Protein–RNA interactions for Protein: P0DPA3

SNHG28, Putative uncharacterized protein SNHG28, humanhuman

Predictions only

Length 235 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SNHG28P0DPA3 WT1-210ENST00000639563 1494 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
SNHG28P0DPA3 KLC1-201ENST00000246489 2294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.52■■□□□ 1.68
SNHG28P0DPA3 KLC1-224ENST00000557450 2265 ntTSL 5 BASIC25.52■■□□□ 1.68
SNHG28P0DPA3 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
SNHG28P0DPA3 STOML2-202ENST00000452248 1296 ntTSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
SNHG28P0DPA3 AL583722.4-201ENST00000555524 716 ntTSL 3 BASIC25.51■■□□□ 1.67
SNHG28P0DPA3 AC012414.1-201ENST00000556676 535 ntBASIC25.51■■□□□ 1.67
SNHG28P0DPA3 STOML2-205ENST00000619795 1293 ntTSL 3 BASIC25.51■■□□□ 1.67
SNHG28P0DPA3 FNTA-208ENST00000529687 1950 ntTSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
SNHG28P0DPA3 NFE2L3P1-201ENST00000588207 1959 ntBASIC25.51■■□□□ 1.67
SNHG28P0DPA3 CCDC96-201ENST00000310085 2091 ntAPPRIS P1 BASIC25.51■■□□□ 1.67
SNHG28P0DPA3 PCDH1-204ENST00000503492 2373 ntTSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
SNHG28P0DPA3 RPL8-201ENST00000262584 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
SNHG28P0DPA3 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
SNHG28P0DPA3 FPGS-202ENST00000373228 1383 ntTSL 5 BASIC25.5■■□□□ 1.67
SNHG28P0DPA3 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
SNHG28P0DPA3 AC027612.3-201ENST00000413684 1047 ntBASIC25.5■■□□□ 1.67
SNHG28P0DPA3 ITGA9-AS1-210ENST00000457661 738 ntTSL 4 BASIC25.5■■□□□ 1.67
SNHG28P0DPA3 USP45-205ENST00000472914 1617 ntTSL 5 BASIC25.5■■□□□ 1.67
SNHG28P0DPA3 LINC02136-201ENST00000567469 530 ntTSL 4 BASIC25.5■■□□□ 1.67
SNHG28P0DPA3 AIPL1-206ENST00000571740 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
SNHG28P0DPA3 SP2-202ENST00000613139 908 ntTSL 5 BASIC25.5■■□□□ 1.67
SNHG28P0DPA3 FMR1-AS1-201ENST00000594922 2005 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
SNHG28P0DPA3 ZPBP2-201ENST00000348931 1543 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
SNHG28P0DPA3 TMEM44-211ENST00000473092 1508 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
SNHG28P0DPA3 CLN3-207ENST00000395653 1430 ntTSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
SNHG28P0DPA3 ATP5C1-202ENST00000356708 1163 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
SNHG28P0DPA3 AC010141.3-201ENST00000456659 717 ntBASIC25.49■■□□□ 1.67
SNHG28P0DPA3 AL354811.1-201ENST00000610286 706 ntBASIC25.49■■□□□ 1.67
SNHG28P0DPA3 PDLIM3-203ENST00000284771 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
SNHG28P0DPA3 DLL3-201ENST00000205143 2332 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
SNHG28P0DPA3 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
SNHG28P0DPA3 GATS-205ENST00000436886 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
SNHG28P0DPA3 RBPMS2-201ENST00000300069 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
SNHG28P0DPA3 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
SNHG28P0DPA3 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
SNHG28P0DPA3 PRKCQ-AS1-204ENST00000455810 920 ntTSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
SNHG28P0DPA3 AC011446.1-201ENST00000591825 458 ntTSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
SNHG28P0DPA3 PTP4A3-204ENST00000521578 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
SNHG28P0DPA3 FBXL22-201ENST00000360587 1526 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
SNHG28P0DPA3 AC090377.1-201ENST00000585691 1762 ntTSL 3 BASIC25.47■■□□□ 1.67
SNHG28P0DPA3 SYT6-209ENST00000610222 1707 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
SNHG28P0DPA3 NME4-201ENST00000219479 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
SNHG28P0DPA3 GDNF-203ENST00000381826 778 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
SNHG28P0DPA3 NME4-202ENST00000382940 766 ntTSL 3 BASIC25.47■■□□□ 1.67
SNHG28P0DPA3 GDNF-204ENST00000427982 856 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
SNHG28P0DPA3 PLD4-205ENST00000553861 667 ntTSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
SNHG28P0DPA3 NME4-211ENST00000620944 1193 ntTSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
SNHG28P0DPA3 GCA-201ENST00000233612 1694 ntTSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
SNHG28P0DPA3 ZDHHC16-203ENST00000353979 1647 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
SNHG28P0DPA3 MAPK8IP1P2-201ENST00000580257 1472 ntBASIC25.47■■□□□ 1.67
