Protein–RNA interactions for Protein: P53420

COL4A4, Collagen alpha-4(IV) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,690 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A4P53420 DCAF4-206ENST00000509153 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
COL4A4P53420 AL117348.2-201ENST00000432920 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
COL4A4P53420 AURKAIP1-204ENST00000378853 875 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.42
COL4A4P53420 BID-214ENST00000617586 542 ntTSL 5 BASIC23.89■■□□□ 1.42
COL4A4P53420 ARFIP2-202ENST00000396777 1868 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.42
COL4A4P53420 NRL-202ENST00000396997 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
COL4A4P53420 SHD-204ENST00000599689 1729 ntTSL 5 BASIC23.89■■□□□ 1.41
COL4A4P53420 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC23.89■■□□□ 1.41
COL4A4P53420 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.41
COL4A4P53420 TPSG1-201ENST00000234798 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
COL4A4P53420 JSRP1-201ENST00000300961 1138 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.41
COL4A4P53420 CLYBL-202ENST00000376354 1127 ntTSL 5 BASIC23.89■■□□□ 1.41
COL4A4P53420 ZFAS1-206ENST00000450535 1075 ntTSL 3 BASIC23.89■■□□□ 1.41
COL4A4P53420 TMEM182-210ENST00000639249 1025 ntTSL 5 BASIC23.89■■□□□ 1.41
COL4A4P53420 AC066615.1-201ENST00000640911 628 ntBASIC23.89■■□□□ 1.41
COL4A4P53420 SPG21-202ENST00000416889 1533 ntTSL 2 BASIC23.88■■□□□ 1.41
COL4A4P53420 EI24-213ENST00000618552 1747 ntTSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
COL4A4P53420 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.88■■□□□ 1.41
COL4A4P53420 MAP2K4P1-201ENST00000438453 1195 ntBASIC23.88■■□□□ 1.41
COL4A4P53420 LRRC75A-AS1-202ENST00000470491 1057 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
COL4A4P53420 MLF2-206ENST00000539187 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
COL4A4P53420 AL499627.2-201ENST00000606283 725 ntBASIC23.88■■□□□ 1.41
COL4A4P53420 CD24-202ENST00000610952 802 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.88■■□□□ 1.41
COL4A4P53420 WT1-AS_3.1-201ENST00000613262 234 ntBASIC23.88■■□□□ 1.41
COL4A4P53420 ADA-201ENST00000372874 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
COL4A4P53420 SHMT1-203ENST00000354098 1656 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
COL4A4P53420 HOMER2-201ENST00000304231 1990 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
COL4A4P53420 TMED2-201ENST00000262225 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
COL4A4P53420 ADIPOR1-201ENST00000340990 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
COL4A4P53420 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
COL4A4P53420 RAB28-208ENST00000630951 1679 ntTSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
COL4A4P53420 AC064853.3-201ENST00000641801 1658 ntAPPRIS P1 BASIC23.87■■□□□ 1.41
COL4A4P53420 YIF1B-202ENST00000337679 1257 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
COL4A4P53420 R3HDM4-201ENST00000361574 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
COL4A4P53420 ACAD8-202ENST00000374752 1797 ntTSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
COL4A4P53420 MPST-205ENST00000404802 1453 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.87■■□□□ 1.41
COL4A4P53420 HTATIP2-201ENST00000419348 1477 ntTSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
COL4A4P53420 HEXDC-202ENST00000337014 2285 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
COL4A4P53420 TMEM263-203ENST00000547242 811 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
COL4A4P53420 AC004812.2-201ENST00000611079 2094 ntBASIC23.86■■□□□ 1.41
COL4A4P53420 ZNF767P-202ENST00000472212 2100 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
COL4A4P53420 HMGA2-205ENST00000425208 1444 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
COL4A4P53420 AC004854.2-201ENST00000608450 1441 ntBASIC23.86■■□□□ 1.41
COL4A4P53420 TADA2B-204ENST00000512388 1343 ntTSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
COL4A4P53420 MDK-204ENST00000395569 686 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
COL4A4P53420 APTR-205ENST00000447009 902 ntTSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
COL4A4P53420 AC105233.4-201ENST00000642045 216 ntBASIC23.86■■□□□ 1.41
COL4A4P53420 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
COL4A4P53420 SCAMP3-202ENST00000355379 1537 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
