Protein–RNA interactions for Protein: P28356

HOXD9, Homeobox protein Hox-D9, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 352 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD9P28356 MIR5787-201ENST00000611784 55 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
HOXD9P28356 DUSP8P5-201ENST00000422884 1815 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
HOXD9P28356 C21orf2-203ENST00000397956 1634 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
HOXD9P28356 FAM185A-201ENST00000409231 1446 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
HOXD9P28356 SMAD1-201ENST00000302085 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
HOXD9P28356 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
HOXD9P28356 PEX5-205ENST00000420616 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
HOXD9P28356 SETD9-211ENST00000628593 1306 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
HOXD9P28356 HOXA10-206ENST00000613671 2175 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
HOXD9P28356 SCN1B-206ENST00000638536 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
HOXD9P28356 EN1-201ENST00000295206 2457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
HOXD9P28356 CCDC28B-201ENST00000373602 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
HOXD9P28356 AC084116.4-201ENST00000524320 484 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
HOXD9P28356 PLD4-205ENST00000553861 667 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
HOXD9P28356 RASSF5-202ENST00000579436 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
HOXD9P28356 UBE3C-209ENST00000611269 1866 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
HOXD9P28356 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
HOXD9P28356 GLT8D2-205ENST00000548660 1835 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
HOXD9P28356 NME4-201ENST00000219479 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
HOXD9P28356 RABEP2-201ENST00000357573 2175 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
HOXD9P28356 UBE2J2-203ENST00000360466 1047 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
HOXD9P28356 NME4-202ENST00000382940 766 ntTSL 3 BASIC22.61■■□□□ 1.21
HOXD9P28356 ATP6V0B-204ENST00000471859 865 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
HOXD9P28356 FIZ1-205ENST00000592585 489 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
HOXD9P28356 NME4-211ENST00000620944 1193 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
HOXD9P28356 AL358852.1-201ENST00000623174 1268 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
HOXD9P28356 ERGIC1-202ENST00000393784 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
HOXD9P28356 CDIPT-210ENST00000570016 1346 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
HOXD9P28356 PCK2-201ENST00000216780 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
HOXD9P28356 POLR3GL-201ENST00000369313 818 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
HOXD9P28356 NINJ1-201ENST00000375446 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
HOXD9P28356 KLRG2-202ENST00000393039 1148 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
HOXD9P28356 SLC26A1-203ENST00000398520 1111 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
HOXD9P28356 HES6-202ENST00000409002 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
HOXD9P28356 JARID2-AS1-201ENST00000441978 455 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
HOXD9P28356 AC012414.1-201ENST00000556676 535 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
HOXD9P28356 BBC3-202ENST00000341983 1538 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
HOXD9P28356 TRIM14-202ENST00000342043 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
HOXD9P28356 MSANTD3-207ENST00000622639 1748 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.6■■□□□ 1.21
HOXD9P28356 UBALD1-208ENST00000591401 1305 ntTSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
HOXD9P28356 NAB1-202ENST00000409581 2360 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
HOXD9P28356 NDUFB2-201ENST00000247866 504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
HOXD9P28356 HSF1-201ENST00000400780 2105 ntTSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
HOXD9P28356 NMRAL1-202ENST00000404295 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
HOXD9P28356 IQCJ-SCHIP1-201ENST00000412423 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
HOXD9P28356 PIKFYVE-203ENST00000392202 2039 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
HOXD9P28356 EI24-211ENST00000534546 1544 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
HOXD9P28356 YIF1B-202ENST00000337679 1257 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
