Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 MYO15B-232ENST00000610510 9195 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
RPUSD4Q96CM3 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
RPUSD4Q96CM3 CLDN5-203ENST00000413119 1760 ntTSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
RPUSD4Q96CM3 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC17.38■□□□□ 0.37
RPUSD4Q96CM3 EPDR1-201ENST00000199448 2599 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
RPUSD4Q96CM3 C3orf70-201ENST00000335012 5901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
RPUSD4Q96CM3 PEX6-201ENST00000244546 2696 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
RPUSD4Q96CM3 AF117829.1-207ENST00000504145 1572 ntTSL 3 BASIC17.37■□□□□ 0.37
RPUSD4Q96CM3 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC17.37■□□□□ 0.37
RPUSD4Q96CM3 DACT1-204ENST00000541264 2610 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
RPUSD4Q96CM3 ACAA1-219ENST00000625927 1760 ntTSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
RPUSD4Q96CM3 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
RPUSD4Q96CM3 CIZ1-203ENST00000357558 2907 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
RPUSD4Q96CM3 PPP1R3F-201ENST00000055335 3421 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
RPUSD4Q96CM3 ESR2-204ENST00000353772 2454 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
RPUSD4Q96CM3 TXNDC5-201ENST00000379757 2964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
RPUSD4Q96CM3 PROB1-201ENST00000434752 5122 ntAPPRIS P1 BASIC17.36■□□□□ 0.37
RPUSD4Q96CM3 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
RPUSD4Q96CM3 RBFOX1-206ENST00000535565 1599 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
RPUSD4Q96CM3 PLPP5-209ENST00000529359 2185 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
RPUSD4Q96CM3 ORAI3-201ENST00000318663 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
RPUSD4Q96CM3 PHACTR3-202ENST00000359926 2252 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
RPUSD4Q96CM3 DTWD2-203ENST00000510708 2307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
RPUSD4Q96CM3 EPN1-201ENST00000085079 2355 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
RPUSD4Q96CM3 SOX8-201ENST00000293894 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
RPUSD4Q96CM3 CPNE7-202ENST00000319518 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
RPUSD4Q96CM3 SNAP23-202ENST00000349777 2480 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
RPUSD4Q96CM3 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
RPUSD4Q96CM3 PSIP1-202ENST00000380716 1889 ntTSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
RPUSD4Q96CM3 WNT10A-201ENST00000258411 2547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
RPUSD4Q96CM3 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
RPUSD4Q96CM3 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
RPUSD4Q96CM3 SSSCA1-AS1-201ENST00000567594 614 ntBASIC17.36■□□□□ 0.37
RPUSD4Q96CM3 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC17.36■□□□□ 0.37
RPUSD4Q96CM3 MATK-204ENST00000585778 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
RPUSD4Q96CM3 TMEM159-201ENST00000233047 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
RPUSD4Q96CM3 PAQR6-202ENST00000335852 2117 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
RPUSD4Q96CM3 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
RPUSD4Q96CM3 FAM214B-203ENST00000378561 5771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
RPUSD4Q96CM3 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
RPUSD4Q96CM3 HCN1-202ENST00000634658 4738 ntTSL 3 BASIC17.36■□□□□ 0.37
RPUSD4Q96CM3 FMN2-201ENST00000319653 6434 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
RPUSD4Q96CM3 C19orf12-201ENST00000323670 2464 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
RPUSD4Q96CM3 KCTD13-207ENST00000568000 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
RPUSD4Q96CM3 TBC1D22A-202ENST00000355704 1886 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
RPUSD4Q96CM3 PTGER3-204ENST00000356595 1943 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
RPUSD4Q96CM3 PTGER3-207ENST00000370931 1914 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
RPUSD4Q96CM3 TFG-201ENST00000240851 1978 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
RPUSD4Q96CM3 BRSK2-208ENST00000528841 3586 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
RPUSD4Q96CM3 CCDC130-201ENST00000221554 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
RPUSD4Q96CM3 CD2AP-201ENST00000359314 5412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
RPUSD4Q96CM3 CACNG2-201ENST00000300105 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
RPUSD4Q96CM3 FAM72B-202ENST00000369390 2396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
RPUSD4Q96CM3 RDX-204ENST00000528498 2511 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
RPUSD4Q96CM3 MARK1-205ENST00000611084 5321 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
RPUSD4Q96CM3 C7orf26-202ENST00000359073 1762 ntTSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
RPUSD4Q96CM3 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.34■□□□□ 0.37
RPUSD4Q96CM3 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.34■□□□□ 0.37
RPUSD4Q96CM3 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
RPUSD4Q96CM3 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC17.34■□□□□ 0.37
RPUSD4Q96CM3 WNK2-204ENST00000427277 6108 ntTSL 5 BASIC17.34■□□□□ 0.37
RPUSD4Q96CM3 UBE2Q1-201ENST00000292211 3210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
RPUSD4Q96CM3 ARHGEF18-202ENST00000359920 5733 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.34■□□□□ 0.37
RPUSD4Q96CM3 KLHDC1-201ENST00000359332 2691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
RPUSD4Q96CM3 AC092667.1-201ENST00000434301 2586 ntBASIC17.34■□□□□ 0.37
RPUSD4Q96CM3 CDK5R2-201ENST00000302625 2508 ntAPPRIS P1 BASIC17.34■□□□□ 0.37
RPUSD4Q96CM3 DCAF4-202ENST00000358377 2024 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
RPUSD4Q96CM3 SLC25A11-201ENST00000225665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
RPUSD4Q96CM3 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.37
RPUSD4Q96CM3 SPRN-201ENST00000414069 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
RPUSD4Q96CM3 LRRC4B-201ENST00000389201 2958 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.37
RPUSD4Q96CM3 CFAP97-205ENST00000514798 2895 ntTSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 PPP1CC-201ENST00000335007 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 DAZAP2-201ENST00000412716 2598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC17.33■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 AOC1-202ENST00000416793 2453 ntTSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 CASP9-210ENST00000546424 4463 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 S1PR5-202ENST00000439028 2191 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 ECE2-203ENST00000359140 3147 ntTSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 RBM34-201ENST00000408888 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 PTH1R-202ENST00000418619 2070 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 EPHA6-202ENST00000470610 2058 ntTSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 ACOT1-201ENST00000311148 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 NOS3-204ENST00000467517 2377 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 SYNGR2-201ENST00000225777 2325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 GPR157-201ENST00000377411 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 PABPC1L2B-201ENST00000373521 2197 ntAPPRIS P1 BASIC17.32■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 DCK-201ENST00000286648 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 CLK3-202ENST00000395066 2621 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 MARK3-206ENST00000440884 2643 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 BTBD6-201ENST00000327471 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC17.32■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 DOK3-201ENST00000312943 2292 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
RPUSD4Q96CM3 BIN1-209ENST00000393040 2293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 145.7 ms