SNHG28P0DPA3 ZFAND2B-202ENST00000409097 1765 ntTSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
SNHG28P0DPA3 IGSF21-201ENST00000251296 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
SNHG28P0DPA3 NMRAL1-202ENST00000404295 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
SNHG28P0DPA3 AC087623.3-201ENST00000607047 1098 ntBASIC25.46■■□□□ 1.67
SNHG28P0DPA3 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
SNHG28P0DPA3 KCNS1-202ENST00000537075 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
SNHG28P0DPA3 RABEP2-201ENST00000357573 2175 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.67
SNHG28P0DPA3 HOXC8-201ENST00000040584 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.67
SNHG28P0DPA3 RAB24-201ENST00000303251 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
SNHG28P0DPA3 GSR-204ENST00000537535 1323 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
SNHG28P0DPA3 YBX1P1-201ENST00000445822 960 ntBASIC25.45■■□□□ 1.66
SNHG28P0DPA3 FBXW4-201ENST00000331272 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
SNHG28P0DPA3 HMGA2-203ENST00000393578 1993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
SNHG28P0DPA3 VSX1-205ENST00000429762 1977 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
SNHG28P0DPA3 CACTIN-AS1-201ENST00000592274 1913 ntTSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
SNHG28P0DPA3 WDR86-208ENST00000628331 1905 ntTSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
SNHG28P0DPA3 XPA-201ENST00000375128 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
SNHG28P0DPA3 RELL2-205ENST00000518856 1419 ntTSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
SNHG28P0DPA3 CACNB1-201ENST00000344140 1889 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
SNHG28P0DPA3 ROR1-202ENST00000371080 2305 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
SNHG28P0DPA3 C7orf25-203ENST00000431882 1645 ntTSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
SNHG28P0DPA3 SIAH2-201ENST00000312960 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
SNHG28P0DPA3 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
SNHG28P0DPA3 PGF-206ENST00000555567 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
SNHG28P0DPA3 CRB3-202ENST00000356762 733 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
SNHG28P0DPA3 ZNF696-205ENST00000521537 705 ntTSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
SNHG28P0DPA3 AC008105.3-201ENST00000586376 844 ntTSL 3 BASIC25.44■■□□□ 1.66
SNHG28P0DPA3 POLR2E-214ENST00000619917 932 ntTSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
SNHG28P0DPA3 MIR6084-201ENST00000622012 110 ntBASIC25.44■■□□□ 1.66
SNHG28P0DPA3 AC105233.4-201ENST00000642045 216 ntBASIC25.44■■□□□ 1.66
SNHG28P0DPA3 TGIF1-206ENST00000405385 1689 ntTSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
SNHG28P0DPA3 VPS53-211ENST00000571805 2356 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
SNHG28P0DPA3 KLC3-204ENST00000585434 1764 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
SNHG28P0DPA3 MTX2-201ENST00000249442 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
SNHG28P0DPA3 OXCT2P1-201ENST00000447263 1535 ntBASIC25.43■■□□□ 1.66
SNHG28P0DPA3 OSCAR-201ENST00000284648 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
SNHG28P0DPA3 IRX5-201ENST00000320990 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
SNHG28P0DPA3 P3H3-201ENST00000290510 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
SNHG28P0DPA3 HSD11B1L-217ENST00000581521 1884 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
SNHG28P0DPA3 NDUFB2-201ENST00000247866 504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
SNHG28P0DPA3 GADD45G-202ENST00000375769 977 ntTSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
SNHG28P0DPA3 NEBL-AS1-202ENST00000439097 661 ntTSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
SNHG28P0DPA3 LRRC75A-AS1-202ENST00000470491 1057 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
SNHG28P0DPA3 ATP6V0B-204ENST00000471859 865 ntTSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
SNHG28P0DPA3 CAPNS1-205ENST00000588780 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
SNHG28P0DPA3 AC087239.1-201ENST00000622671 572 ntBASIC25.43■■□□□ 1.66
SNHG28P0DPA3 CYHR1-201ENST00000306145 1409 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
SNHG28P0DPA3 CLDN5-203ENST00000413119 1760 ntTSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
SNHG28P0DPA3 CCKBR-206ENST00000532715 1734 ntTSL 3 BASIC25.43■■□□□ 1.66
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.8 ms