HOXD9P28356 LHPP-203ENST00000392757 840 ntTSL 3 BASIC22.58■■□□□ 1.21
HOXD9P28356 POLR2H-204ENST00000438240 994 ntTSL 3 BASIC22.58■■□□□ 1.21
HOXD9P28356 STOML2-202ENST00000452248 1296 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
HOXD9P28356 AC008105.3-201ENST00000586376 844 ntTSL 3 BASIC22.58■■□□□ 1.21
HOXD9P28356 ANKRD20A6P-201ENST00000618763 204 ntBASIC22.58■■□□□ 1.21
HOXD9P28356 STOML2-205ENST00000619795 1293 ntTSL 3 BASIC22.58■■□□□ 1.21
HOXD9P28356 MIR6084-201ENST00000622012 110 ntBASIC22.58■■□□□ 1.21
HOXD9P28356 FAM86JP-203ENST00000485843 2012 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
HOXD9P28356 FMR1-AS1-201ENST00000594922 2005 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
HOXD9P28356 SPOCK3-222ENST00000512681 1457 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.2
HOXD9P28356 ZFAND2B-202ENST00000409097 1765 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.2
HOXD9P28356 CT47B1-201ENST00000371311 1328 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
HOXD9P28356 RBM42-203ENST00000588161 1609 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
HOXD9P28356 HTATIP2-204ENST00000451739 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
HOXD9P28356 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
HOXD9P28356 GDNF-203ENST00000381826 778 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
HOXD9P28356 AC027612.3-201ENST00000413684 1047 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
HOXD9P28356 GDNF-204ENST00000427982 856 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
HOXD9P28356 YBX1P1-201ENST00000445822 960 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
HOXD9P28356 AL583722.4-201ENST00000555524 716 ntTSL 3 BASIC22.57■■□□□ 1.2
HOXD9P28356 AL354811.1-201ENST00000610286 706 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
HOXD9P28356 AL031602.1-201ENST00000633169 911 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
HOXD9P28356 UTS2R-201ENST00000313135 1357 ntAPPRIS P1 BASIC22.57■■□□□ 1.2
HOXD9P28356 MIS18A-201ENST00000290130 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
HOXD9P28356 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
HOXD9P28356 VGLL2-201ENST00000326274 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
HOXD9P28356 ZNF517-207ENST00000531720 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
HOXD9P28356 RCN2-201ENST00000320963 1750 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
HOXD9P28356 NDUFAF1-201ENST00000260361 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
HOXD9P28356 CPNE2-202ENST00000535318 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
HOXD9P28356 FPGS-202ENST00000373228 1383 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
HOXD9P28356 PLEKHF1-204ENST00000592810 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
HOXD9P28356 NEBL-AS1-202ENST00000439097 661 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
HOXD9P28356 PRKCQ-AS1-204ENST00000455810 920 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
HOXD9P28356 C1QTNF5-203ENST00000530681 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
HOXD9P28356 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
HOXD9P28356 WT1-210ENST00000639563 1494 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
HOXD9P28356 TMEM61-201ENST00000371268 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
HOXD9P28356 AC061979.1-201ENST00000532061 434 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
HOXD9P28356 FAIM-201ENST00000338446 1622 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
HOXD9P28356 LACTBL1-201ENST00000426928 1641 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
HOXD9P28356 FAM120B-204ENST00000625626 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
HOXD9P28356 ARRDC1-AS1-201ENST00000371417 1409 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
HOXD9P28356 IRF2BP1-201ENST00000302165 2564 ntAPPRIS P1 BASIC22.54■■□□□ 1.2
HOXD9P28356 DENND2D-202ENST00000369752 1894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
HOXD9P28356 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
HOXD9P28356 DOHH-201ENST00000427575 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
HOXD9P28356 LINC02136-201ENST00000567469 530 ntTSL 4 BASIC22.54■■□□□ 1.2
HOXD9P28356 AC068587.7-201ENST00000641602 218 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
HOXD9P28356 OSCAR-201ENST00000284648 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
HOXD9P28356 CCKBR-206ENST00000532715 1734 ntTSL 3 BASIC22.54■■□□□ 1.2
HOXD9P28356 DACT3-201ENST00000300875 2526 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.3 ms