Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 KCNK15-201ENST00000372861 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
LIMA1Q9UHB6 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
LIMA1Q9UHB6 AVPR2-201ENST00000337474 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
LIMA1Q9UHB6 PDE5A-201ENST00000264805 3020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
LIMA1Q9UHB6 CBLN3-201ENST00000267406 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
LIMA1Q9UHB6 PPP1R12B-202ENST00000356764 1687 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
LIMA1Q9UHB6 LIMS2-201ENST00000324938 2111 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
LIMA1Q9UHB6 DENND2D-202ENST00000369752 1894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
LIMA1Q9UHB6 SMOX-212ENST00000621355 2322 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
LIMA1Q9UHB6 CCDC38-201ENST00000344280 2277 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
LIMA1Q9UHB6 CBWD5-207ENST00000382405 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
LIMA1Q9UHB6 AL353743.1-201ENST00000637846 1769 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
LIMA1Q9UHB6 BID-212ENST00000614949 1988 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
LIMA1Q9UHB6 BX664725.1-201ENST00000438252 379 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
LIMA1Q9UHB6 C12orf75-207ENST00000552457 689 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
LIMA1Q9UHB6 AC009086.3-201ENST00000623486 1008 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
LIMA1Q9UHB6 ZNF410-206ENST00000540593 1722 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
LIMA1Q9UHB6 UBTF-213ENST00000533177 3011 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
LIMA1Q9UHB6 HSD11B1L-203ENST00000342970 1620 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
LIMA1Q9UHB6 DTNB-207ENST00000405222 2273 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
LIMA1Q9UHB6 PCSK6-220ENST00000622483 3132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
LIMA1Q9UHB6 GSX2-201ENST00000326902 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
LIMA1Q9UHB6 LRRC75A-201ENST00000409083 2656 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
LIMA1Q9UHB6 TRIM67-203ENST00000449018 2166 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
LIMA1Q9UHB6 UBA5-208ENST00000473651 1513 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
LIMA1Q9UHB6 LGALS9C-201ENST00000328114 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
LIMA1Q9UHB6 ANKHD1-205ENST00000394723 2135 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
LIMA1Q9UHB6 PLEKHO1-201ENST00000369124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
LIMA1Q9UHB6 PRTG-204ENST00000561292 833 ntTSL 3 BASIC24.16■■□□□ 1.46
LIMA1Q9UHB6 HNRNPUL1-222ENST00000617774 451 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
LIMA1Q9UHB6 RNASEH2B-201ENST00000336617 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
LIMA1Q9UHB6 ASRGL1-201ENST00000301776 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
LIMA1Q9UHB6 LINC01960-201ENST00000563759 1884 ntBASIC24.15■■□□□ 1.46
LIMA1Q9UHB6 ANKRD44-204ENST00000409919 1622 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
LIMA1Q9UHB6 EBPL-205ENST00000378284 967 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
LIMA1Q9UHB6 WBP1-203ENST00000409737 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
LIMA1Q9UHB6 CNTFR-202ENST00000378980 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
LIMA1Q9UHB6 KREMEN2-203ENST00000571007 1877 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
LIMA1Q9UHB6 AC096677.1-201ENST00000454651 1516 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
LIMA1Q9UHB6 MANEAL-203ENST00000397631 2327 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
LIMA1Q9UHB6 CBWD2-203ENST00000416503 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
LIMA1Q9UHB6 AC133065.2-201ENST00000573379 2147 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.46
LIMA1Q9UHB6 MAGIX-207ENST00000615915 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.46
LIMA1Q9UHB6 RBM38-203ENST00000356208 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
LIMA1Q9UHB6 AC092028.1-203ENST00000608262 953 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
LIMA1Q9UHB6 GPR143-203ENST00000467482 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
LIMA1Q9UHB6 SERPINB5-201ENST00000382771 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
LIMA1Q9UHB6 CERS4-205ENST00000558331 1803 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
LIMA1Q9UHB6 SMUG1-203ENST00000401977 1082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
