Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 AC073111.5-205ENST00000641717 521 ntBASIC28.27■■■□□ 2.12
CCDC87Q9NVE4 PACRGL-201ENST00000295290 1937 ntTSL 5 BASIC28.27■■■□□ 2.12
CCDC87Q9NVE4 AKT1S1-204ENST00000391832 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
CCDC87Q9NVE4 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
CCDC87Q9NVE4 PHPT1-201ENST00000247665 890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
CCDC87Q9NVE4 COX20-201ENST00000366528 568 ntTSL 2 BASIC28.26■■■□□ 2.11
CCDC87Q9NVE4 VGLL4-208ENST00000424529 1025 ntTSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
CCDC87Q9NVE4 ABHD14A-202ENST00000458031 1113 ntTSL 5 BASIC28.26■■■□□ 2.11
CCDC87Q9NVE4 AC084116.4-201ENST00000524320 484 ntTSL 2 BASIC28.26■■■□□ 2.11
CCDC87Q9NVE4 DBI-210ENST00000542275 757 ntTSL 5 BASIC28.26■■■□□ 2.11
CCDC87Q9NVE4 XPA-201ENST00000375128 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
CCDC87Q9NVE4 AC004854.2-201ENST00000608450 1441 ntBASIC28.26■■■□□ 2.11
CCDC87Q9NVE4 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
CCDC87Q9NVE4 B4GAT1-201ENST00000311181 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
CCDC87Q9NVE4 DAZAP1-205ENST00000587079 2086 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.25■■■□□ 2.11
CCDC87Q9NVE4 PCSK1N-201ENST00000218230 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
CCDC87Q9NVE4 IZUMO4-203ENST00000395307 944 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
CCDC87Q9NVE4 HSCB-202ENST00000398941 955 ntTSL 2 BASIC28.25■■■□□ 2.11
CCDC87Q9NVE4 FNDC3B-204ENST00000421757 946 ntTSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
CCDC87Q9NVE4 ACYP1-205ENST00000555463 789 ntTSL 2 BASIC28.25■■■□□ 2.11
CCDC87Q9NVE4 SLC25A29-212ENST00000555927 960 ntTSL 2 BASIC28.25■■■□□ 2.11
CCDC87Q9NVE4 IDH2-203ENST00000559482 1278 ntTSL 5 BASIC28.25■■■□□ 2.11
CCDC87Q9NVE4 SEC22C-207ENST00000423701 1458 ntTSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
CCDC87Q9NVE4 ZNF767P-202ENST00000472212 2100 ntTSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
CCDC87Q9NVE4 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC28.24■■■□□ 2.11
CCDC87Q9NVE4 TXNRD2-201ENST00000334363 1893 ntTSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
CCDC87Q9NVE4 RITA1-203ENST00000552495 1898 ntTSL 2 BASIC28.24■■■□□ 2.11
CCDC87Q9NVE4 TNFRSF18-203ENST00000379268 1179 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
CCDC87Q9NVE4 POLE4-205ENST00000483063 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
CCDC87Q9NVE4 NDUFV2-AS1-201ENST00000582375 770 ntTSL 2 BASIC28.24■■■□□ 2.11
CCDC87Q9NVE4 KCNIP2-206ENST00000356640 1989 ntTSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
CCDC87Q9NVE4 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
CCDC87Q9NVE4 CKMT1B-207ENST00000441322 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
CCDC87Q9NVE4 EED-207ENST00000528180 1745 ntTSL 5 BASIC28.23■■■□□ 2.11
CCDC87Q9NVE4 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
CCDC87Q9NVE4 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
CCDC87Q9NVE4 YIF1A-205ENST00000471387 854 ntTSL 5 BASIC28.23■■■□□ 2.11
CCDC87Q9NVE4 AC092368.3-201ENST00000562549 1107 ntTSL 5 BASIC28.23■■■□□ 2.11
CCDC87Q9NVE4 AL357033.1-201ENST00000370520 1933 ntTSL 2 BASIC28.23■■■□□ 2.11
CCDC87Q9NVE4 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
CCDC87Q9NVE4 GAS2L1P2-201ENST00000436355 1356 ntBASIC28.23■■■□□ 2.11
CCDC87Q9NVE4 PLEKHF1-204ENST00000592810 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
CCDC87Q9NVE4 H1FX-201ENST00000333762 1507 ntAPPRIS P1 BASIC28.23■■■□□ 2.11
CCDC87Q9NVE4 ESRRAP2-201ENST00000418437 1549 ntBASIC28.23■■■□□ 2.11
CCDC87Q9NVE4 BX005040.4-201ENST00000637145 1518 ntBASIC28.23■■■□□ 2.11
CCDC87Q9NVE4 MMP21-201ENST00000368808 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
CCDC87Q9NVE4 ENTPD4-201ENST00000356206 2097 ntTSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
CCDC87Q9NVE4 ENTPD4-203ENST00000417069 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
CCDC87Q9NVE4 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC28.22■■■□□ 2.11
CCDC87Q9NVE4 JSRP1-201ENST00000300961 1138 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.22■■■□□ 2.11
