Protein–RNA interactions for Protein: Q9H1J1

UPF3A, Regulator of nonsense transcripts 3A, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 476 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
UPF3AQ9H1J1 ORMDL1-202ENST00000392349 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
UPF3AQ9H1J1 HSCB-202ENST00000398941 955 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
UPF3AQ9H1J1 AC073111.5-205ENST00000641717 521 ntBASIC24.77■■□□□ 1.56
UPF3AQ9H1J1 GAS2L1P2-201ENST00000436355 1356 ntBASIC24.77■■□□□ 1.56
UPF3AQ9H1J1 SPRED3-202ENST00000586301 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
UPF3AQ9H1J1 TTC34-202ENST00000637179 1775 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
UPF3AQ9H1J1 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
UPF3AQ9H1J1 METTL9-202ENST00000396014 1817 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
UPF3AQ9H1J1 ADAD2-202ENST00000315906 1995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
UPF3AQ9H1J1 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
UPF3AQ9H1J1 TNFRSF18-203ENST00000379268 1179 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
UPF3AQ9H1J1 COX4I1-216ENST00000568794 794 ntTSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
UPF3AQ9H1J1 ANKRD11-217ENST00000613312 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
UPF3AQ9H1J1 PON2-202ENST00000433091 1726 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
UPF3AQ9H1J1 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
UPF3AQ9H1J1 GOLGA7-201ENST00000357743 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
UPF3AQ9H1J1 RASGRP2-209ENST00000394429 453 ntTSL 3 BASIC24.75■■□□□ 1.55
UPF3AQ9H1J1 IZUMO4-203ENST00000395307 944 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
UPF3AQ9H1J1 AC016769.1-201ENST00000409132 1010 ntBASIC24.75■■□□□ 1.55
UPF3AQ9H1J1 DBI-210ENST00000542275 757 ntTSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
UPF3AQ9H1J1 ACYP1-205ENST00000555463 789 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
UPF3AQ9H1J1 SEC22C-207ENST00000423701 1458 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
UPF3AQ9H1J1 HNF4A-205ENST00000443598 1603 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
UPF3AQ9H1J1 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC24.75■■□□□ 1.55
UPF3AQ9H1J1 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
UPF3AQ9H1J1 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
UPF3AQ9H1J1 COX20-201ENST00000366528 568 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
UPF3AQ9H1J1 BCKDHB-203ENST00000369760 743 ntTSL 3 BASIC24.74■■□□□ 1.55
UPF3AQ9H1J1 MPV17L-202ENST00000396385 1037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
UPF3AQ9H1J1 PITX1-205ENST00000506438 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
UPF3AQ9H1J1 AC004854.2-201ENST00000608450 1441 ntBASIC24.74■■□□□ 1.55
UPF3AQ9H1J1 PACRGL-201ENST00000295290 1937 ntTSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
UPF3AQ9H1J1 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC24.74■■□□□ 1.55
UPF3AQ9H1J1 PTH1R-202ENST00000418619 2070 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
UPF3AQ9H1J1 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
UPF3AQ9H1J1 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
UPF3AQ9H1J1 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
UPF3AQ9H1J1 BTBD17-201ENST00000375366 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
UPF3AQ9H1J1 H1FX-201ENST00000333762 1507 ntAPPRIS P1 BASIC24.73■■□□□ 1.55
UPF3AQ9H1J1 BX005040.4-201ENST00000637145 1518 ntBASIC24.73■■□□□ 1.55
UPF3AQ9H1J1 XPA-201ENST00000375128 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
UPF3AQ9H1J1 FNDC3B-204ENST00000421757 946 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
UPF3AQ9H1J1 C11orf24-209ENST00000533310 980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
UPF3AQ9H1J1 AC092368.3-201ENST00000562549 1107 ntTSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
UPF3AQ9H1J1 Z97986.1-201ENST00000565879 476 ntTSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
UPF3AQ9H1J1 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
UPF3AQ9H1J1 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
UPF3AQ9H1J1 PLEKHF1-204ENST00000592810 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
UPF3AQ9H1J1 YIF1A-205ENST00000471387 854 ntTSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
