Protein–RNA interactions for Protein: P02549

SPTA1, Spectrin alpha chain, erythrocytic 1, humanhuman

Predictions only

Length 2,419 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SPTA1P02549 XBP1-201ENST00000216037 1850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
SPTA1P02549 PKIB-204ENST00000368448 1561 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
SPTA1P02549 GAS2L1-201ENST00000406549 1803 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
SPTA1P02549 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
SPTA1P02549 TRAPPC6A-205ENST00000592647 514 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.81
SPTA1P02549 HSPB2-201ENST00000304298 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
SPTA1P02549 ZNF292-204ENST00000392985 1096 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
SPTA1P02549 CD8B-205ENST00000393761 932 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
SPTA1P02549 CD8B-206ENST00000431506 692 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.8
SPTA1P02549 AC005697.1-201ENST00000582441 582 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.08■□□□□ 0.8
SPTA1P02549 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
SPTA1P02549 CBR1-201ENST00000290349 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
SPTA1P02549 ZC3H14-223ENST00000557607 1983 ntTSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
SPTA1P02549 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
SPTA1P02549 LINC01529-204ENST00000636474 1715 ntBASIC20.07■□□□□ 0.8
SPTA1P02549 MPND-202ENST00000359935 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
SPTA1P02549 TNFRSF18-201ENST00000328596 851 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
SPTA1P02549 C1QTNF4-201ENST00000302514 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
SPTA1P02549 FNTA-201ENST00000302279 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
SPTA1P02549 PRDX1-201ENST00000262746 1234 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
SPTA1P02549 NDUFS3-207ENST00000529276 558 ntTSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
SPTA1P02549 OVCH1-AS1-203ENST00000551108 963 ntTSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
SPTA1P02549 ITM2C-210ENST00000620962 501 ntBASIC20.06■□□□□ 0.8
SPTA1P02549 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
SPTA1P02549 OSR2-210ENST00000523368 1519 ntTSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
SPTA1P02549 NAT16-204ENST00000455377 1492 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
SPTA1P02549 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
SPTA1P02549 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
SPTA1P02549 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
SPTA1P02549 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
SPTA1P02549 SMUG1-215ENST00000508394 1697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
SPTA1P02549 BX890604.1-207ENST00000486571 904 ntTSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
SPTA1P02549 TOR2A-201ENST00000336067 1370 ntTSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
SPTA1P02549 NKIRAS2-204ENST00000393880 1644 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
SPTA1P02549 FAM167A-204ENST00000528897 1620 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
SPTA1P02549 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
SPTA1P02549 ZBTB42-202ENST00000555360 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
SPTA1P02549 MFSD5-201ENST00000329548 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
SPTA1P02549 YKT6-207ENST00000496112 1270 ntTSL 2 BASIC20.05■□□□□ 0.8
SPTA1P02549 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC20.05■□□□□ 0.8
SPTA1P02549 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
SPTA1P02549 AL365295.1-202ENST00000456100 562 ntTSL 4 BASIC20.05■□□□□ 0.8
SPTA1P02549 AC084116.4-201ENST00000524320 484 ntTSL 2 BASIC20.05■□□□□ 0.8
SPTA1P02549 ARFRP1-202ENST00000607873 1061 ntTSL 2 BASIC20.05■□□□□ 0.8
SPTA1P02549 AC093762.3-201ENST00000641918 318 ntAPPRIS P1 BASIC20.05■□□□□ 0.8
SPTA1P02549 ANO1-202ENST00000355303 4790 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
SPTA1P02549 ARHGAP27-201ENST00000290470 1376 ntTSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
SPTA1P02549 TUSC3-209ENST00000509380 1266 ntTSL 5 BASIC20.04■□□□□ 0.8
SPTA1P02549 MLF2-206ENST00000539187 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
SPTA1P02549 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
SPTA1P02549 SLC35A2-210ENST00000616181 1614 ntTSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
SPTA1P02549 UNC119-202ENST00000335765 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
SPTA1P02549 BTBD17-201ENST00000375366 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
SPTA1P02549 COA6-202ENST00000366613 641 ntTSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
SPTA1P02549 RGMA-211ENST00000557420 989 ntTSL 3 BASIC20.04■□□□□ 0.8
SPTA1P02549 ANP32AP1-202ENST00000560832 1074 ntTSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
SPTA1P02549 NDUFB10-204ENST00000569148 628 ntTSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
SPTA1P02549 SLC22A18-201ENST00000312221 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
SPTA1P02549 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
SPTA1P02549 NCAPD3-204ENST00000526422 1060 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
SPTA1P02549 HLA-L-211ENST00000482052 1765 ntBASIC20.03■□□□□ 0.8
SPTA1P02549 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
SPTA1P02549 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC20.03■□□□□ 0.8
SPTA1P02549 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
SPTA1P02549 BOP1-205ENST00000569669 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
SPTA1P02549 AC093620.1-201ENST00000342963 583 ntTSL 3 BASIC20.03■□□□□ 0.8
SPTA1P02549 ORMDL1-202ENST00000392349 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
SPTA1P02549 SFTPC-205ENST00000521315 1046 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
SPTA1P02549 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
SPTA1P02549 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
SPTA1P02549 NIPSNAP2-205ENST00000446778 1882 ntTSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
SPTA1P02549 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
SPTA1P02549 EPCAM-202ENST00000405271 1530 ntTSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.8
SPTA1P02549 LARP6-202ENST00000344870 527 ntTSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
SPTA1P02549 POLR2F-203ENST00000407936 582 ntTSL 3 BASIC20.02■□□□□ 0.8
SPTA1P02549 ARL6IP4-205ENST00000412505 818 ntTSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.8
SPTA1P02549 POLR2F-207ENST00000460648 518 ntTSL 4 BASIC20.02■□□□□ 0.8
SPTA1P02549 C17orf107-202ENST00000521575 1275 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
SPTA1P02549 AP006621.1-202ENST00000528982 464 ntTSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.8
SPTA1P02549 C19orf67-203ENST00000548523 1427 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.8
SPTA1P02549 ACYP1-205ENST00000555463 789 ntTSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.8
SPTA1P02549 MAGIX-202ENST00000595224 1238 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.8
SPTA1P02549 ADD1-202ENST00000355842 4743 ntTSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
SPTA1P02549 MIR1224-201ENST00000408193 85 ntBASIC20.02■□□□□ 0.79
SPTA1P02549 SNHG6-203ENST00000520944 638 ntTSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.79
SPTA1P02549 AC127029.2-201ENST00000577329 502 ntTSL 3 BASIC20.02■□□□□ 0.79
SPTA1P02549 MRPS7-203ENST00000579002 1638 ntTSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.79
SPTA1P02549 KRT87P-202ENST00000534226 1464 ntBASIC20.02■□□□□ 0.79
SPTA1P02549 PNLIPRP2-204ENST00000591655 1456 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.79
SPTA1P02549 DYRK2-203ENST00000393555 2209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
SPTA1P02549 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
SPTA1P02549 SIGLEC15-201ENST00000389474 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
SPTA1P02549 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
SPTA1P02549 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
SPTA1P02549 SNRNP25-202ENST00000383018 1085 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
SPTA1P02549 MVB12A-212ENST00000543795 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.01■□□□□ 0.79
SPTA1P02549 SMUG1P1-201ENST00000590640 811 ntBASIC20.01■□□□□ 0.79
SPTA1P02549 FMR1-AS1_2.1-201ENST00000613724 127 ntBASIC20.01■□□□□ 0.79
SPTA1P02549 GGTA1P-203ENST00000481799 1487 ntTSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
SPTA1P02549 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.8 ms