC87Q9NVE4 PDIA2-201ENST00000219406 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
CCDC87Q9NVE4 HCFC1R1-201ENST00000248089 965 ntTSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
CCDC87Q9NVE4 EMC7-201ENST00000256545 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
CCDC87Q9NVE4 LY6E-202ENST00000429120 1173 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
CCDC87Q9NVE4 FAM66D-201ENST00000434078 918 ntTSL 5 BASIC28.11■■■□□ 2.09
CCDC87Q9NVE4 ZNF696-204ENST00000520333 605 ntTSL 5 BASIC28.11■■■□□ 2.09
CCDC87Q9NVE4 HCFC1R1-207ENST00000574980 845 ntTSL 5 BASIC28.11■■■□□ 2.09
CCDC87Q9NVE4 SEPT4-215ENST00000580809 952 ntTSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
CCDC87Q9NVE4 LRRC34-206ENST00000522526 1899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
CCDC87Q9NVE4 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
CCDC87Q9NVE4 TMEM54-202ENST00000373463 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
CCDC87Q9NVE4 IL15RA-207ENST00000397250 584 ntTSL 2 BASIC28.1■■■□□ 2.09
CCDC87Q9NVE4 IL15RA-215ENST00000528354 1037 ntTSL 2 BASIC28.1■■■□□ 2.09
CCDC87Q9NVE4 LINC01976-201ENST00000565120 434 ntTSL 2 BASIC28.1■■■□□ 2.09
CCDC87Q9NVE4 IL15RA-220ENST00000620345 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
CCDC87Q9NVE4 AC087239.1-201ENST00000622671 572 ntBASIC28.1■■■□□ 2.09
CCDC87Q9NVE4 RAB24-202ENST00000303270 1385 ntTSL 2 BASIC28.1■■■□□ 2.09
CCDC87Q9NVE4 HTATIP2-204ENST00000451739 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
CCDC87Q9NVE4 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
CCDC87Q9NVE4 ARFIP2-202ENST00000396777 1868 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.09■■■□□ 2.09
CCDC87Q9NVE4 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
CCDC87Q9NVE4 MSX2-201ENST00000239243 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
CCDC87Q9NVE4 CROCCP5-201ENST00000436658 830 ntBASIC28.09■■■□□ 2.09
CCDC87Q9NVE4 CTAG1A-201ENST00000593606 993 ntTSL 5 BASIC28.09■■■□□ 2.09
CCDC87Q9NVE4 CHST6-202ENST00000390664 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
CCDC87Q9NVE4 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
CCDC87Q9NVE4 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
CCDC87Q9NVE4 SMUG1-215ENST00000508394 1697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.08■■■□□ 2.09
CCDC87Q9NVE4 SLC22A15-201ENST00000369502 1230 ntTSL 2 BASIC28.08■■■□□ 2.09
CCDC87Q9NVE4 C19orf24-201ENST00000409293 983 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.08■■■□□ 2.09
CCDC87Q9NVE4 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
CCDC87Q9NVE4 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
CCDC87Q9NVE4 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
CCDC87Q9NVE4 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC28.08■■■□□ 2.08
CCDC87Q9NVE4 AC096677.1-201ENST00000454651 1516 ntTSL 2 BASIC28.08■■■□□ 2.08
CCDC87Q9NVE4 TRAPPC2L-213ENST00000567895 854 ntTSL 3 BASIC28.07■■■□□ 2.08
CCDC87Q9NVE4 AC127029.2-201ENST00000577329 502 ntTSL 3 BASIC28.07■■■□□ 2.08
CCDC87Q9NVE4 POU2F3-206ENST00000543440 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
CCDC87Q9NVE4 AC138649.1-201ENST00000619611 1449 ntTSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
CCDC87Q9NVE4 ASCC1-204ENST00000394915 1510 ntTSL 5 BASIC28.07■■■□□ 2.08
CCDC87Q9NVE4 CTU2-201ENST00000312060 1672 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.07■■■□□ 2.08
CCDC87Q9NVE4 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
CCDC87Q9NVE4 DCXR-201ENST00000306869 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
CCDC87Q9NVE4 PTRH1-201ENST00000335223 759 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
CCDC87Q9NVE4 LRRC3C-201ENST00000377924 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.06■■■□□ 2.08
CCDC87Q9NVE4 FAXDC2-211ENST00000520968 558 ntTSL 4 BASIC28.06■■■□□ 2.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.1 ms