Protein–RNA interactions for Protein: Q70CQ1

USP49, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 49, humanhuman

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Length 688 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP49Q70CQ1 FAM173A-201ENST00000219535 806 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP49Q70CQ1 CDKN2A-207ENST00000497750 565 ntTSL 4 BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP49Q70CQ1 ERGIC1-206ENST00000519860 1000 ntTSL 3 BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP49Q70CQ1 SRR-208ENST00000576848 588 ntTSL 4 BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP49Q70CQ1 CDKN2A-212ENST00000578845 678 ntTSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP49Q70CQ1 SCUBE1-208ENST00000615096 1119 ntTSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP49Q70CQ1 LINC01960-201ENST00000563759 1884 ntBASIC24.85■■□□□ 1.57
USP49Q70CQ1 B3GALT4-204ENST00000451237 1694 ntAPPRIS P1 BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP49Q70CQ1 RHCE-204ENST00000349320 1810 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
USP49Q70CQ1 NHLRC4-202ENST00000540585 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
USP49Q70CQ1 SPATA2L-201ENST00000289805 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
USP49Q70CQ1 OAS3-205ENST00000548514 1392 ntTSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
USP49Q70CQ1 AP004608.1-202ENST00000533390 1863 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
USP49Q70CQ1 EMC9-201ENST00000216799 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
USP49Q70CQ1 SPHK1-201ENST00000323374 2138 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
USP49Q70CQ1 MEIS1-AS3-201ENST00000454167 707 ntTSL 4 BASIC24.84■■□□□ 1.57
USP49Q70CQ1 NEIL1-206ENST00000564784 2019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
USP49Q70CQ1 HSPBP1-206ENST00000587922 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
USP49Q70CQ1 NR2F1-AS1-210ENST00000606739 1431 ntTSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
USP49Q70CQ1 ZBTB22-208ENST00000431845 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
USP49Q70CQ1 TARBP2-201ENST00000266987 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
USP49Q70CQ1 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
USP49Q70CQ1 HOXB7-201ENST00000239165 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
USP49Q70CQ1 KLC3-204ENST00000585434 1764 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
USP49Q70CQ1 SUMF1-205ENST00000458465 1102 ntTSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
USP49Q70CQ1 LRRK1-208ENST00000532029 1241 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
USP49Q70CQ1 TRIR-202ENST00000588213 841 ntTSL 3 BASIC24.83■■□□□ 1.57
USP49Q70CQ1 HOXA11-AS1_1.1-201ENST00000613939 98 ntBASIC24.83■■□□□ 1.57
USP49Q70CQ1 SHISA9-205ENST00000639941 1135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.57
USP49Q70CQ1 AC233992.2-201ENST00000531225 1596 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
USP49Q70CQ1 PLEKHA8-208ENST00000622102 2140 ntTSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.57
USP49Q70CQ1 RIOX1-201ENST00000304061 2429 ntAPPRIS P1 BASIC24.83■■□□□ 1.56
USP49Q70CQ1 PYCR1-203ENST00000402252 1346 ntTSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.56
USP49Q70CQ1 MYBL2-201ENST00000217026 2639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
USP49Q70CQ1 C14orf80-201ENST00000329886 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
USP49Q70CQ1 PLK5-202ENST00000454744 1930 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
USP49Q70CQ1 DBP-201ENST00000222122 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
USP49Q70CQ1 MYB-221ENST00000527615 2381 ntTSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
USP49Q70CQ1 SHMT1-203ENST00000354098 1656 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
USP49Q70CQ1 DPH7-201ENST00000277540 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
USP49Q70CQ1 TLX2-201ENST00000233638 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
USP49Q70CQ1 THOC6-202ENST00000326266 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
USP49Q70CQ1 RPP21-222ENST00000433076 577 ntTSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
USP49Q70CQ1 ARHGDIA-217ENST00000584461 886 ntTSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
USP49Q70CQ1 SMOX-212ENST00000621355 2322 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
USP49Q70CQ1 AC241377.3-202ENST00000626088 1088 ntBASIC24.82■■□□□ 1.56
USP49Q70CQ1 AC241585.3-202ENST00000628937 1088 ntBASIC24.82■■□□□ 1.56
USP49Q70CQ1 AC245100.8-202ENST00000629247 1058 ntBASIC24.82■■□□□ 1.56
USP49Q70CQ1 TCEA1-214ENST00000640382 1234 ntTSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
