Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 CDIPT-201ENST00000219789 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
VPS39Q96JC1 AC105935.1-201ENST00000424174 422 ntTSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.13
VPS39Q96JC1 NAA30-203ENST00000555166 1294 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
VPS39Q96JC1 SNRNP70-201ENST00000221448 1603 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
VPS39Q96JC1 NELFCD-213ENST00000602795 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
VPS39Q96JC1 AC087742.1-201ENST00000575880 1738 ntBASIC22.08■■□□□ 1.12
VPS39Q96JC1 MTNR1B-201ENST00000257068 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
VPS39Q96JC1 FOXJ1-201ENST00000322957 2641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
VPS39Q96JC1 C14orf80-201ENST00000329886 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
VPS39Q96JC1 CAPN12-212ENST00000601953 2381 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS39Q96JC1 DISC1-223ENST00000628350 2363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS39Q96JC1 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS39Q96JC1 NOTUM-201ENST00000409678 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS39Q96JC1 CACYBP-201ENST00000367679 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS39Q96JC1 ANKHD1-221ENST00000616482 2064 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS39Q96JC1 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS39Q96JC1 NR0B1-202ENST00000378970 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS39Q96JC1 DDN-AS1-202ENST00000547866 2114 ntTSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS39Q96JC1 MAP2K5-204ENST00000395476 1689 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS39Q96JC1 UBAP1L-203ENST00000559089 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS39Q96JC1 NRL-203ENST00000397002 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS39Q96JC1 AC139530.1-201ENST00000575312 1977 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS39Q96JC1 REPIN1-214ENST00000489432 2058 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS39Q96JC1 RBM42-203ENST00000588161 1609 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS39Q96JC1 AC011498.4-201ENST00000586020 1803 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS39Q96JC1 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS39Q96JC1 MTDHP2-201ENST00000601468 714 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS39Q96JC1 RAET1E-AS1-203ENST00000606915 1210 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS39Q96JC1 PLPP2-202ENST00000327790 1397 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS39Q96JC1 AMZ2-219ENST00000612294 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS39Q96JC1 GADD45GIP1-201ENST00000316939 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS39Q96JC1 ST7L-201ENST00000343210 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS39Q96JC1 SLC35A3-204ENST00000427993 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS39Q96JC1 GRM6-202ENST00000517717 2673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS39Q96JC1 IRX2-202ENST00000382611 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS39Q96JC1 SLC19A1-212ENST00000567670 2029 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS39Q96JC1 NHLRC4-202ENST00000540585 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
VPS39Q96JC1 COMT-206ENST00000407537 1457 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
VPS39Q96JC1 LRRC61-205ENST00000493307 1456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
VPS39Q96JC1 PARD3-208ENST00000374789 6005 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
VPS39Q96JC1 IRX4-201ENST00000231357 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
VPS39Q96JC1 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
VPS39Q96JC1 LMF1-202ENST00000543238 2103 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
VPS39Q96JC1 MIR4787-201ENST00000607364 84 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
VPS39Q96JC1 WDR86-201ENST00000334493 2023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
VPS39Q96JC1 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
VPS39Q96JC1 DAZAP1-211ENST00000592522 2157 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
VPS39Q96JC1 FAM107A-203ENST00000447756 1432 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
VPS39Q96JC1 RNF39-202ENST00000376751 1970 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
VPS39Q96JC1 AC080038.3-201ENST00000623346 1952 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
VPS39Q96JC1 AP004608.1-202ENST00000533390 1863 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
VPS39Q96JC1 FAM53B-201ENST00000280780 1568 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS39Q96JC1 PIKFYVE-203ENST00000392202 2039 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS39Q96JC1 TMEM165-201ENST00000381334 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS39Q96JC1 MYO1C-203ENST00000438665 4898 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS39Q96JC1 SH2D3A-201ENST00000245908 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS39Q96JC1 KCNMA1-209ENST00000372443 5059 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS39Q96JC1 HRK-201ENST00000257572 5789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS39Q96JC1 ARSB-201ENST00000264914 5327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS39Q96JC1 CTAG1B-201ENST00000328435 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS39Q96JC1 FEZ1-202ENST00000366139 1053 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS39Q96JC1 LYSMD2-202ENST00000454181 1228 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS39Q96JC1 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS39Q96JC1 CTAG1A-202ENST00000599837 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS39Q96JC1 GDF6-202ENST00000620978 973 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS39Q96JC1 CLN6-201ENST00000249806 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS39Q96JC1 CCM2-206ENST00000474617 1532 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS39Q96JC1 FARP2-223ENST00000627550 2122 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS39Q96JC1 LSM14B-201ENST00000279068 2548 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS39Q96JC1 PRKACA-201ENST00000308677 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS39Q96JC1 SIMC1-202ENST00000341199 2056 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS39Q96JC1 REV1-201ENST00000258428 4751 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS39Q96JC1 HSD11B1L-203ENST00000342970 1620 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS39Q96JC1 CNEP1R1-202ENST00000427478 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS39Q96JC1 BCS1L-210ENST00000431802 2015 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS39Q96JC1 IGSF21-201ENST00000251296 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS39Q96JC1 WRNIP1-203ENST00000380771 2595 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS39Q96JC1 TMEM200B-201ENST00000420504 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS39Q96JC1 AC007326.4-201ENST00000638240 1669 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS39Q96JC1 DPH7-201ENST00000277540 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS39Q96JC1 GPRC5B-210ENST00000569847 1830 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS39Q96JC1 ZNF843-201ENST00000315678 2137 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS39Q96JC1 MRGPRF-203ENST00000441623 2282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS39Q96JC1 RITA1-202ENST00000549621 2041 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS39Q96JC1 HEXB-201ENST00000261416 1901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS39Q96JC1 CBWD2-203ENST00000416503 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS39Q96JC1 DENND4B-201ENST00000361217 5706 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS39Q96JC1 PRKAR1B-211ENST00000537384 2533 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS39Q96JC1 TRIM7-202ENST00000334421 1228 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS39Q96JC1 MDK-202ENST00000395565 951 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS39Q96JC1 SYCE1-204ENST00000432597 1254 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS39Q96JC1 AC011448.1-201ENST00000555938 1100 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS39Q96JC1 DUX4L4-201ENST00000566884 1269 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS39Q96JC1 UHRF1BP1L-202ENST00000356828 2023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS39Q96JC1 DYRK2-202ENST00000344096 8912 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS39Q96JC1 AC009102.2-201ENST00000606772 1639 ntBASIC22.02■■□□□ 1.11
VPS39Q96JC1 CACNB3-205ENST00000547392 2237 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.11
VPS39Q96JC1 MYB-221ENST00000527615 2381 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.11
VPS39Q96JC1 WRNIP1-204ENST00000380773 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
VPS39Q96JC1 GRM6-201ENST00000231188 6143 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.3 ms