Protein–RNA interactions for Protein: Q9BUN5

CCDC28B, Coiled-coil domain-containing protein 28B, humanhuman

Predictions only

Length 200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC28BQ9BUN5 CNPY3-202ENST00000394142 954 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC28BQ9BUN5 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC28BQ9BUN5 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC28BQ9BUN5 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC28BQ9BUN5 TMC7-205ENST00000569532 2738 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC28BQ9BUN5 PARD3-213ENST00000545260 5740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC28BQ9BUN5 RAP1B-207ENST00000450214 1466 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC28BQ9BUN5 HSF4-225ENST00000584272 1549 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC28BQ9BUN5 DHRS11-215ENST00000618403 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC28BQ9BUN5 ANKRD44-204ENST00000409919 1622 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC28BQ9BUN5 PBX4-201ENST00000251203 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC28BQ9BUN5 ZIM2-201ENST00000593711 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC28BQ9BUN5 ANKHD1-205ENST00000394723 2135 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC28BQ9BUN5 FFAR1-201ENST00000246553 2311 ntAPPRIS P1 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC28BQ9BUN5 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC28BQ9BUN5 DUSP5-201ENST00000369583 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC28BQ9BUN5 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC28BQ9BUN5 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC28BQ9BUN5 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC28BQ9BUN5 RBM42-203ENST00000588161 1609 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC28BQ9BUN5 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC28BQ9BUN5 ZDHHC5-204ENST00000527985 2817 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC28BQ9BUN5 FAM72B-202ENST00000369390 2396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC28BQ9BUN5 TOX2-201ENST00000341197 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC28BQ9BUN5 GLT8D2-205ENST00000548660 1835 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC28BQ9BUN5 AC012645.1-201ENST00000515455 1650 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC28BQ9BUN5 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC28BQ9BUN5 SESN3-202ENST00000416495 1408 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC28BQ9BUN5 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC28BQ9BUN5 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC28BQ9BUN5 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC28BQ9BUN5 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC28BQ9BUN5 PEX10-202ENST00000447513 1997 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC28BQ9BUN5 IGSF21-201ENST00000251296 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC28BQ9BUN5 PALM-202ENST00000338448 2725 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC28BQ9BUN5 AC073130.3-201ENST00000624389 2278 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC28BQ9BUN5 AC080112.2-201ENST00000578774 2094 ntTSL 4 BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC28BQ9BUN5 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC28BQ9BUN5 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC28BQ9BUN5 TARBP2-201ENST00000266987 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC28BQ9BUN5 PSMD7-201ENST00000219313 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC28BQ9BUN5 AVPR2-201ENST00000337474 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC28BQ9BUN5 ZC3H14-223ENST00000557607 1983 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.02
CCDC28BQ9BUN5 PARD3-209ENST00000374790 5825 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC28BQ9BUN5 ARSB-201ENST00000264914 5327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC28BQ9BUN5 ZFAND2B-201ENST00000289528 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC28BQ9BUN5 KLF9-201ENST00000377126 5175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC28BQ9BUN5 MT2A-201ENST00000245185 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC28BQ9BUN5 PRELID1-201ENST00000303204 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC28BQ9BUN5 PAQR6-202ENST00000335852 2117 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC28BQ9BUN5 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC28BQ9BUN5 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC28BQ9BUN5 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC28BQ9BUN5 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC28BQ9BUN5 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC28BQ9BUN5 TMEM170A-206ENST00000569276 609 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC28BQ9BUN5 PMS1-222ENST00000639501 2506 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC28BQ9BUN5 AC007326.4-201ENST00000638240 1669 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC28BQ9BUN5 MMEL1-206ENST00000502556 1943 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC28BQ9BUN5 EED-201ENST00000263360 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC28BQ9BUN5 FBXW11-203ENST00000393802 2181 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC28BQ9BUN5 KAT2B-201ENST00000263754 4833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC28BQ9BUN5 PIKFYVE-203ENST00000392202 2039 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC28BQ9BUN5 SMOX-212ENST00000621355 2322 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC28BQ9BUN5 LRRC4B-201ENST00000389201 2958 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC28BQ9BUN5 TFG-201ENST00000240851 1978 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC28BQ9BUN5 THEM6-201ENST00000336138 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC28BQ9BUN5 PPP1CC-201ENST00000335007 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC28BQ9BUN5 GBX1-201ENST00000297537 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC28BQ9BUN5 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC28BQ9BUN5 E4F1-204ENST00000564139 2493 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC28BQ9BUN5 GPR162-201ENST00000311268 2768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC28BQ9BUN5 SAV1-201ENST00000324679 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC28BQ9BUN5 ST3GAL4-215ENST00000532243 1825 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC28BQ9BUN5 ZDHHC8P1-201ENST00000255890 2382 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC28BQ9BUN5 TMEM9B-201ENST00000309134 1659 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC28BQ9BUN5 STK19-201ENST00000375331 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC28BQ9BUN5 PACRGL-201ENST00000295290 1937 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC28BQ9BUN5 COMMD5-201ENST00000305103 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC28BQ9BUN5 C16orf58-209ENST00000567994 1845 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC28BQ9BUN5 FKBP1B-202ENST00000380991 1010 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC28BQ9BUN5 NDUFA10-204ENST00000407129 699 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC28BQ9BUN5 C7orf25-201ENST00000350427 2451 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC28BQ9BUN5 RUNX3-202ENST00000338888 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC28BQ9BUN5 NSUN2-206ENST00000506139 2619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC28BQ9BUN5 AC026310.3-201ENST00000625186 2373 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC28BQ9BUN5 AC133065.2-201ENST00000573379 2147 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC28BQ9BUN5 TRIM46-204ENST00000368385 1864 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC28BQ9BUN5 DYRK3-202ENST00000367108 2218 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC28BQ9BUN5 PDZRN4-202ENST00000402685 3347 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC28BQ9BUN5 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC28BQ9BUN5 LINC01123-202ENST00000419296 2436 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC28BQ9BUN5 TEAD2-201ENST00000311227 2164 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC28BQ9BUN5 GTPBP6-201ENST00000326153 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC28BQ9BUN5 AL121899.1-202ENST00000411839 536 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC28BQ9BUN5 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC28BQ9BUN5 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC28BQ9BUN5 UBFD1-208ENST00000567264 642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC28BQ9BUN5 ANKRD28-201ENST00000399451 6564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC28BQ9BUN5 PLPP7-202ENST00000372264 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20 ms