UPF3AQ9H1J1 NDUFA6-AS1-207ENST00000595777 833 ntTSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
UPF3AQ9H1J1 AC068587.7-201ENST00000641602 218 ntBASIC24.72■■□□□ 1.55
UPF3AQ9H1J1 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
UPF3AQ9H1J1 AKT1S1-204ENST00000391832 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
UPF3AQ9H1J1 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
UPF3AQ9H1J1 ACAA1-219ENST00000625927 1760 ntTSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
UPF3AQ9H1J1 ZNF419-203ENST00000354197 1569 ntTSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
UPF3AQ9H1J1 SPOCK3-222ENST00000512681 1457 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
UPF3AQ9H1J1 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
UPF3AQ9H1J1 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
UPF3AQ9H1J1 EED-207ENST00000528180 1745 ntTSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
UPF3AQ9H1J1 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
UPF3AQ9H1J1 B4GAT1-201ENST00000311181 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
UPF3AQ9H1J1 KCNIP2-206ENST00000356640 1989 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
UPF3AQ9H1J1 UBA5-208ENST00000473651 1513 ntTSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
UPF3AQ9H1J1 PTX3-201ENST00000295927 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
UPF3AQ9H1J1 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.55
UPF3AQ9H1J1 RPS6-203ENST00000380384 1355 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.55
UPF3AQ9H1J1 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC24.7■■□□□ 1.54
UPF3AQ9H1J1 JSRP1-201ENST00000300961 1138 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
UPF3AQ9H1J1 ARHGAP24-206ENST00000503995 1273 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
UPF3AQ9H1J1 AC091138.1-202ENST00000578967 457 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
UPF3AQ9H1J1 MRPS2-202ENST00000371785 1640 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.7■■□□□ 1.54
UPF3AQ9H1J1 OAZ2-201ENST00000326005 1934 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.54
UPF3AQ9H1J1 ZNF511-202ENST00000361518 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
UPF3AQ9H1J1 FAM185A-201ENST00000409231 1446 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
UPF3AQ9H1J1 CYP4V2-201ENST00000378802 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
UPF3AQ9H1J1 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
UPF3AQ9H1J1 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
UPF3AQ9H1J1 UTF1-201ENST00000304477 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
UPF3AQ9H1J1 RPS15-210ENST00000592623 873 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
UPF3AQ9H1J1 GXYLT1P5-201ENST00000614548 1189 ntBASIC24.69■■□□□ 1.54
UPF3AQ9H1J1 CBWD5-207ENST00000382405 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
UPF3AQ9H1J1 CYHR1-201ENST00000306145 1409 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
UPF3AQ9H1J1 UQCR11-203ENST00000591899 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
UPF3AQ9H1J1 HDGFL2-210ENST00000621835 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
UPF3AQ9H1J1 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
UPF3AQ9H1J1 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
UPF3AQ9H1J1 GNPTG-201ENST00000204679 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
UPF3AQ9H1J1 NXNL2-201ENST00000375854 805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
UPF3AQ9H1J1 AC026185.1-201ENST00000445748 174 ntBASIC24.68■■□□□ 1.54
UPF3AQ9H1J1 AC012313.1-203ENST00000597980 570 ntTSL 4 BASIC24.68■■□□□ 1.54
UPF3AQ9H1J1 WWOX-218ENST00000627394 894 ntTSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
UPF3AQ9H1J1 CKMT1B-207ENST00000441322 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
UPF3AQ9H1J1 PGF-203ENST00000553716 1699 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
UPF3AQ9H1J1 AC007326.4-201ENST00000638240 1669 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
UPF3AQ9H1J1 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
UPF3AQ9H1J1 ORAI3-204ENST00000566237 1393 ntTSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
UPF3AQ9H1J1 SLBP-206ENST00000489418 1977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
UPF3AQ9H1J1 EI24-211ENST00000534546 1544 ntTSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
UPF3AQ9H1J1 TXNRD2-201ENST00000334363 1893 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.1 ms