Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 AL353743.1-201ENST00000637846 1769 ntTSL 5 BASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC54Q8NEL0 UBAP1L-203ENST00000559089 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC54Q8NEL0 EYA2-203ENST00000357410 2465 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC54Q8NEL0 TMEM235-205ENST00000586400 2272 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC54Q8NEL0 CLYBL-202ENST00000376354 1127 ntTSL 5 BASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC54Q8NEL0 ASB1-202ENST00000409297 878 ntTSL 5 BASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC54Q8NEL0 RPL31-208ENST00000409733 825 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC54Q8NEL0 PLCL1-201ENST00000428675 5125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC54Q8NEL0 PGF-206ENST00000555567 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC54Q8NEL0 BIN1-202ENST00000316724 2693 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC54Q8NEL0 AC092053.2-201ENST00000640557 1818 ntBASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC54Q8NEL0 C1QTNF4-201ENST00000302514 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC54Q8NEL0 VGLL2-201ENST00000326274 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC54Q8NEL0 SPPL2B-211ENST00000614794 1559 ntTSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC54Q8NEL0 SUMF1-201ENST00000272902 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC54Q8NEL0 NRG3-201ENST00000372141 2158 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC54Q8NEL0 FAM83H-201ENST00000388913 5654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC54Q8NEL0 SHMT1-201ENST00000316694 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC54Q8NEL0 AC137767.1-201ENST00000602918 1920 ntBASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC54Q8NEL0 NKIRAS2-209ENST00000479407 992 ntTSL 3 BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC54Q8NEL0 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC54Q8NEL0 EXOG-217ENST00000630638 197 ntTSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC54Q8NEL0 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC54Q8NEL0 H2AFY-217ENST00000511689 2789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC54Q8NEL0 KCNK6-201ENST00000263372 5722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC54Q8NEL0 CTU2-201ENST00000312060 1672 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC54Q8NEL0 MYO15B-232ENST00000610510 9195 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC54Q8NEL0 IRF3-207ENST00000593922 1494 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC54Q8NEL0 ODC1-201ENST00000234111 2653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC54Q8NEL0 ZBTB22-208ENST00000431845 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC54Q8NEL0 RMND5A-201ENST00000283632 6301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC54Q8NEL0 AC011498.4-201ENST00000586020 1803 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC54Q8NEL0 ULK2-202ENST00000395544 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC54Q8NEL0 TANGO2-210ENST00000432883 2084 ntTSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC54Q8NEL0 AC007326.4-201ENST00000638240 1669 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC54Q8NEL0 MDK-202ENST00000395565 951 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC54Q8NEL0 MIR4787-201ENST00000607364 84 ntBASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC54Q8NEL0 SNRNP70-201ENST00000221448 1603 ntTSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC54Q8NEL0 SOX11-201ENST00000322002 8719 ntAPPRIS P1 BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC54Q8NEL0 MTNR1B-201ENST00000257068 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC54Q8NEL0 CCDC85B-201ENST00000312579 1524 ntAPPRIS P1 BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC54Q8NEL0 H1FX-201ENST00000333762 1507 ntAPPRIS P1 BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC54Q8NEL0 EP400NL-214ENST00000641289 2402 ntBASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC54Q8NEL0 HSPBP1-206ENST00000587922 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
CCDC54Q8NEL0 AC087742.1-201ENST00000575880 1738 ntBASIC19.08■□□□□ 0.65
CCDC54Q8NEL0 CREB1-205ENST00000430624 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.65
CCDC54Q8NEL0 VSX1-205ENST00000429762 1977 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
CCDC54Q8NEL0 SPHK1-201ENST00000323374 2138 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 TFPT-201ENST00000391757 774 ntTSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 TFPT-202ENST00000391758 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 PRELID1-203ENST00000503216 1171 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 CDIPT-201ENST00000219789 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 FLT1-207ENST00000615840 6453 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 IDH2-202ENST00000540499 1453 ntTSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 KCNQ5-207ENST00000403813 6539 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 NAE1-204ENST00000394074 1654 ntTSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 YY1AP1-212ENST00000404643 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 RBPJL-202ENST00000372741 1636 ntTSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 OLIG2-202ENST00000382357 2578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 IER2-201ENST00000292433 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 PKIB-204ENST00000368448 1561 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 AC096677.1-201ENST00000454651 1516 ntTSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 UBA5-208ENST00000473651 1513 ntTSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 RYK-208ENST00000620660 2942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 RYK-209ENST00000623711 2934 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 FEZ1-202ENST00000366139 1053 ntTSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 SDHAP1-204ENST00000427415 559 ntTSL 4 BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 RAET1E-AS1-203ENST00000606915 1210 ntTSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 UBE2H-201ENST00000355621 5151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 NBL1-202ENST00000375136 2172 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 AMZ2-219ENST00000612294 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 CFP-202ENST00000377005 1435 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 SIMC1-202ENST00000341199 2056 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 AVPR2-201ENST00000337474 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 AC009102.2-201ENST00000606772 1639 ntBASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 ACTL10-201ENST00000330271 2028 ntAPPRIS P1 BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 CAMK2N2-201ENST00000296238 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 TMUB1-201ENST00000297533 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 AC138028.2-201ENST00000440406 1539 ntTSL 2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 IGSF21-201ENST00000251296 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 ST7L-201ENST00000343210 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 STK19-201ENST00000375331 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 CBWD2-203ENST00000416503 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 CD72-202ENST00000378430 585 ntTSL 3 BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 EPDR1-202ENST00000423717 638 ntTSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 AC010997.5-201ENST00000609182 354 ntBASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 CACNA1I-204ENST00000407673 5952 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 CPE-201ENST00000402744 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 WDR86-201ENST00000334493 2023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 NHLH1-201ENST00000302101 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 PDLIM2-216ENST00000464275 1995 ntTSL 2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 CBWD5-207ENST00000382405 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 FAM53B-201ENST00000280780 1568 ntTSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 TMEM198B-205ENST00000487582 1581 ntTSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 CDKN1C-202ENST00000414822 2051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 MRGBP-201ENST00000370487 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 DENND2D-202ENST00000369752 1894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC54Q8NEL0 GAS2L1-206ENST00000610653 2238 ntTSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.3 ms