USP49Q70CQ1 CLYBL-202ENST00000376354 1127 ntTSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
USP49Q70CQ1 TMEM218-209ENST00000529583 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.81■■□□□ 1.56
USP49Q70CQ1 AL445237.1-202ENST00000604581 425 ntTSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
USP49Q70CQ1 pRNA.6-201ENST00000610482 90 ntBASIC24.81■■□□□ 1.56
USP49Q70CQ1 pRNA.5-201ENST00000612139 90 ntBASIC24.81■■□□□ 1.56
USP49Q70CQ1 pRNA.11-201ENST00000618423 90 ntBASIC24.81■■□□□ 1.56
USP49Q70CQ1 pRNA.13-201ENST00000619112 90 ntBASIC24.81■■□□□ 1.56
USP49Q70CQ1 GRAMD1B-217ENST00000640939 1212 ntTSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
USP49Q70CQ1 PRKACA-201ENST00000308677 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
USP49Q70CQ1 AL391650.1-201ENST00000448923 1468 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
USP49Q70CQ1 RBMS1-205ENST00000409972 1815 ntTSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
USP49Q70CQ1 FAM72A-202ENST00000367128 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
USP49Q70CQ1 FAM72D-201ENST00000400889 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
USP49Q70CQ1 SOAT2-201ENST00000301466 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
USP49Q70CQ1 LRRC34-201ENST00000446859 1718 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
USP49Q70CQ1 NPAS1-202ENST00000449844 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
USP49Q70CQ1 LMLN-210ENST00000482695 2010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
USP49Q70CQ1 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
USP49Q70CQ1 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
USP49Q70CQ1 IGFBP1-201ENST00000275525 1653 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
USP49Q70CQ1 USP21-202ENST00000368001 2095 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
USP49Q70CQ1 PLEKHO1-201ENST00000369124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
USP49Q70CQ1 ZNF568-208ENST00000586353 1902 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
USP49Q70CQ1 SYF2-201ENST00000236273 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
USP49Q70CQ1 AL121749.1-201ENST00000635993 1768 ntTSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
USP49Q70CQ1 PLPP1-201ENST00000264775 1550 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
USP49Q70CQ1 EEFSEC-201ENST00000254730 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
USP49Q70CQ1 CIDEB-201ENST00000258807 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
USP49Q70CQ1 LSR-202ENST00000354900 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
USP49Q70CQ1 PDE10A-205ENST00000616273 2118 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
USP49Q70CQ1 MMEL1-206ENST00000502556 1943 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
USP49Q70CQ1 PCSK6-215ENST00000611967 3336 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
USP49Q70CQ1 C2orf82-201ENST00000331342 465 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
USP49Q70CQ1 SMARCA5-AS1-201ENST00000500800 945 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
USP49Q70CQ1 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
USP49Q70CQ1 AC131281.2-201ENST00000520478 145 ntBASIC24.79■■□□□ 1.56
USP49Q70CQ1 LINC01881-206ENST00000614114 957 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
USP49Q70CQ1 C2orf72-201ENST00000373640 3657 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
USP49Q70CQ1 NR0B1-202ENST00000378970 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
USP49Q70CQ1 CAPN12-212ENST00000601953 2381 ntTSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
USP49Q70CQ1 FARP2-223ENST00000627550 2122 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
USP49Q70CQ1 NDUFV2-201ENST00000318388 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
USP49Q70CQ1 AL122058.1-201ENST00000412321 1166 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
USP49Q70CQ1 SSR2-210ENST00000480567 895 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
USP49Q70CQ1 MIR3181-201ENST00000578512 73 ntBASIC24.78■■□□□ 1.56
USP49Q70CQ1 GNB2-201ENST00000303210 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
USP49Q70CQ1 AC137767.1-201ENST00000602918 1920 ntBASIC24.78■■□□□ 1.56
USP49Q70CQ1 FOXJ1-201ENST00000322957 2641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
USP49Q70CQ1 CRTC2-203ENST00000368633 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
USP49Q70CQ1 H2AFY-217ENST00000511689 2789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
USP49Q70CQ1 ARL13B-205ENST00000471138 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
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