Protein–RNA interactions for Protein: Q96BD8

SKA1, Spindle and kinetochore-associated protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA1Q96BD8 ARHGEF9-204ENST00000374878 2217 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
SKA1Q96BD8 GNAS-201ENST00000265620 1866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
SKA1Q96BD8 PPT2-248ENST00000395523 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
SKA1Q96BD8 POLDIP2-201ENST00000540200 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
SKA1Q96BD8 LINC00526-201ENST00000581067 1875 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
SKA1Q96BD8 PLEKHA8-208ENST00000622102 2140 ntTSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
SKA1Q96BD8 YJEFN3-201ENST00000436027 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
SKA1Q96BD8 CA15P2-201ENST00000611168 834 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
SKA1Q96BD8 B3GALT4-204ENST00000451237 1694 ntAPPRIS P1 BASIC22.54■■□□□ 1.2
SKA1Q96BD8 SLC39A14-202ENST00000289952 2137 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
SKA1Q96BD8 CPE-201ENST00000402744 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
SKA1Q96BD8 MYCBPAP-202ENST00000419930 1640 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
SKA1Q96BD8 NHLH1-201ENST00000302101 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
SKA1Q96BD8 PPP2R3B-202ENST00000390665 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
SKA1Q96BD8 DUSP8P3-201ENST00000399571 1760 ntBASIC22.53■■□□□ 1.2
SKA1Q96BD8 TRIR-201ENST00000242784 970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
SKA1Q96BD8 ZNF843-201ENST00000315678 2137 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
SKA1Q96BD8 AC104564.3-201ENST00000582367 638 ntBASIC22.53■■□□□ 1.2
SKA1Q96BD8 CYP2A13-201ENST00000330436 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
SKA1Q96BD8 TDRKH-205ENST00000368827 2318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
SKA1Q96BD8 IQSEC3-201ENST00000382841 2701 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
SKA1Q96BD8 WDR86-201ENST00000334493 2023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
SKA1Q96BD8 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
SKA1Q96BD8 HES6-206ENST00000409574 738 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
SKA1Q96BD8 TMEM259-202ENST00000356663 2748 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
SKA1Q96BD8 GPIHBP1-201ENST00000622500 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
SKA1Q96BD8 HSD11B1L-206ENST00000423665 1525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.19
SKA1Q96BD8 C17orf82-201ENST00000623772 1530 ntBASIC22.52■■□□□ 1.19
SKA1Q96BD8 SARDH-203ENST00000371868 2266 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
SKA1Q96BD8 TMEM200B-202ENST00000521452 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
SKA1Q96BD8 HNRNPAB-201ENST00000355836 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
SKA1Q96BD8 DONSON-204ENST00000432378 1618 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
SKA1Q96BD8 C16orf72-201ENST00000327827 5953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
SKA1Q96BD8 CTAG2-202ENST00000369585 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
SKA1Q96BD8 AC068580.1-201ENST00000446489 252 ntTSL 3 BASIC22.51■■□□□ 1.19
SKA1Q96BD8 ARFIP2-205ENST00000525235 852 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
SKA1Q96BD8 NRIP3-203ENST00000531090 980 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
SKA1Q96BD8 PRSS22-203ENST00000571228 1037 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
SKA1Q96BD8 AC008764.7-201ENST00000593779 1081 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
SKA1Q96BD8 SYNGR3-206ENST00000618464 1213 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
SKA1Q96BD8 PYGO2-201ENST00000368456 1306 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
SKA1Q96BD8 CRIM1-201ENST00000280527 5912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
SKA1Q96BD8 TNFRSF10B-202ENST00000347739 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
SKA1Q96BD8 PLK5-202ENST00000454744 1930 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
SKA1Q96BD8 LRRC75A-203ENST00000470794 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SKA1Q96BD8 HACD3-205ENST00000562901 1797 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
SKA1Q96BD8 PLD4-201ENST00000392593 6515 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SKA1Q96BD8 ANKHD1-204ENST00000394722 2035 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SKA1Q96BD8 WISP2-203ENST00000372868 1600 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.5■■□□□ 1.19
