Protein–RNA interactions for Protein: P28370

SMARCA1, Probable global transcription activator SNF2L1, humanhuman

Predictions only

Length 1,054 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCA1P28370 LINC00656-201ENST00000443744 1896 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
SMARCA1P28370 SCARA5-202ENST00000380385 2934 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
SMARCA1P28370 EPHA2-201ENST00000358432 3964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
SMARCA1P28370 KDR-201ENST00000263923 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
SMARCA1P28370 SPIN3-204ENST00000638257 4835 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
SMARCA1P28370 KLF4-206ENST00000610832 1956 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
SMARCA1P28370 CNBP-207ENST00000502976 1626 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
SMARCA1P28370 MORC4-202ENST00000355610 3834 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
SMARCA1P28370 S100A6-202ENST00000368720 673 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
SMARCA1P28370 CTNNBIP1-201ENST00000377256 451 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
SMARCA1P28370 PLAC9P1-201ENST00000397540 389 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
SMARCA1P28370 COLEC11-204ENST00000402794 1134 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
SMARCA1P28370 SUMO1-206ENST00000409368 1187 ntTSL 4 BASIC15.08■□□□□ 0
SMARCA1P28370 AP001331.1-201ENST00000413008 1015 ntBASIC15.08■□□□□ 0
SMARCA1P28370 AC027612.2-201ENST00000436174 1145 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
SMARCA1P28370 AC009312.1-201ENST00000457110 592 ntTSL 4 BASIC15.08■□□□□ 0
SMARCA1P28370 RPS18P9-201ENST00000482817 460 ntBASIC15.08■□□□□ 0
SMARCA1P28370 MIR2278-201ENST00000516344 96 ntBASIC15.08■□□□□ 0
SMARCA1P28370 IGLVI-63-201ENST00000524184 384 ntBASIC15.08■□□□□ 0
SMARCA1P28370 AP003108.1-201ENST00000534856 554 ntTSL 4 BASIC15.08■□□□□ 0
SMARCA1P28370 AC063924.1-201ENST00000546680 673 ntBASIC15.08■□□□□ 0
SMARCA1P28370 IFI27L1-209ENST00000555523 680 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
SMARCA1P28370 NAV1-210ENST00000593583 726 ntBASIC15.08■□□□□ 0
SMARCA1P28370 AC245595.2-201ENST00000620141 1144 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
SMARCA1P28370 LINC00969-257ENST00000625632 898 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
SMARCA1P28370 MEFV-201ENST00000219596 3499 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
SMARCA1P28370 STK24-201ENST00000376547 2492 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
SMARCA1P28370 LINC01833-203ENST00000437916 2880 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
SMARCA1P28370 NECTIN1-203ENST00000341398 1377 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
SMARCA1P28370 HLA-DMB-258ENST00000418107 1397 ntAPPRIS P1 BASIC15.08■□□□□ 0
SMARCA1P28370 ACIN1-201ENST00000262710 4935 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
SMARCA1P28370 SERPIND1-202ENST00000406799 1798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
SMARCA1P28370 USP2-AS1-202ENST00000500970 1784 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
SMARCA1P28370 RIPOR1-204ENST00000428437 4152 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
SMARCA1P28370 DSN1-203ENST00000373750 2233 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
SMARCA1P28370 HK3-201ENST00000292432 3066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
SMARCA1P28370 LINC01750-202ENST00000438293 3068 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
SMARCA1P28370 FBXL19-201ENST00000338343 3965 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
SMARCA1P28370 GTF2IRD2B-203ENST00000472837 3560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
SMARCA1P28370 PROP1-201ENST00000308304 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
SMARCA1P28370 CYP20A1-201ENST00000356079 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
SMARCA1P28370 CYFIP2-222ENST00000620254 4124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
SMARCA1P28370 FMO1-203ENST00000402921 2003 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
SMARCA1P28370 IL12RB1-207ENST00000600835 2901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
SMARCA1P28370 PPIP5K1-209ENST00000420765 5718 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
SMARCA1P28370 MYO9A-202ENST00000424560 4008 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
SMARCA1P28370 ENTPD3-203ENST00000445129 1658 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
SMARCA1P28370 IP6K2-221ENST00000449610 1673 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
SMARCA1P28370 RAB40A-202ENST00000372633 3126 ntAPPRIS P1 BASIC15.07■□□□□ 0
