Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 MIR6724-3-201ENST00000622482 92 ntBASIC25.29■■□□□ 1.64
LIG1P18858 C1QTNF1-207ENST00000580454 1396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
LIG1P18858 BSN-AS2-201ENST00000421598 2603 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
LIG1P18858 GADD45GIP1-201ENST00000316939 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
LIG1P18858 DENND5A-201ENST00000328194 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
LIG1P18858 AC092053.2-201ENST00000640557 1818 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
LIG1P18858 PICK1-202ENST00000404072 2164 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
LIG1P18858 PHLPP1-201ENST00000262719 6390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
LIG1P18858 C7orf49-203ENST00000430372 1579 ntTSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
LIG1P18858 IL15RA-204ENST00000379977 1626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
LIG1P18858 AC243829.1-202ENST00000618848 486 ntTSL 3 BASIC25.28■■□□□ 1.64
LIG1P18858 AMER2-202ENST00000515384 3197 ntAPPRIS P1 BASIC25.28■■□□□ 1.64
LIG1P18858 TEAD1-206ENST00000527636 2544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
LIG1P18858 AL137060.1-201ENST00000618151 2648 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
LIG1P18858 C11orf96-202ENST00000528572 1834 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
LIG1P18858 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
LIG1P18858 CLTA-206ENST00000466396 695 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
LIG1P18858 FGF22-201ENST00000215530 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
LIG1P18858 PITX1-201ENST00000265340 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
LIG1P18858 IRX2-201ENST00000302057 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
LIG1P18858 PDLIM2-216ENST00000464275 1995 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
LIG1P18858 CCDC106-205ENST00000588740 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
LIG1P18858 HABP4-201ENST00000375249 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
LIG1P18858 ODC1-201ENST00000234111 2653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
LIG1P18858 TRIM67-203ENST00000449018 2166 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
LIG1P18858 GAS2L1-207ENST00000611648 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
LIG1P18858 SPAG16-201ENST00000272898 1059 ntTSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
LIG1P18858 SUSD3-202ENST00000375472 1195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
LIG1P18858 TSPAN17-204ENST00000503045 1019 ntTSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
LIG1P18858 TRIR-202ENST00000588213 841 ntTSL 3 BASIC25.26■■□□□ 1.63
LIG1P18858 TMEM240-203ENST00000624426 796 ntTSL 3 BASIC25.26■■□□□ 1.63
LIG1P18858 MFSD7-202ENST00000347950 1599 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
LIG1P18858 BAALC-205ENST00000438105 2662 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
LIG1P18858 AP004608.1-202ENST00000533390 1863 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
LIG1P18858 UHRF1BP1L-202ENST00000356828 2023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
LIG1P18858 RANBP10-202ENST00000448631 2232 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
LIG1P18858 CTGF-201ENST00000367976 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
LIG1P18858 MYH7B-209ENST00000618182 6197 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
LIG1P18858 SERPINB5-201ENST00000382771 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
LIG1P18858 AK3-203ENST00000447596 705 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
LIG1P18858 TMEM170A-206ENST00000569276 609 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
LIG1P18858 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
LIG1P18858 ADRM1-205ENST00000620230 1361 ntTSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
LIG1P18858 BLOC1S4-201ENST00000320776 1617 ntAPPRIS P1 BASIC25.25■■□□□ 1.63
LIG1P18858 AC144652.1-201ENST00000609974 1624 ntBASIC25.25■■□□□ 1.63
LIG1P18858 XBP1-201ENST00000216037 1850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
LIG1P18858 GRK4-201ENST00000345167 2013 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
LIG1P18858 GPR137B-202ENST00000366592 2042 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
LIG1P18858 FAM66C-208ENST00000541558 2087 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
LIG1P18858 MEF2A-207ENST00000558812 2186 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
LIG1P18858 HIRA-201ENST00000263208 4053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
LIG1P18858 RNPEP-201ENST00000295640 2427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
LIG1P18858 EEFSEC-201ENST00000254730 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
LIG1P18858 SLC25A27-202ENST00000411689 2526 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
LIG1P18858 MYBL1-204ENST00000522677 5192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
LIG1P18858 YY1AP1-214ENST00000407221 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
LIG1P18858 C7orf25-203ENST00000431882 1645 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
LIG1P18858 CCM2-206ENST00000474617 1532 ntTSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
LIG1P18858 MIR6722-201ENST00000617286 78 ntBASIC25.23■■□□□ 1.63
LIG1P18858 AL117332.1-201ENST00000622628 974 ntBASIC25.23■■□□□ 1.63
LIG1P18858 CACNB1-201ENST00000344140 1889 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
LIG1P18858 SMOX-212ENST00000621355 2322 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
LIG1P18858 SLC19A1-212ENST00000567670 2029 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
LIG1P18858 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
LIG1P18858 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
LIG1P18858 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
LIG1P18858 C4orf36-201ENST00000295898 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
LIG1P18858 TRIM7-202ENST00000334421 1228 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
LIG1P18858 TFPT-201ENST00000391757 774 ntTSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
LIG1P18858 TFPT-202ENST00000391758 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
LIG1P18858 AC073934.1-201ENST00000490314 495 ntTSL 4 BASIC25.22■■□□□ 1.63
LIG1P18858 ERGIC1-206ENST00000519860 1000 ntTSL 3 BASIC25.22■■□□□ 1.63
LIG1P18858 SRR-208ENST00000576848 588 ntTSL 4 BASIC25.22■■□□□ 1.63
LIG1P18858 PLEKHJ1-213ENST00000591099 1092 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
LIG1P18858 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
LIG1P18858 CBWD3-213ENST00000618217 1611 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
LIG1P18858 RAP1B-207ENST00000450214 1466 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
LIG1P18858 GLT8D2-205ENST00000548660 1835 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
LIG1P18858 SRP68-201ENST00000307877 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
LIG1P18858 LIMS2-201ENST00000324938 2111 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
LIG1P18858 C6orf89-201ENST00000355190 1309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
LIG1P18858 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
LIG1P18858 PRSS21-201ENST00000005995 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
LIG1P18858 ZNF584-203ENST00000593920 2187 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
LIG1P18858 DPH7-201ENST00000277540 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
LIG1P18858 MIR222HG-201ENST00000602461 1379 ntTSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.63
LIG1P18858 PACRGL-201ENST00000295290 1937 ntTSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
LIG1P18858 ASRGL1-201ENST00000301776 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
LIG1P18858 AC092343.1-201ENST00000500224 729 ntTSL 3 BASIC25.2■■□□□ 1.62
LIG1P18858 ZNF419-210ENST00000520540 568 ntTSL 4 BASIC25.2■■□□□ 1.62
LIG1P18858 AL356740.2-201ENST00000601559 647 ntBASIC25.2■■□□□ 1.62
LIG1P18858 AL117336.3-202ENST00000605499 489 ntTSL 3 BASIC25.2■■□□□ 1.62
LIG1P18858 ASCC1-204ENST00000394915 1510 ntTSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
LIG1P18858 DNAJC25-GNG10-201ENST00000374294 1448 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
LIG1P18858 AC012645.1-201ENST00000515455 1650 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
LIG1P18858 NPTXR-201ENST00000333039 5784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
LIG1P18858 CACNB1-203ENST00000394310 1753 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
LIG1P18858 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
LIG1P18858 TRIM54-202ENST00000380075 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
LIG1P18858 NAXE-201ENST00000368233 1012 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.6 ms