SKA1Q96BD8 FAM83D-201ENST00000619304 2475 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SKA1Q96BD8 TLX3-201ENST00000296921 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SKA1Q96BD8 C14orf80-206ENST00000392527 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SKA1Q96BD8 FAIM-202ENST00000360570 1157 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC22.5■■□□□ 1.19
SKA1Q96BD8 AC007009.1-201ENST00000458624 429 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
SKA1Q96BD8 ZGPAT-201ENST00000328969 1945 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
SKA1Q96BD8 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SKA1Q96BD8 NRSN1-204ENST00000378491 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SKA1Q96BD8 TERT-206ENST00000508104 2486 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
SKA1Q96BD8 ENKD1-206ENST00000602644 1353 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
SKA1Q96BD8 LINC01116-201ENST00000295549 1407 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
SKA1Q96BD8 SRP68-201ENST00000307877 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
SKA1Q96BD8 CDIPT-207ENST00000566113 1671 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
SKA1Q96BD8 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
SKA1Q96BD8 NIPA2-203ENST00000398013 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
SKA1Q96BD8 AKT2-234ENST00000579047 2029 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
SKA1Q96BD8 STOX2-205ENST00000513034 807 ntTSL 3 BASIC22.49■■□□□ 1.19
SKA1Q96BD8 AC136469.2-201ENST00000623944 1028 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
SKA1Q96BD8 TRIM3-201ENST00000345851 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
SKA1Q96BD8 FRAT1-201ENST00000371021 2649 ntAPPRIS P1 BASIC22.49■■□□□ 1.19
SKA1Q96BD8 ASPSCR1-201ENST00000306729 2123 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
SKA1Q96BD8 ALKAL2-204ENST00000403610 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
SKA1Q96BD8 GUSBP5-202ENST00000510805 1989 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
SKA1Q96BD8 AC092068.2-201ENST00000590491 1708 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
SKA1Q96BD8 ADGRA2-202ENST00000412232 5651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
SKA1Q96BD8 ACYP2-202ENST00000394666 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
SKA1Q96BD8 MAG-206ENST00000597035 542 ntTSL 4 BASIC22.48■■□□□ 1.19
SKA1Q96BD8 MYDGF-203ENST00000599630 713 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
SKA1Q96BD8 MIR6821-201ENST00000617625 74 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
SKA1Q96BD8 AC009086.3-201ENST00000623486 1008 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
SKA1Q96BD8 WTAP-201ENST00000337387 1622 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
SKA1Q96BD8 IKBIP-202ENST00000342502 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
SKA1Q96BD8 G6PD-202ENST00000393562 2631 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
SKA1Q96BD8 G6PD-211ENST00000621232 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
SKA1Q96BD8 ODC1-201ENST00000234111 2653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
SKA1Q96BD8 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
SKA1Q96BD8 IRS3P-201ENST00000223076 1006 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
SKA1Q96BD8 PARL-206ENST00000435888 1098 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
SKA1Q96BD8 FAM222B-208ENST00000581381 556 ntTSL 4 BASIC22.47■■□□□ 1.19
SKA1Q96BD8 KEAP1-202ENST00000393623 2648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
SKA1Q96BD8 AC127496.7-201ENST00000625110 1798 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
SKA1Q96BD8 ZNF444-201ENST00000337080 2042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
SKA1Q96BD8 FAM171A2-201ENST00000293443 3160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
SKA1Q96BD8 DDN-AS1-202ENST00000547866 2114 ntTSL 3 BASIC22.46■■□□□ 1.19
SKA1Q96BD8 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
SKA1Q96BD8 LEFTY1-201ENST00000272134 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
SKA1Q96BD8 IRX4-201ENST00000231357 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
SKA1Q96BD8 TMEM235-205ENST00000586400 2272 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
SKA1Q96BD8 CRTAC1-202ENST00000370591 2348 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
SKA1Q96BD8 ATP5C1-202ENST00000356708 1163 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
SKA1Q96BD8 AC099791.1-201ENST00000416440 715 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.1 ms