Protein–RNA interactions for Protein: P0DPA3

SNHG28, Putative uncharacterized protein SNHG28, humanhuman

Predictions only

Length 235 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SNHG28P0DPA3 PPP1R12B-202ENST00000356764 1687 ntTSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
SNHG28P0DPA3 SPAG7-205ENST00000573366 1668 ntTSL 3 BASIC25.61■■□□□ 1.69
SNHG28P0DPA3 SETD9-211ENST00000628593 1306 ntTSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
SNHG28P0DPA3 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.6■■□□□ 1.69
SNHG28P0DPA3 HTATIP2-204ENST00000451739 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
SNHG28P0DPA3 DENND2D-202ENST00000369752 1894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
SNHG28P0DPA3 FOXB2-201ENST00000376708 1299 ntAPPRIS P1 BASIC25.6■■□□□ 1.69
SNHG28P0DPA3 AC010203.1-202ENST00000550096 695 ntTSL 3 BASIC25.6■■□□□ 1.69
SNHG28P0DPA3 KDELR1-203ENST00000597017 1594 ntTSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
SNHG28P0DPA3 IGF2-AS-201ENST00000381361 2063 ntTSL 2 BASIC25.59■■□□□ 1.69
SNHG28P0DPA3 EI24-211ENST00000534546 1544 ntTSL 2 BASIC25.59■■□□□ 1.69
SNHG28P0DPA3 SMAD1-201ENST00000302085 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
SNHG28P0DPA3 GLTPD2-201ENST00000331264 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
SNHG28P0DPA3 AL138963.3-201ENST00000610057 588 ntTSL 4 BASIC25.59■■□□□ 1.69
SNHG28P0DPA3 SLC22A17-201ENST00000206544 2284 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
SNHG28P0DPA3 MIS18A-201ENST00000290130 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
SNHG28P0DPA3 SLC19A1-212ENST00000567670 2029 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
SNHG28P0DPA3 SCN1B-206ENST00000638536 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
SNHG28P0DPA3 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
SNHG28P0DPA3 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
SNHG28P0DPA3 EPCAM-202ENST00000405271 1530 ntTSL 5 BASIC25.58■■□□□ 1.69
SNHG28P0DPA3 PICK1-202ENST00000404072 2164 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.58■■□□□ 1.69
SNHG28P0DPA3 ARRDC1-AS1-201ENST00000371417 1409 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
SNHG28P0DPA3 AP2S1-201ENST00000263270 935 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
SNHG28P0DPA3 CEP104-201ENST00000378223 1121 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
SNHG28P0DPA3 PPM1N-207ENST00000451287 1293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.58■■□□□ 1.69
SNHG28P0DPA3 OTUB1-212ENST00000543988 1259 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
SNHG28P0DPA3 AC068587.7-201ENST00000641602 218 ntBASIC25.58■■□□□ 1.69
SNHG28P0DPA3 TRIM14-202ENST00000342043 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
SNHG28P0DPA3 MRPL37-202ENST00000360840 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
SNHG28P0DPA3 UBALD1-208ENST00000591401 1305 ntTSL 5 BASIC25.58■■□□□ 1.69
SNHG28P0DPA3 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.68
SNHG28P0DPA3 DAZAP1-201ENST00000233078 2160 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.68
SNHG28P0DPA3 BBC3-202ENST00000341983 1538 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.68
SNHG28P0DPA3 CASP9-203ENST00000375890 1351 ntTSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
SNHG28P0DPA3 ALKAL2-204ENST00000403610 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
SNHG28P0DPA3 NABP2-202ENST00000341463 1411 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.57■■□□□ 1.68
SNHG28P0DPA3 FAIM-201ENST00000338446 1622 ntTSL 5 BASIC25.57■■□□□ 1.68
SNHG28P0DPA3 YIF1B-202ENST00000337679 1257 ntTSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
SNHG28P0DPA3 PRDX4-202ENST00000379341 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
SNHG28P0DPA3 ZFYVE28-207ENST00000509171 1135 ntTSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
SNHG28P0DPA3 AC010999.2-201ENST00000621974 596 ntTSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
SNHG28P0DPA3 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
SNHG28P0DPA3 MSANTD3-207ENST00000622639 1748 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.57■■□□□ 1.68
SNHG28P0DPA3 PCYT2-201ENST00000331285 2147 ntTSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
SNHG28P0DPA3 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
SNHG28P0DPA3 PLEKHF1-204ENST00000592810 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
SNHG28P0DPA3 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
