Protein–RNA interactions for Protein: Q96PN7

TRERF1, Transcriptional-regulating factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRERF1Q96PN7 RPIA-201ENST00000283646 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
TRERF1Q96PN7 NINJ1-201ENST00000375446 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
TRERF1Q96PN7 INS-202ENST00000381330 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
TRERF1Q96PN7 ASPDH-202ENST00000389208 1040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
TRERF1Q96PN7 PRMT2-204ENST00000397628 954 ntTSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
TRERF1Q96PN7 AC027612.3-201ENST00000413684 1047 ntBASIC25.45■■□□□ 1.66
TRERF1Q96PN7 AC034268.1-201ENST00000441047 882 ntBASIC25.45■■□□□ 1.66
TRERF1Q96PN7 STOML2-202ENST00000452248 1296 ntTSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
TRERF1Q96PN7 AC012414.1-201ENST00000556676 535 ntBASIC25.45■■□□□ 1.66
TRERF1Q96PN7 STOML2-205ENST00000619795 1293 ntTSL 3 BASIC25.45■■□□□ 1.66
TRERF1Q96PN7 ZFAND2B-202ENST00000409097 1765 ntTSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
TRERF1Q96PN7 PDIA2-201ENST00000219406 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
TRERF1Q96PN7 MRPL14-201ENST00000372014 959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
TRERF1Q96PN7 OTUB1-212ENST00000543988 1259 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
TRERF1Q96PN7 BCL2L12-212ENST00000616144 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
TRERF1Q96PN7 HMGA2-205ENST00000425208 1444 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
TRERF1Q96PN7 SCN1B-206ENST00000638536 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
TRERF1Q96PN7 PCOLCE2-201ENST00000295992 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
TRERF1Q96PN7 STK19-202ENST00000375333 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
TRERF1Q96PN7 HACD1-201ENST00000326961 773 ntTSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
TRERF1Q96PN7 FAM219A-202ENST00000379078 770 ntTSL 3 BASIC25.43■■□□□ 1.66
TRERF1Q96PN7 FAM219A-205ENST00000379084 893 ntTSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
TRERF1Q96PN7 CKLF-205ENST00000417030 628 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC25.43■■□□□ 1.66
TRERF1Q96PN7 AL354811.1-201ENST00000610286 706 ntBASIC25.43■■□□□ 1.66
TRERF1Q96PN7 ALG1L9P-201ENST00000508969 2165 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
TRERF1Q96PN7 C7orf26-202ENST00000359073 1762 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
TRERF1Q96PN7 DHH-201ENST00000266991 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
TRERF1Q96PN7 FLOT1-201ENST00000376389 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
TRERF1Q96PN7 CCKBR-206ENST00000532715 1734 ntTSL 3 BASIC25.43■■□□□ 1.66
TRERF1Q96PN7 LEF1-AS1-207ENST00000512637 1675 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
TRERF1Q96PN7 PEX11G-203ENST00000593942 1345 ntTSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
TRERF1Q96PN7 POU2F3-206ENST00000543440 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
TRERF1Q96PN7 MRPL37-202ENST00000360840 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
TRERF1Q96PN7 TMED4-205ENST00000481238 1755 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
TRERF1Q96PN7 PREB-202ENST00000406567 1910 ntTSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
TRERF1Q96PN7 BHLHA9-201ENST00000391429 902 ntAPPRIS P1 BASIC25.42■■□□□ 1.66
TRERF1Q96PN7 GLI3-203ENST00000437480 451 ntTSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
TRERF1Q96PN7 POLR2H-204ENST00000438240 994 ntTSL 3 BASIC25.42■■□□□ 1.66
TRERF1Q96PN7 LINC01942-201ENST00000521373 513 ntTSL 4 BASIC25.42■■□□□ 1.66
TRERF1Q96PN7 RAB43-208ENST00000615093 783 ntTSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
TRERF1Q96PN7 KDELR1-203ENST00000597017 1594 ntTSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
TRERF1Q96PN7 NAT8L-202ENST00000423729 5870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
TRERF1Q96PN7 AC096541.1-201ENST00000445070 1807 ntTSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
TRERF1Q96PN7 LRIG1-202ENST00000383703 5283 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
TRERF1Q96PN7 SETD9-211ENST00000628593 1306 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
TRERF1Q96PN7 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
TRERF1Q96PN7 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
TRERF1Q96PN7 LHPP-203ENST00000392757 840 ntTSL 3 BASIC25.41■■□□□ 1.66