COL4A4P53420 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
COL4A4P53420 MT3-201ENST00000200691 569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
COL4A4P53420 UBE2C-203ENST00000352551 665 ntTSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
COL4A4P53420 CCDC115-202ENST00000409127 1247 ntTSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
COL4A4P53420 ATP6V0E2-204ENST00000464662 513 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
COL4A4P53420 LINC02091-201ENST00000576171 1185 ntTSL 5 BASIC23.85■■□□□ 1.41
COL4A4P53420 SCUBE1-208ENST00000615096 1119 ntTSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
COL4A4P53420 POU5F1-209ENST00000638788 369 ntTSL 5 BASIC23.85■■□□□ 1.41
COL4A4P53420 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
COL4A4P53420 ZNF205-201ENST00000219091 1947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
COL4A4P53420 UROS-204ENST00000368797 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
COL4A4P53420 PRMT5-213ENST00000553897 1857 ntTSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
COL4A4P53420 AF117829.1-207ENST00000504145 1572 ntTSL 3 BASIC23.84■■□□□ 1.41
COL4A4P53420 NDUFV2-201ENST00000318388 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
COL4A4P53420 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
COL4A4P53420 MFF-208ENST00000409616 1247 ntTSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
COL4A4P53420 C12orf75-205ENST00000549893 719 ntTSL 3 BASIC23.84■■□□□ 1.41
COL4A4P53420 GABARAPL2-205ENST00000568455 646 ntTSL 3 BASIC23.84■■□□□ 1.41
COL4A4P53420 GGTA1P-203ENST00000481799 1487 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
COL4A4P53420 PSIP1-202ENST00000380716 1889 ntTSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
COL4A4P53420 ARL6IP4-204ENST00000392435 1339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
COL4A4P53420 ZNF451-202ENST00000370702 458 ntTSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
COL4A4P53420 NCF1B-203ENST00000435988 1254 ntBASIC23.83■■□□□ 1.41
COL4A4P53420 CAPNS1-207ENST00000589146 578 ntTSL 3 BASIC23.83■■□□□ 1.41
COL4A4P53420 RNF114-202ENST00000622920 1284 ntTSL 5 BASIC23.83■■□□□ 1.41
COL4A4P53420 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
COL4A4P53420 ALDH1A3-203ENST00000557963 1670 ntBASIC23.83■■□□□ 1.4
COL4A4P53420 PIGP-203ENST00000399098 972 ntTSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.4
COL4A4P53420 B3GNT4-201ENST00000324189 1642 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
COL4A4P53420 HNF4A-205ENST00000443598 1603 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
COL4A4P53420 SOHLH1-201ENST00000298466 1987 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
COL4A4P53420 CCDC85B-201ENST00000312579 1524 ntAPPRIS P1 BASIC23.82■■□□□ 1.4
COL4A4P53420 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC23.82■■□□□ 1.4
COL4A4P53420 AP004607.4-201ENST00000530158 1459 ntBASIC23.82■■□□□ 1.4
COL4A4P53420 TUBG1-201ENST00000251413 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
COL4A4P53420 COX20-201ENST00000366528 568 ntTSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
COL4A4P53420 ITGA9-AS1-210ENST00000457661 738 ntTSL 4 BASIC23.82■■□□□ 1.4
COL4A4P53420 GAMT-205ENST00000640762 751 ntTSL 5 BASIC23.82■■□□□ 1.4
COL4A4P53420 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
COL4A4P53420 SH3RF3-AS1-201ENST00000567491 1604 ntBASIC23.81■■□□□ 1.4
COL4A4P53420 SPPL2B-211ENST00000614794 1559 ntTSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
COL4A4P53420 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
COL4A4P53420 NUDT18-201ENST00000611621 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
COL4A4P53420 MLLT10-204ENST00000377091 905 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
COL4A4P53420 HSD11B2-201ENST00000326152 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
COL4A4P53420 SLC25A39-201ENST00000225308 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
COL4A4P53420 SETD9-211ENST00000628593 1306 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
COL4A4P53420 ARIH2OS-201ENST00000408959 1598 ntAPPRIS P1 BASIC23.8■■□□□ 1.4
COL4A4P53420 KLC3-202ENST00000470402 1820 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
COL4A4P53420 PTX3-201ENST00000295927 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
COL4A4P53420 STK19-201ENST00000375331 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 70.5 ms