SNHG28P0DPA3 LDB1-201ENST00000361198 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
SNHG28P0DPA3 ANKRD53-204ENST00000457410 1671 ntTSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
SNHG28P0DPA3 FAIM-202ENST00000360570 1157 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC25.56■■□□□ 1.68
SNHG28P0DPA3 LINC01167-201ENST00000423232 604 ntTSL 3 BASIC25.56■■□□□ 1.68
SNHG28P0DPA3 JARID2-AS1-201ENST00000441978 455 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
SNHG28P0DPA3 MIR6821-201ENST00000617625 74 ntBASIC25.56■■□□□ 1.68
SNHG28P0DPA3 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
SNHG28P0DPA3 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
SNHG28P0DPA3 CDIPT-210ENST00000570016 1346 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
SNHG28P0DPA3 VGLL2-201ENST00000326274 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
SNHG28P0DPA3 C1orf122-202ENST00000373043 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
SNHG28P0DPA3 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC25.56■■□□□ 1.68
SNHG28P0DPA3 CDYL-203ENST00000397588 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
SNHG28P0DPA3 FAM120B-204ENST00000625626 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
SNHG28P0DPA3 PHPT1-201ENST00000247665 890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
SNHG28P0DPA3 AC097381.1-201ENST00000429019 1296 ntBASIC25.55■■□□□ 1.68
SNHG28P0DPA3 AC061979.1-201ENST00000532061 434 ntTSL 5 BASIC25.55■■□□□ 1.68
SNHG28P0DPA3 TUNAR-203ENST00000554321 767 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC25.55■■□□□ 1.68
SNHG28P0DPA3 STX4-201ENST00000313843 1481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
SNHG28P0DPA3 AC009506.1-201ENST00000418474 1494 ntTSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
SNHG28P0DPA3 DDN-AS1-202ENST00000547866 2114 ntTSL 3 BASIC25.54■■□□□ 1.68
SNHG28P0DPA3 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC25.54■■□□□ 1.68
SNHG28P0DPA3 EIF6-201ENST00000374436 1252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
SNHG28P0DPA3 NINJ1-201ENST00000375446 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
SNHG28P0DPA3 HES6-202ENST00000409002 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
SNHG28P0DPA3 SSPN-204ENST00000535504 419 ntTSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
SNHG28P0DPA3 ORAI3-202ENST00000562699 628 ntTSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
SNHG28P0DPA3 AC005775.1-201ENST00000592413 850 ntTSL 5 BASIC25.54■■□□□ 1.68
SNHG28P0DPA3 C21orf2-203ENST00000397956 1634 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
SNHG28P0DPA3 ZNF517-207ENST00000531720 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
SNHG28P0DPA3 LINC00454-202ENST00000430978 1327 ntTSL 5 BASIC25.54■■□□□ 1.68
SNHG28P0DPA3 IGFBP1-201ENST00000275525 1653 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
SNHG28P0DPA3 ZFAND4-205ENST00000374371 2283 ntTSL 5 BASIC25.53■■□□□ 1.68
SNHG28P0DPA3 AC233992.2-201ENST00000531225 1596 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
SNHG28P0DPA3 AK1-201ENST00000223836 736 ntTSL 3 BASIC25.53■■□□□ 1.68
SNHG28P0DPA3 FAM222B-213ENST00000583522 556 ntTSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
SNHG28P0DPA3 RCN2-201ENST00000320963 1750 ntTSL 5 BASIC25.53■■□□□ 1.68
SNHG28P0DPA3 CNTD2-202ENST00000430325 1817 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
SNHG28P0DPA3 CCDC151-203ENST00000591179 1943 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
SNHG28P0DPA3 SLC25A39-201ENST00000225308 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
SNHG28P0DPA3 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
SNHG28P0DPA3 CCDC28B-201ENST00000373602 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
SNHG28P0DPA3 LHPP-203ENST00000392757 840 ntTSL 3 BASIC25.52■■□□□ 1.68
SNHG28P0DPA3 POLR2F-203ENST00000407936 582 ntTSL 3 BASIC25.52■■□□□ 1.68
SNHG28P0DPA3 POLR2H-204ENST00000438240 994 ntTSL 3 BASIC25.52■■□□□ 1.68
SNHG28P0DPA3 POLR2F-207ENST00000460648 518 ntTSL 4 BASIC25.52■■□□□ 1.68
SNHG28P0DPA3 FAM222B-208ENST00000581381 556 ntTSL 4 BASIC25.52■■□□□ 1.68
SNHG28P0DPA3 AL358852.1-201ENST00000623174 1268 ntBASIC25.52■■□□□ 1.68
SNHG28P0DPA3 B4GAT1-201ENST00000311181 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
SNHG28P0DPA3 GIT1-210ENST00000579937 2798 ntTSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
SNHG28P0DPA3 CEBPD-201ENST00000408965 2178 ntAPPRIS P1 BASIC25.52■■□□□ 1.68
SNHG28P0DPA3 NDUFAF1-201ENST00000260361 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.3 ms