TRERF1Q96PN7 H1FX-AS1-204ENST00000511998 917 ntTSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
TRERF1Q96PN7 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
TRERF1Q96PN7 P4HA3-201ENST00000331597 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
TRERF1Q96PN7 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
TRERF1Q96PN7 HSD11B2-201ENST00000326152 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
TRERF1Q96PN7 H19-210ENST00000439725 1929 ntTSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
TRERF1Q96PN7 AL353803.4-201ENST00000565882 1934 ntBASIC25.4■■□□□ 1.66
TRERF1Q96PN7 PYY-201ENST00000360085 1053 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
TRERF1Q96PN7 MFSD14C-201ENST00000375223 619 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
TRERF1Q96PN7 SLC26A1-203ENST00000398520 1111 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
TRERF1Q96PN7 AC123595.1-201ENST00000440769 1046 ntBASIC25.4■■□□□ 1.66
TRERF1Q96PN7 ZBTB22-208ENST00000431845 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
TRERF1Q96PN7 BLOC1S4-201ENST00000320776 1617 ntAPPRIS P1 BASIC25.4■■□□□ 1.66
TRERF1Q96PN7 FAM167A-204ENST00000528897 1620 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
TRERF1Q96PN7 ZNRF1-201ENST00000320619 2479 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
TRERF1Q96PN7 AC007326.4-201ENST00000638240 1669 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.66
TRERF1Q96PN7 UCHL5-201ENST00000367448 1534 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
TRERF1Q96PN7 TTC39A-203ENST00000371747 1876 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.66
TRERF1Q96PN7 AC004687.1-201ENST00000579003 1625 ntBASIC25.39■■□□□ 1.66
TRERF1Q96PN7 PRKCQ-AS1-204ENST00000455810 920 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.66
TRERF1Q96PN7 LRRC37A17P-202ENST00000570478 572 ntTSL 4 BASIC25.39■■□□□ 1.66
TRERF1Q96PN7 OAZ2-201ENST00000326005 1934 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.65
TRERF1Q96PN7 TM9SF3-201ENST00000371142 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
TRERF1Q96PN7 CBWD5-207ENST00000382405 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
TRERF1Q96PN7 SLAIN1-213ENST00000466548 2637 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
TRERF1Q96PN7 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
TRERF1Q96PN7 CRB3-202ENST00000356762 733 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
TRERF1Q96PN7 SPOCK2-203ENST00000412663 1284 ntTSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
TRERF1Q96PN7 DUX4L2-201ENST00000561772 1275 ntBASIC25.38■■□□□ 1.65
TRERF1Q96PN7 DUX4-206ENST00000616166 1275 ntAPPRIS P2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
TRERF1Q96PN7 PDE10A-205ENST00000616273 2118 ntTSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
TRERF1Q96PN7 DUX4L6-201ENST00000626483 1275 ntBASIC25.38■■□□□ 1.65
TRERF1Q96PN7 DUX4L1-201ENST00000627662 1275 ntBASIC25.38■■□□□ 1.65
TRERF1Q96PN7 DUX4L8-201ENST00000629013 1275 ntBASIC25.38■■□□□ 1.65
TRERF1Q96PN7 DUX4L3-201ENST00000630187 1275 ntBASIC25.38■■□□□ 1.65
TRERF1Q96PN7 DUX4L7-201ENST00000630678 1275 ntBASIC25.38■■□□□ 1.65
TRERF1Q96PN7 DUX4L5-201ENST00000630834 1275 ntBASIC25.38■■□□□ 1.65
TRERF1Q96PN7 AL133516.1-201ENST00000633012 540 ntTSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
TRERF1Q96PN7 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
TRERF1Q96PN7 UBALD1-208ENST00000591401 1305 ntTSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
TRERF1Q96PN7 H1FX-201ENST00000333762 1507 ntAPPRIS P1 BASIC25.37■■□□□ 1.65
TRERF1Q96PN7 LGALS9B-202ENST00000423676 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
TRERF1Q96PN7 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
TRERF1Q96PN7 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
TRERF1Q96PN7 CABLES1-201ENST00000256925 5002 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
TRERF1Q96PN7 STX18-205ENST00000505286 1380 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
TRERF1Q96PN7 PRR25-201ENST00000301698 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
TRERF1Q96PN7 SLC25A45-206ENST00000526432 894 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
TRERF1Q96PN7 POLR2E-214ENST00000619917 932 ntTSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
TRERF1Q96PN7 ROR1-202ENST00000371080 2305 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
TRERF1Q96PN7 TMEM230-205ENST00000379279 1636 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
TRERF1Q96PN7 BBC3-202ENST00000341983 1538 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.5 ms