Protein–RNA interactions for Protein: O95484

CLDN9, Claudin-9, humanhuman

Predictions only

Length 217 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLDN9O95484 CLPSL2-202ENST00000403376 405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
CLDN9O95484 DMRT1-201ENST00000382276 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
CLDN9O95484 AC139530.1-201ENST00000575312 1977 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
CLDN9O95484 PEX7-201ENST00000318471 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
CLDN9O95484 KLC3-204ENST00000585434 1764 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
CLDN9O95484 PLK5-202ENST00000454744 1930 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
CLDN9O95484 NHLRC4-202ENST00000540585 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
CLDN9O95484 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.25■□□□□ 0.99
CLDN9O95484 LRRK1-208ENST00000532029 1241 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
CLDN9O95484 MRPS2-202ENST00000371785 1640 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.25■□□□□ 0.99
CLDN9O95484 CNEP1R1-202ENST00000427478 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
CLDN9O95484 HAGHL-212ENST00000564537 1667 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
CLDN9O95484 TRAM2-AS1-204ENST00000606714 2453 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
CLDN9O95484 NKX6-2-201ENST00000368592 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
CLDN9O95484 TOX2-201ENST00000341197 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
CLDN9O95484 SDC3-202ENST00000339394 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
CLDN9O95484 FXYD3-201ENST00000344013 1404 ntTSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
CLDN9O95484 AC073188.6-202ENST00000616616 2281 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
CLDN9O95484 OIP5-AS1-208ENST00000560706 473 ntTSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
CLDN9O95484 MIR3621-201ENST00000580529 85 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
CLDN9O95484 SPATA2L-201ENST00000289805 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
CLDN9O95484 P4HA2-202ENST00000360568 2313 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
CLDN9O95484 LINC00565-201ENST00000562710 2331 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
CLDN9O95484 CERS4-205ENST00000558331 1803 ntTSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
CLDN9O95484 PIP5KL1-202ENST00000388747 2198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
CLDN9O95484 SNHG7-201ENST00000414282 2357 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
CLDN9O95484 GLRX3-201ENST00000331244 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
CLDN9O95484 TARBP2-201ENST00000266987 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
CLDN9O95484 C2orf72-201ENST00000373640 3657 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
CLDN9O95484 MAF-202ENST00000393350 6384 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
CLDN9O95484 PLEKHO1-201ENST00000369124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
CLDN9O95484 ANKRD28-201ENST00000399451 6564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CLDN9O95484 AVPR2-201ENST00000337474 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CLDN9O95484 AC092053.2-201ENST00000640557 1818 ntBASIC21.23■□□□□ 0.99
CLDN9O95484 REPS2-202ENST00000357277 7953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CLDN9O95484 ADAMTS13-203ENST00000371910 1074 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CLDN9O95484 ZNRF1-205ENST00000566250 1069 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CLDN9O95484 ZNRF1-206ENST00000567962 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CLDN9O95484 TMEM80-207ENST00000608174 800 ntTSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
CLDN9O95484 FAM47E-201ENST00000424749 1484 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
CLDN9O95484 RYK-208ENST00000620660 2942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CLDN9O95484 KIF2A-202ENST00000401507 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CLDN9O95484 LMF1-202ENST00000543238 2103 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
CLDN9O95484 CUEDC1-202ENST00000407144 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
CLDN9O95484 RITA1-202ENST00000549621 2041 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
CLDN9O95484 HOXC8-201ENST00000040584 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
CLDN9O95484 ST3GAL4-213ENST00000530591 1459 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
CLDN9O95484 IRF3-207ENST00000593922 1494 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
CLDN9O95484 AL117336.3-202ENST00000605499 489 ntTSL 3 BASIC21.22■□□□□ 0.99
CLDN9O95484 LGR4-201ENST00000379214 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
CLDN9O95484 SOHLH1-201ENST00000298466 1987 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
CLDN9O95484 PDLIM2-216ENST00000464275 1995 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
CLDN9O95484 SKIDA1-201ENST00000444772 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
CLDN9O95484 LMLN-210ENST00000482695 2010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
CLDN9O95484 P4HTM-201ENST00000343546 2268 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
CLDN9O95484 TMEM198B-205ENST00000487582 1581 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
CLDN9O95484 ANKHD1-221ENST00000616482 2064 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
CLDN9O95484 NKIRAS2-204ENST00000393880 1644 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
CLDN9O95484 RCE1-202ENST00000524506 1379 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
CLDN9O95484 AP002761.3-201ENST00000546324 1695 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
CLDN9O95484 AL391650.1-201ENST00000448923 1468 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
CLDN9O95484 ACTL10-201ENST00000330271 2028 ntAPPRIS P1 BASIC21.21■□□□□ 0.99
CLDN9O95484 NEIL1-206ENST00000564784 2019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
CLDN9O95484 NOTUM-201ENST00000409678 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CLDN9O95484 SEPT8-207ENST00000378719 2889 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CLDN9O95484 CAPN12-212ENST00000601953 2381 ntTSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
CLDN9O95484 ANAPC13-201ENST00000354910 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CLDN9O95484 MIR17HG-201ENST00000400282 931 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CLDN9O95484 MEIS1-AS3-201ENST00000454167 707 ntTSL 4 BASIC21.21■□□□□ 0.99
CLDN9O95484 ZNF568-208ENST00000586353 1902 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CLDN9O95484 HOXB7-201ENST00000239165 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CLDN9O95484 WDR86-201ENST00000334493 2023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
CLDN9O95484 THOC6-202ENST00000326266 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CLDN9O95484 FAM72A-202ENST00000367128 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CLDN9O95484 FAM72D-201ENST00000400889 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CLDN9O95484 SLC35A3-204ENST00000427993 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.99
CLDN9O95484 TLX2-201ENST00000233638 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CLDN9O95484 GTSE1-AS1-202ENST00000623117 1518 ntBASIC21.2■□□□□ 0.98
CLDN9O95484 NIPA2-203ENST00000398013 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CLDN9O95484 FAM173A-201ENST00000219535 806 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CLDN9O95484 NDUFV2-201ENST00000318388 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CLDN9O95484 AC055876.1-201ENST00000430589 895 ntTSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CLDN9O95484 AP002893.1-201ENST00000528885 684 ntTSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CLDN9O95484 SCUBE1-208ENST00000615096 1119 ntTSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CLDN9O95484 HAUS7-211ENST00000626181 414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CLDN9O95484 IGFBP1-201ENST00000275525 1653 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CLDN9O95484 RIOX1-201ENST00000304061 2429 ntAPPRIS P1 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CLDN9O95484 AC090377.1-201ENST00000585691 1762 ntTSL 3 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CLDN9O95484 WHAMM-201ENST00000286760 5101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CLDN9O95484 P2RX5-201ENST00000225328 2309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CLDN9O95484 HADH-201ENST00000309522 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CLDN9O95484 EPCAM-202ENST00000405271 1530 ntTSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CLDN9O95484 GATM-206ENST00000558336 1522 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CLDN9O95484 CXCL14-201ENST00000337225 1971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CLDN9O95484 NPY4R-201ENST00000374312 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CLDN9O95484 FAHD1-201ENST00000382666 1964 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CLDN9O95484 NPY4R2-201ENST00000576178 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CLDN9O95484 RDX-204ENST00000528498 2511 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CLDN9O95484 PAXBP1-201ENST00000290178 2564 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CLDN9O95484 PTP4A3-204ENST00000521578 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.8 ms