Protein–RNA interactions for Protein: Q9NTJ3

SMC4, Structural maintenance of chromosomes protein 4, humanhuman

Predictions only

Length 1,288 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMC4Q9NTJ3 BTBD17-201ENST00000375366 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
SMC4Q9NTJ3 PSPH-201ENST00000275605 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
SMC4Q9NTJ3 HSF1-201ENST00000400780 2105 ntTSL 5 BASIC28.44■■■□□ 2.14
SMC4Q9NTJ3 AC010336.5-201ENST00000594308 317 ntTSL 3 BASIC28.44■■■□□ 2.14
SMC4Q9NTJ3 AC093762.1-201ENST00000641981 837 ntAPPRIS P1 BASIC28.44■■■□□ 2.14
SMC4Q9NTJ3 SH3YL1-201ENST00000356150 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
SMC4Q9NTJ3 NR2F1-AS1-210ENST00000606739 1431 ntTSL 2 BASIC28.43■■■□□ 2.14
SMC4Q9NTJ3 RASSF10-201ENST00000529419 2530 ntAPPRIS P1 BASIC28.43■■■□□ 2.14
SMC4Q9NTJ3 PICK1-202ENST00000404072 2164 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.43■■■□□ 2.14
SMC4Q9NTJ3 ATP5G2-201ENST00000338662 1792 ntTSL 2 BASIC28.43■■■□□ 2.14
SMC4Q9NTJ3 CLYBL-202ENST00000376354 1127 ntTSL 5 BASIC28.43■■■□□ 2.14
SMC4Q9NTJ3 NKX2-5-202ENST00000424406 1124 ntTSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
SMC4Q9NTJ3 ARFIP2-205ENST00000525235 852 ntTSL 2 BASIC28.43■■■□□ 2.14
SMC4Q9NTJ3 KCNIP1-201ENST00000328939 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
SMC4Q9NTJ3 RBM42-203ENST00000588161 1609 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
SMC4Q9NTJ3 UBA5-208ENST00000473651 1513 ntTSL 5 BASIC28.43■■■□□ 2.14
SMC4Q9NTJ3 NUDT18-201ENST00000611621 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
SMC4Q9NTJ3 PIKFYVE-203ENST00000392202 2039 ntTSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
SMC4Q9NTJ3 POLD2-218ENST00000610533 1619 ntTSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
SMC4Q9NTJ3 SDC3-202ENST00000339394 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
SMC4Q9NTJ3 WDR86-208ENST00000628331 1905 ntTSL 5 BASIC28.41■■■□□ 2.14
SMC4Q9NTJ3 MYCBPAP-202ENST00000419930 1640 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
SMC4Q9NTJ3 CCDC7-201ENST00000277657 1899 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
SMC4Q9NTJ3 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
SMC4Q9NTJ3 KRTAP5-4-201ENST00000399682 1181 ntAPPRIS P5 BASIC28.41■■■□□ 2.14
SMC4Q9NTJ3 MIR3181-201ENST00000578512 73 ntBASIC28.41■■■□□ 2.14
SMC4Q9NTJ3 AC012676.1-201ENST00000574705 1949 ntBASIC28.41■■■□□ 2.14
SMC4Q9NTJ3 HSD11B1L-217ENST00000581521 1884 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.4■■■□□ 2.14
SMC4Q9NTJ3 ZDHHC16-203ENST00000353979 1647 ntTSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
SMC4Q9NTJ3 H1FX-201ENST00000333762 1507 ntAPPRIS P1 BASIC28.4■■■□□ 2.14
SMC4Q9NTJ3 PTGES2-202ENST00000338961 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
SMC4Q9NTJ3 AP002761.3-201ENST00000546324 1695 ntTSL 2 BASIC28.4■■■□□ 2.14
SMC4Q9NTJ3 WDR86-AS1-204ENST00000489632 751 ntTSL 3 BASIC28.4■■■□□ 2.14
SMC4Q9NTJ3 AC092171.4-201ENST00000609130 632 ntBASIC28.4■■■□□ 2.14
SMC4Q9NTJ3 SCUBE1-208ENST00000615096 1119 ntTSL 2 BASIC28.4■■■□□ 2.14
