Protein–RNA interactions for Protein: Q96DZ5

CLIP3, CAP-Gly domain-containing linker protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 547 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLIP3Q96DZ5 SCAMP3-202ENST00000355379 1537 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
CLIP3Q96DZ5 CBLN2-209ENST00000585159 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
CLIP3Q96DZ5 AC026271.2-201ENST00000428091 497 ntBASIC21.15■□□□□ 0.98
CLIP3Q96DZ5 RAB6B-203ENST00000469959 500 ntTSL 3 BASIC21.15■□□□□ 0.98
CLIP3Q96DZ5 CAPNS1-207ENST00000589146 578 ntTSL 3 BASIC21.15■□□□□ 0.98
CLIP3Q96DZ5 AL499627.2-201ENST00000606283 725 ntBASIC21.15■□□□□ 0.98
CLIP3Q96DZ5 CHST6-202ENST00000390664 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
CLIP3Q96DZ5 SMURF1-201ENST00000361125 5737 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
CLIP3Q96DZ5 LGR4-201ENST00000379214 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
CLIP3Q96DZ5 PHOX2B-201ENST00000226382 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
CLIP3Q96DZ5 SH3RF3-AS1-201ENST00000567491 1604 ntBASIC21.15■□□□□ 0.98
CLIP3Q96DZ5 C21orf2-202ENST00000339818 2233 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
CLIP3Q96DZ5 PLPP1-201ENST00000264775 1550 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
CLIP3Q96DZ5 SPRED3-204ENST00000587013 1539 ntTSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.98
CLIP3Q96DZ5 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
CLIP3Q96DZ5 AL024507.2-201ENST00000606070 2574 ntBASIC21.14■□□□□ 0.98
CLIP3Q96DZ5 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
CLIP3Q96DZ5 TBC1D22A-202ENST00000355704 1886 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
CLIP3Q96DZ5 PON2-217ENST00000633192 1876 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
CLIP3Q96DZ5 GLTPD2-201ENST00000331264 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
CLIP3Q96DZ5 C2orf82-201ENST00000331342 465 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
CLIP3Q96DZ5 CCDC160-201ENST00000370809 1299 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
CLIP3Q96DZ5 NRXN2-205ENST00000409571 6381 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
CLIP3Q96DZ5 MIR5787-201ENST00000611784 55 ntBASIC21.14■□□□□ 0.97
CLIP3Q96DZ5 MADCAM1-208ENST00000621286 1203 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
CLIP3Q96DZ5 IGHV3-20-201ENST00000390606 415 ntAPPRIS P1 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CLIP3Q96DZ5 IPO9-AS1-201ENST00000413035 839 ntTSL 3 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CLIP3Q96DZ5 LINC01574-201ENST00000512115 560 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CLIP3Q96DZ5 SLC25A5-AS1-202ENST00000445759 1616 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CLIP3Q96DZ5 PKIB-204ENST00000368448 1561 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CLIP3Q96DZ5 NUDT18-201ENST00000611621 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CLIP3Q96DZ5 HACD3-205ENST00000562901 1797 ntTSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CLIP3Q96DZ5 ENTPD4-201ENST00000356206 2097 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CLIP3Q96DZ5 ENTPD4-203ENST00000417069 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CLIP3Q96DZ5 NIPA2-205ENST00000539711 1412 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CLIP3Q96DZ5 SNCB-206ENST00000614675 1407 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CLIP3Q96DZ5 DALRD3-206ENST00000441576 1706 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CLIP3Q96DZ5 SHMT1-203ENST00000354098 1656 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CLIP3Q96DZ5 MTURN-201ENST00000324453 5937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CLIP3Q96DZ5 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CLIP3Q96DZ5 LRRC34-206ENST00000522526 1899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CLIP3Q96DZ5 AP001107.5-202ENST00000533759 948 ntTSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CLIP3Q96DZ5 TRAF4-217ENST00000618771 543 ntTSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CLIP3Q96DZ5 SNUPN-201ENST00000308588 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CLIP3Q96DZ5 IQCJ-SCHIP1-203ENST00000476809 1780 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CLIP3Q96DZ5 LAYN-209ENST00000533265 1703 ntTSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CLIP3Q96DZ5 KCNIP2-206ENST00000356640 1989 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CLIP3Q96DZ5 MTMR14-206ENST00000420925 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CLIP3Q96DZ5 C1QTNF4-201ENST00000302514 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CLIP3Q96DZ5 DISC1-220ENST00000602873 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CLIP3Q96DZ5 TSPY26P-201ENST00000476365 1326 ntBASIC21.11■□□□□ 0.97
