Protein–RNA interactions for Protein: P43246

MSH2, DNA mismatch repair protein Msh2, humanhuman

Predictions only

Length 934 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSH2P43246 RDX-204ENST00000528498 2511 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
MSH2P43246 DRD2-202ENST00000362072 2789 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
MSH2P43246 MAG-203ENST00000537831 2341 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
MSH2P43246 EFS-202ENST00000351354 2704 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
MSH2P43246 MT2A-201ENST00000245185 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
MSH2P43246 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
MSH2P43246 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
MSH2P43246 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
MSH2P43246 CADPS-202ENST00000357948 5190 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
MSH2P43246 TMEM44-211ENST00000473092 1508 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
MSH2P43246 CACNB1-203ENST00000394310 1753 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
MSH2P43246 GNS-207ENST00000542058 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
MSH2P43246 OBSL1-214ENST00000603926 5520 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
MSH2P43246 DUX4-203ENST00000565211 1710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
MSH2P43246 RAP1B-207ENST00000450214 1466 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
MSH2P43246 COL23A1-201ENST00000390654 3061 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
MSH2P43246 TMEM25-205ENST00000411589 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
MSH2P43246 LRRC1-201ENST00000370882 808 ntTSL 3 BASIC22.28■■□□□ 1.16
MSH2P43246 CNPY3-202ENST00000394142 954 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
MSH2P43246 QDPR-202ENST00000428702 1278 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
MSH2P43246 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC22.28■■□□□ 1.16
MSH2P43246 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
MSH2P43246 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
MSH2P43246 UBFD1-208ENST00000567264 642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
MSH2P43246 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
MSH2P43246 FAM19A5-202ENST00000358295 2638 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
MSH2P43246 ZNF584-203ENST00000593920 2187 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
MSH2P43246 TTC7A-201ENST00000319190 5157 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
MSH2P43246 FBXW4P1-201ENST00000426721 2239 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
MSH2P43246 TMEM121B-201ENST00000331437 4954 ntAPPRIS P3 BASIC22.27■■□□□ 1.16
MSH2P43246 LIMS2-201ENST00000324938 2111 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
MSH2P43246 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
MSH2P43246 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
MSH2P43246 KRTAP5-5-201ENST00000399676 933 ntAPPRIS P1 BASIC22.27■■□□□ 1.16
MSH2P43246 SESN3-202ENST00000416495 1408 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
MSH2P43246 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
MSH2P43246 RNPEP-201ENST00000295640 2427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
MSH2P43246 DTNB-207ENST00000405222 2273 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
MSH2P43246 GPSM1-206ENST00000616132 2270 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
MSH2P43246 PANK1-201ENST00000307534 6976 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
MSH2P43246 SELENOO-201ENST00000380903 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
MSH2P43246 SELENOO-203ENST00000611222 2311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
MSH2P43246 NISCH-201ENST00000345716 5238 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
MSH2P43246 NKX2-8-201ENST00000258829 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
MSH2P43246 KCNK12-201ENST00000327876 6227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
MSH2P43246 ODF3L2-201ENST00000315489 1604 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
MSH2P43246 ASRGL1-201ENST00000301776 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
MSH2P43246 ZSCAN18-217ENST00000601144 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
MSH2P43246 C1QTNF1-207ENST00000580454 1396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
MSH2P43246 EEFSEC-201ENST00000254730 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
MSH2P43246 C1QTNF12-201ENST00000330388 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
MSH2P43246 GLT8D2-205ENST00000548660 1835 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
MSH2P43246 EML2-201ENST00000245925 2264 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
MSH2P43246 CERS5-201ENST00000317551 2051 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
MSH2P43246 CIZ1-204ENST00000372938 2984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
MSH2P43246 RARA-201ENST00000254066 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
MSH2P43246 OLFM1-204ENST00000371793 2444 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.24■■□□□ 1.15
MSH2P43246 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
MSH2P43246 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
MSH2P43246 SNX5-217ENST00000606557 1087 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
MSH2P43246 ZSWIM7-201ENST00000399277 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
MSH2P43246 LRCH4-209ENST00000497245 2014 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
MSH2P43246 CNTFR-202ENST00000378980 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
MSH2P43246 CNR1-203ENST00000369501 6031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
MSH2P43246 RBM42-203ENST00000588161 1609 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
MSH2P43246 IGSF21-201ENST00000251296 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
MSH2P43246 PACRGL-201ENST00000295290 1937 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
MSH2P43246 RALGPS1-207ENST00000394022 1672 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
MSH2P43246 KRT8P33-201ENST00000508125 1423 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
MSH2P43246 POC1B-209ENST00000549035 2038 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
MSH2P43246 ZFYVE9-201ENST00000287727 5194 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
MSH2P43246 ANKHD1-205ENST00000394723 2135 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
MSH2P43246 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
MSH2P43246 HOXC8-201ENST00000040584 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
MSH2P43246 RBAK-202ENST00000396912 6551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
MSH2P43246 PARD3-208ENST00000374789 6005 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
MSH2P43246 SLC25A5-AS1-202ENST00000445759 1616 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
MSH2P43246 FBRS-202ENST00000356166 5200 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
MSH2P43246 GRIK4-205ENST00000527524 5861 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
MSH2P43246 RUNDC3B-207ENST00000493037 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
MSH2P43246 SLC19A1-212ENST00000567670 2029 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
MSH2P43246 ARPP19-201ENST00000249822 5301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
MSH2P43246 DUSP9-201ENST00000342782 2433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
MSH2P43246 DOCK5-208ENST00000481100 2166 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
MSH2P43246 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
MSH2P43246 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
MSH2P43246 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
MSH2P43246 TMEM179-204ENST00000556573 1430 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
MSH2P43246 MTCL1-201ENST00000306329 5718 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
MSH2P43246 FAM20C-201ENST00000313766 2751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
MSH2P43246 POTED-202ENST00000620442 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
MSH2P43246 DTX4-201ENST00000227451 5642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
MSH2P43246 ADORA2A-AS1-203ENST00000427813 2027 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
MSH2P43246 CBWD3-213ENST00000618217 1611 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
MSH2P43246 STK19-201ENST00000375331 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
MSH2P43246 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
MSH2P43246 MRPL23-202ENST00000381519 643 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
MSH2P43246 MRPL23-205ENST00000397298 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
MSH2P43246 AC093390.2-201ENST00000638628 1007 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
MSH2P43246 SMOX-212ENST00000621355 2322 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.9 ms