LIMA1Q9UHB6 GUCD1-202ENST00000402766 865 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
LIMA1Q9UHB6 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
LIMA1Q9UHB6 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
LIMA1Q9UHB6 GPR27-201ENST00000304411 2447 ntAPPRIS P1 BASIC24.13■■□□□ 1.45
LIMA1Q9UHB6 POC1B-209ENST00000549035 2038 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
LIMA1Q9UHB6 AC009102.2-201ENST00000606772 1639 ntBASIC24.13■■□□□ 1.45
LIMA1Q9UHB6 SLC35A2-210ENST00000616181 1614 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
LIMA1Q9UHB6 HOXC8-201ENST00000040584 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
LIMA1Q9UHB6 AL391650.1-201ENST00000448923 1468 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
LIMA1Q9UHB6 TPI1-210ENST00000613953 1460 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
LIMA1Q9UHB6 RBMS1-205ENST00000409972 1815 ntTSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
LIMA1Q9UHB6 RAP2A-201ENST00000245304 5487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
LIMA1Q9UHB6 CDK5-204ENST00000485972 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
LIMA1Q9UHB6 KLC3-204ENST00000585434 1764 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
LIMA1Q9UHB6 MRPL23-202ENST00000381519 643 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.12■■□□□ 1.45
LIMA1Q9UHB6 MRPL23-205ENST00000397298 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
LIMA1Q9UHB6 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
LIMA1Q9UHB6 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
LIMA1Q9UHB6 NKILA-201ENST00000613231 537 ntTSL 4 BASIC24.12■■□□□ 1.45
LIMA1Q9UHB6 SPPL2B-211ENST00000614794 1559 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
LIMA1Q9UHB6 LINC01140-202ENST00000467438 2375 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
LIMA1Q9UHB6 NAE1-204ENST00000394074 1654 ntTSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
LIMA1Q9UHB6 H1FX-201ENST00000333762 1507 ntAPPRIS P1 BASIC24.11■■□□□ 1.45
LIMA1Q9UHB6 FAHD1-201ENST00000382666 1964 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
LIMA1Q9UHB6 HMGA2-202ENST00000393577 611 ntTSL 3 BASIC24.11■■□□□ 1.45
LIMA1Q9UHB6 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
LIMA1Q9UHB6 MFSD7-203ENST00000404286 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
LIMA1Q9UHB6 PTGER3-204ENST00000356595 1943 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
LIMA1Q9UHB6 PTGER3-207ENST00000370931 1914 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
LIMA1Q9UHB6 TBC1D22A-206ENST00000407381 1949 ntTSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
LIMA1Q9UHB6 SLC22A31-201ENST00000562855 1909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
LIMA1Q9UHB6 PFKFB4-202ENST00000383734 1491 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
LIMA1Q9UHB6 SLCO3A1-202ENST00000424469 2705 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
LIMA1Q9UHB6 PLPP7-202ENST00000372264 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
LIMA1Q9UHB6 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
LIMA1Q9UHB6 ZPBP2-201ENST00000348931 1543 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
LIMA1Q9UHB6 AC138028.2-201ENST00000440406 1539 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
LIMA1Q9UHB6 GRK4-201ENST00000345167 2013 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
LIMA1Q9UHB6 ADORA2A-AS1-203ENST00000427813 2027 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
LIMA1Q9UHB6 FBXW4P1-201ENST00000426721 2239 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
LIMA1Q9UHB6 RANBP10-202ENST00000448631 2232 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
LIMA1Q9UHB6 FAM72B-203ENST00000452190 748 ntTSL 3 BASIC24.1■■□□□ 1.45
LIMA1Q9UHB6 PPAN-201ENST00000253107 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
LIMA1Q9UHB6 SH3RF3-AS1-201ENST00000567491 1604 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
LIMA1Q9UHB6 EFS-203ENST00000429593 2610 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
LIMA1Q9UHB6 TOP2B-204ENST00000435706 5389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
LIMA1Q9UHB6 CTGF-201ENST00000367976 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
LIMA1Q9UHB6 HADH-201ENST00000309522 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
LIMA1Q9UHB6 TRADD-202ENST00000486556 1833 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
LIMA1Q9UHB6 MYCN-201ENST00000281043 2602 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
LIMA1Q9UHB6 DLK2-201ENST00000357338 2038 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.6 ms