CCDC87Q9NVE4 BCKDHB-203ENST00000369760 743 ntTSL 3 BASIC28.22■■■□□ 2.11
CCDC87Q9NVE4 FAM185A-201ENST00000409231 1446 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.22■■■□□ 2.11
CCDC87Q9NVE4 AC092171.1-201ENST00000455866 753 ntTSL 2 BASIC28.22■■■□□ 2.11
CCDC87Q9NVE4 ARHGAP24-206ENST00000503995 1273 ntTSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
CCDC87Q9NVE4 AC104771.1-201ENST00000603335 964 ntBASIC28.22■■■□□ 2.11
CCDC87Q9NVE4 PGF-203ENST00000553716 1699 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
CCDC87Q9NVE4 ORAI3-204ENST00000566237 1393 ntTSL 5 BASIC28.22■■■□□ 2.11
CCDC87Q9NVE4 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.21■■■□□ 2.11
CCDC87Q9NVE4 TSEN34-201ENST00000302937 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
CCDC87Q9NVE4 ATP6V0B-205ENST00000472174 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
CCDC87Q9NVE4 AC007326.4-201ENST00000638240 1669 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.21■■■□□ 2.11
CCDC87Q9NVE4 APBA3-201ENST00000316757 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
CCDC87Q9NVE4 ZNF205-201ENST00000219091 1947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.21■■■□□ 2.11
CCDC87Q9NVE4 CBWD5-207ENST00000382405 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
CCDC87Q9NVE4 HNF4A-205ENST00000443598 1603 ntTSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
CCDC87Q9NVE4 AC004687.1-201ENST00000579003 1625 ntBASIC28.21■■■□□ 2.11
CCDC87Q9NVE4 SPOCK3-222ENST00000512681 1457 ntTSL 2 BASIC28.21■■■□□ 2.11
CCDC87Q9NVE4 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.11
CCDC87Q9NVE4 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.11
CCDC87Q9NVE4 XBP1-202ENST00000344347 1131 ntTSL 5 BASIC28.2■■■□□ 2.1
CCDC87Q9NVE4 MRPS2-202ENST00000371785 1640 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.2■■■□□ 2.1
CCDC87Q9NVE4 ZNF419-203ENST00000354197 1569 ntTSL 5 BASIC28.2■■■□□ 2.1
CCDC87Q9NVE4 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC28.2■■■□□ 2.1
CCDC87Q9NVE4 UBA5-208ENST00000473651 1513 ntTSL 5 BASIC28.19■■■□□ 2.1
CCDC87Q9NVE4 EI24-211ENST00000534546 1544 ntTSL 2 BASIC28.19■■■□□ 2.1
CCDC87Q9NVE4 AC026185.1-201ENST00000445748 174 ntBASIC28.19■■■□□ 2.1
CCDC87Q9NVE4 PPP1R14BP3-201ENST00000509033 445 ntBASIC28.19■■■□□ 2.1
CCDC87Q9NVE4 RPS15-210ENST00000592623 873 ntTSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
CCDC87Q9NVE4 MMP25-204ENST00000612971 1017 ntTSL 5 BASIC28.19■■■□□ 2.1
CCDC87Q9NVE4 RPS6-203ENST00000380384 1355 ntTSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
CCDC87Q9NVE4 CDX1-201ENST00000231656 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
CCDC87Q9NVE4 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC28.19■■■□□ 2.1
CCDC87Q9NVE4 AC012313.1-203ENST00000597980 570 ntTSL 4 BASIC28.18■■■□□ 2.1
CCDC87Q9NVE4 AC068587.7-201ENST00000641602 218 ntBASIC28.18■■■□□ 2.1
CCDC87Q9NVE4 IRF3-201ENST00000309877 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
CCDC87Q9NVE4 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
CCDC87Q9NVE4 AZIN2-204ENST00000373443 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
CCDC87Q9NVE4 AC079630.1-202ENST00000618127 1840 ntBASIC28.18■■■□□ 2.1
CCDC87Q9NVE4 ZNF511-202ENST00000361518 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
CCDC87Q9NVE4 CYHR1-201ENST00000306145 1409 ntTSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
CCDC87Q9NVE4 CFP-202ENST00000377005 1435 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
CCDC87Q9NVE4 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
CCDC87Q9NVE4 UCHL1-201ENST00000284440 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
CCDC87Q9NVE4 NRL-201ENST00000396995 810 ntTSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
CCDC87Q9NVE4 UCHL1-210ENST00000512788 785 ntTSL 3 BASIC28.17■■■□□ 2.1
CCDC87Q9NVE4 SMUG1P1-201ENST00000590640 811 ntBASIC28.17■■■□□ 2.1
CCDC87Q9NVE4 ZC3H14-219ENST00000556945 2075 ntTSL 5 BASIC28.17■■■□□ 2.1
CCDC87Q9NVE4 UQCR11-203ENST00000591899 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
CCDC87Q9NVE4 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
CCDC87Q9NVE4 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.8 ms