SMARCA1P28370 PDE1B-203ENST00000538346 1711 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
SMARCA1P28370 ZNF384-201ENST00000319770 3266 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
SMARCA1P28370 RNF181-201ENST00000306368 569 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
SMARCA1P28370 VSTM1-202ENST00000366170 654 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
SMARCA1P28370 SLC25A6P1-201ENST00000412123 775 ntBASIC15.07■□□□□ 0
SMARCA1P28370 RIBC1-203ENST00000414955 1281 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
SMARCA1P28370 LINC00483-202ENST00000419688 558 ntTSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
SMARCA1P28370 AC098649.1-201ENST00000427258 569 ntTSL 4 BASIC15.07■□□□□ 0
SMARCA1P28370 DEPDC1-AS1-201ENST00000428732 1247 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
SMARCA1P28370 AC002451.1-202ENST00000432265 771 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
SMARCA1P28370 CDCA4P4-201ENST00000435216 680 ntBASIC15.07■□□□□ 0
SMARCA1P28370 RNF181-203ENST00000441634 844 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
SMARCA1P28370 AC025822.1-201ENST00000455525 633 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
SMARCA1P28370 PRKRIP1-202ENST00000462601 884 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
SMARCA1P28370 GYG1-209ENST00000483267 801 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
SMARCA1P28370 H1FOO-202ENST00000503977 881 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
SMARCA1P28370 AP003170.2-201ENST00000544730 786 ntBASIC15.07■□□□□ 0
SMARCA1P28370 LINC02328-202ENST00000554647 522 ntTSL 4 BASIC15.07■□□□□ 0
SMARCA1P28370 AL139099.3-201ENST00000556657 401 ntTSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
SMARCA1P28370 AC105133.1-201ENST00000559749 742 ntTSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
SMARCA1P28370 AC120498.7-201ENST00000562876 330 ntBASIC15.07■□□□□ 0
SMARCA1P28370 RN7SL596P-201ENST00000582123 288 ntBASIC15.07■□□□□ 0
SMARCA1P28370 AC093503.1-201ENST00000593888 495 ntTSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
SMARCA1P28370 UBA52-214ENST00000599595 692 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
SMARCA1P28370 PRR20FP-201ENST00000603320 180 ntBASIC15.07■□□□□ 0
SMARCA1P28370 METAP1D-201ENST00000315796 3419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
SMARCA1P28370 RNH1-224ENST00000534797 2973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
SMARCA1P28370 AL031719.1-201ENST00000623365 2587 ntBASIC15.07■□□□□ 0
SMARCA1P28370 MYADM-203ENST00000391769 3186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
SMARCA1P28370 KARS-201ENST00000302445 2005 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
SMARCA1P28370 NEFH-201ENST00000310624 3783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
SMARCA1P28370 TTC38-201ENST00000381031 2610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
SMARCA1P28370 TGM3-201ENST00000381458 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
SMARCA1P28370 SCRN1-207ENST00000434476 1454 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
SMARCA1P28370 TRIP12-205ENST00000409677 1507 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
SMARCA1P28370 RPS6KA2-204ENST00000481261 2297 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
SMARCA1P28370 SPATA7-217ENST00000556553 2301 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
SMARCA1P28370 DNM2-204ENST00000408974 3013 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
SMARCA1P28370 AKAP12-204ENST00000402676 8432 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
SMARCA1P28370 AC067852.6-201ENST00000591237 1736 ntBASIC15.06■□□□□ 0
SMARCA1P28370 USP5-201ENST00000229268 3181 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
SMARCA1P28370 SNRPN-205ENST00000400100 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
SMARCA1P28370 AP002986.1-201ENST00000602376 1763 ntTSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
SMARCA1P28370 TBC1D8B-202ENST00000310452 2589 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
SMARCA1P28370 SCNN1B-202ENST00000343070 2597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
SMARCA1P28370 BCL2L1-203ENST00000376062 2578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
SMARCA1P28370 HSD17B4-201ENST00000256216 2683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
SMARCA1P28370 PJA1-203ENST00000374583 2692 ntAPPRIS P4 BASIC15.06■□□□□ 0
SMARCA1P28370 CDC25C-202ENST00000348983 1951 ntTSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
SMARCA1P28370 IKZF1-205ENST00000357364 5925 ntTSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
SMARCA1P28370 TBC1D3I-201ENST00000616671 1982 ntTSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 73 ms