CLIP3Q96DZ5 TTC34-202ENST00000637179 1775 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CLIP3Q96DZ5 RNF165-205ENST00000588679 2904 ntBASIC21.11■□□□□ 0.97
CLIP3Q96DZ5 ATP5C1-202ENST00000356708 1163 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CLIP3Q96DZ5 MLF2-206ENST00000539187 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CLIP3Q96DZ5 AC011446.1-201ENST00000591825 458 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CLIP3Q96DZ5 SCUBE1-208ENST00000615096 1119 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CLIP3Q96DZ5 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CLIP3Q96DZ5 IRF3-201ENST00000309877 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CLIP3Q96DZ5 ELOA-201ENST00000418390 5154 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CLIP3Q96DZ5 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CLIP3Q96DZ5 AR-209ENST00000613054 3532 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CLIP3Q96DZ5 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
CLIP3Q96DZ5 ZNHIT2-201ENST00000310597 1306 ntAPPRIS P1 BASIC21.1■□□□□ 0.97
CLIP3Q96DZ5 USF3-203ENST00000491165 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CLIP3Q96DZ5 NPAS1-208ENST00000602212 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CLIP3Q96DZ5 TRIM3-201ENST00000345851 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CLIP3Q96DZ5 CYC1-201ENST00000318911 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CLIP3Q96DZ5 TSPY4-201ENST00000383008 1143 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
CLIP3Q96DZ5 AICDA-202ENST00000537228 667 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
CLIP3Q96DZ5 IGDCC4-201ENST00000352385 6508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CLIP3Q96DZ5 POLD2-218ENST00000610533 1619 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CLIP3Q96DZ5 SLC35A2-210ENST00000616181 1614 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
CLIP3Q96DZ5 MCUB-201ENST00000394650 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CLIP3Q96DZ5 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CLIP3Q96DZ5 CERS1-205ENST00000623927 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CLIP3Q96DZ5 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CLIP3Q96DZ5 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CLIP3Q96DZ5 DACT3-202ENST00000391916 2834 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CLIP3Q96DZ5 RYK-208ENST00000620660 2942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CLIP3Q96DZ5 RYK-209ENST00000623711 2934 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CLIP3Q96DZ5 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CLIP3Q96DZ5 RNASEH2B-201ENST00000336617 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
CLIP3Q96DZ5 NKIRAS2-204ENST00000393880 1644 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
CLIP3Q96DZ5 AL121749.1-201ENST00000635993 1768 ntTSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
CLIP3Q96DZ5 PYCARD-201ENST00000247470 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
CLIP3Q96DZ5 SLC39A3-203ENST00000545664 1219 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
CLIP3Q96DZ5 HSPBP1-206ENST00000587922 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
CLIP3Q96DZ5 MIR6821-201ENST00000617625 74 ntBASIC21.08■□□□□ 0.97
CLIP3Q96DZ5 RCN2-202ENST00000394883 1366 ntTSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.96
CLIP3Q96DZ5 KISS1R-201ENST00000234371 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
CLIP3Q96DZ5 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
CLIP3Q96DZ5 LINC00454-202ENST00000430978 1327 ntTSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
CLIP3Q96DZ5 NIPSNAP2-205ENST00000446778 1882 ntTSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
CLIP3Q96DZ5 PTPN2-202ENST00000327283 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
CLIP3Q96DZ5 SDC3-202ENST00000339394 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
CLIP3Q96DZ5 AL591684.2-201ENST00000605970 1594 ntTSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
CLIP3Q96DZ5 RPL8-201ENST00000262584 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
CLIP3Q96DZ5 JTB-203ENST00000368589 1216 ntTSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
CLIP3Q96DZ5 HES3-201ENST00000377898 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.5 ms