Protein–RNA interactions for Protein: Q13342

SP140, Nuclear body protein SP140, humanhuman

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Length 867 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SP140Q13342 MRPS2-202ENST00000371785 1640 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.53■■□□□ 1.04
SP140Q13342 SOHLH1-201ENST00000298466 1987 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
SP140Q13342 RGS7-204ENST00000366565 2494 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
SP140Q13342 AC127496.7-201ENST00000625110 1798 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
SP140Q13342 SUMF1-202ENST00000383843 1447 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
SP140Q13342 RASSF10-201ENST00000529419 2530 ntAPPRIS P1 BASIC21.53■■□□□ 1.04
SP140Q13342 IGSF21-201ENST00000251296 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
SP140Q13342 GPSM1-204ENST00000429455 2057 ntTSL 3 BASIC21.52■■□□□ 1.04
SP140Q13342 AP006623.1-201ENST00000506172 2061 ntTSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
SP140Q13342 TMEM268-202ENST00000374049 4578 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
SP140Q13342 PRODH-203ENST00000357068 2462 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
SP140Q13342 BMP6-201ENST00000283147 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
SP140Q13342 AC133637.1-201ENST00000624115 1537 ntBASIC21.52■■□□□ 1.04
SP140Q13342 SUMF1-201ENST00000272902 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
SP140Q13342 STK19-201ENST00000375331 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
SP140Q13342 B3GALT4-204ENST00000451237 1694 ntAPPRIS P1 BASIC21.52■■□□□ 1.04
SP140Q13342 ADGRA2-202ENST00000412232 5651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
SP140Q13342 BTBD17-201ENST00000375366 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
SP140Q13342 ADD1-202ENST00000355842 4743 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
SP140Q13342 STK19-202ENST00000375333 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
SP140Q13342 CASP9-203ENST00000375890 1351 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
SP140Q13342 TANGO2-210ENST00000432883 2084 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
SP140Q13342 TBX1-203ENST00000359500 1538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
SP140Q13342 EPCAM-202ENST00000405271 1530 ntTSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
SP140Q13342 IPO9-AS1-201ENST00000413035 839 ntTSL 3 BASIC21.51■■□□□ 1.03
SP140Q13342 WDR86-AS1-204ENST00000489632 751 ntTSL 3 BASIC21.51■■□□□ 1.03
SP140Q13342 DUX4L19-201ENST00000557448 1267 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
SP140Q13342 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
SP140Q13342 LINC01960-201ENST00000563759 1884 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
SP140Q13342 CMPK2-202ENST00000404168 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
SP140Q13342 PGF-206ENST00000555567 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
SP140Q13342 MAF-202ENST00000393350 6384 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
SP140Q13342 MESP2-201ENST00000341735 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
SP140Q13342 AC073934.1-201ENST00000490314 495 ntTSL 4 BASIC21.5■■□□□ 1.03
SP140Q13342 MIR3181-201ENST00000578512 73 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
SP140Q13342 AC091982.4-201ENST00000623943 726 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
SP140Q13342 PPT2-248ENST00000395523 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
SP140Q13342 DONSON-210ENST00000453626 2332 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
SP140Q13342 TMEM159-201ENST00000233047 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
SP140Q13342 PLPP1-201ENST00000264775 1550 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
SP140Q13342 FAM43A-201ENST00000329759 2494 ntAPPRIS P1 BASIC21.49■■□□□ 1.03
SP140Q13342 H2AFY2-201ENST00000373255 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
SP140Q13342 CNN3-201ENST00000370206 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
SP140Q13342 CLTB-201ENST00000310418 1215 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
SP140Q13342 CLTB-202ENST00000345807 1161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
SP140Q13342 TNFRSF6B-201ENST00000369996 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
SP140Q13342 VAMP2-204ENST00000488857 874 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC21.49■■□□□ 1.03
SP140Q13342 AC010336.5-201ENST00000594308 317 ntTSL 3 BASIC21.49■■□□□ 1.03
SP140Q13342 AL138724.1-201ENST00000606771 1088 ntBASIC21.49■■□□□ 1.03
SP140Q13342 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC21.49■■□□□ 1.03
SP140Q13342 RHCE-204ENST00000349320 1810 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
SP140Q13342 ARL2-SNX15-201ENST00000301886 2392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
SP140Q13342 SLC19A1-209ENST00000485649 1896 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
SP140Q13342 HAUS7-202ENST00000370211 1363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
SP140Q13342 HTRA2-201ENST00000258080 2370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
SP140Q13342 SMARCD2-201ENST00000225742 1800 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
SP140Q13342 TIMM50-201ENST00000314349 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
SP140Q13342 MYCBPAP-202ENST00000419930 1640 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
SP140Q13342 C1QL3-201ENST00000298943 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
SP140Q13342 SHMT1-203ENST00000354098 1656 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
SP140Q13342 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
SP140Q13342 AL117328.2-201ENST00000624617 1940 ntBASIC21.48■■□□□ 1.03
SP140Q13342 AC087742.1-201ENST00000575880 1738 ntBASIC21.48■■□□□ 1.03
SP140Q13342 PLEKHJ1-206ENST00000587962 1311 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
SP140Q13342 BEST2-204ENST00000553030 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
SP140Q13342 KAT5-201ENST00000341318 2296 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
SP140Q13342 GADD45GIP1-201ENST00000316939 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
SP140Q13342 UBE2J2-203ENST00000360466 1047 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
SP140Q13342 KRTAP5-4-201ENST00000399682 1181 ntAPPRIS P5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
SP140Q13342 MAST4-206ENST00000406374 1066 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
SP140Q13342 PTCHD3P2-201ENST00000424937 1205 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
SP140Q13342 AC007009.1-201ENST00000458624 429 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
SP140Q13342 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
SP140Q13342 NIPSNAP1-201ENST00000216121 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
SP140Q13342 GUSBP5-202ENST00000510805 1989 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
SP140Q13342 DPH1-203ENST00000570477 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
SP140Q13342 ABHD16B-201ENST00000369916 1491 ntAPPRIS P1 BASIC21.46■■□□□ 1.03
SP140Q13342 KLC3-204ENST00000585434 1764 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
SP140Q13342 HAS1-202ENST00000540069 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
SP140Q13342 DPEP2-204ENST00000572888 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
SP140Q13342 PPP2R3B-202ENST00000390665 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
SP140Q13342 KLF3-203ENST00000514033 1871 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
SP140Q13342 DENND5A-201ENST00000328194 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
SP140Q13342 SYT6-210ENST00000641643 1587 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
SP140Q13342 BMP2K-204ENST00000502871 3195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
SP140Q13342 AL136116.3-201ENST00000402907 1138 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
SP140Q13342 SF1-220ENST00000626028 704 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
SP140Q13342 Z98883.1-202ENST00000635107 1289 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
SP140Q13342 MAPKAPK5-AS1-201ENST00000428207 2290 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
SP140Q13342 TTC9-201ENST00000256367 5217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
SP140Q13342 SYF2-201ENST00000236273 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
SP140Q13342 ASB6-201ENST00000277458 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
SP140Q13342 DPH7-201ENST00000277540 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.03
SP140Q13342 NHLH1-201ENST00000302101 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.03
SP140Q13342 IRF3-207ENST00000593922 1494 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.03
SP140Q13342 TOX2-201ENST00000341197 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
SP140Q13342 CCM2-206ENST00000474617 1532 ntTSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
SP140Q13342 IGFBP1-201ENST00000275525 1653 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
SP140Q13342 MYD88-205ENST00000424893 1279 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
SP140Q13342 AL445237.1-202ENST00000604581 425 ntTSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
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