SMC4Q9NTJ3 KRTAP5-4-202ENST00000616115 660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.4■■■□□ 2.14
SMC4Q9NTJ3 THOC6-202ENST00000326266 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
SMC4Q9NTJ3 CFP-202ENST00000377005 1435 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
SMC4Q9NTJ3 HSPBP1-206ENST00000587922 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
SMC4Q9NTJ3 SCAND1-202ENST00000373991 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
SMC4Q9NTJ3 NKIRAS2-204ENST00000393880 1644 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.4■■■□□ 2.14
SMC4Q9NTJ3 CACNB1-203ENST00000394310 1753 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
SMC4Q9NTJ3 AC008406.3-201ENST00000620001 1374 ntBASIC28.39■■■□□ 2.14
SMC4Q9NTJ3 DDN-AS1-202ENST00000547866 2114 ntTSL 3 BASIC28.39■■■□□ 2.14
SMC4Q9NTJ3 RAP2A-201ENST00000245304 5487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
SMC4Q9NTJ3 PRICKLE4-201ENST00000394259 939 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.39■■■□□ 2.14
SMC4Q9NTJ3 MAST4-205ENST00000406039 717 ntTSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
SMC4Q9NTJ3 FOXP4-203ENST00000373060 5948 ntTSL 5 BASIC28.39■■■□□ 2.13
SMC4Q9NTJ3 FOXP4-204ENST00000373063 5910 ntTSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.13
SMC4Q9NTJ3 EEF1D-201ENST00000317198 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.39■■■□□ 2.13
SMC4Q9NTJ3 SYF2-201ENST00000236273 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.13
SMC4Q9NTJ3 TBX1-203ENST00000359500 1538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
SMC4Q9NTJ3 AC096677.1-201ENST00000454651 1516 ntTSL 2 BASIC28.38■■■□□ 2.13
SMC4Q9NTJ3 HOXB7-201ENST00000239165 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
SMC4Q9NTJ3 HTRA2-201ENST00000258080 2370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
SMC4Q9NTJ3 POLR2J2-202ENST00000358438 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
SMC4Q9NTJ3 PTCHD3P2-201ENST00000424937 1205 ntBASIC28.38■■■□□ 2.13
SMC4Q9NTJ3 SERTAD4-AS1-202ENST00000475406 591 ntTSL 2 BASIC28.38■■■□□ 2.13
SMC4Q9NTJ3 CCDC166-201ENST00000542437 1320 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.38■■■□□ 2.13
SMC4Q9NTJ3 AC133637.1-201ENST00000624115 1537 ntBASIC28.38■■■□□ 2.13
SMC4Q9NTJ3 SLC35F4-206ENST00000556826 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.37■■■□□ 2.13
SMC4Q9NTJ3 YY1AP1-212ENST00000404643 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
SMC4Q9NTJ3 C7orf25-203ENST00000431882 1645 ntTSL 2 BASIC28.37■■■□□ 2.13
SMC4Q9NTJ3 NDUFV2-201ENST00000318388 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
SMC4Q9NTJ3 SERBP1P1-201ENST00000396021 1160 ntBASIC28.37■■■□□ 2.13
SMC4Q9NTJ3 YJEFN3-201ENST00000436027 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
SMC4Q9NTJ3 VAMP2-204ENST00000488857 874 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC28.37■■■□□ 2.13
SMC4Q9NTJ3 TGIF1-206ENST00000405385 1689 ntTSL 2 BASIC28.37■■■□□ 2.13
SMC4Q9NTJ3 AP006623.1-201ENST00000506172 2061 ntTSL 5 BASIC28.37■■■□□ 2.13
SMC4Q9NTJ3 PRELID2-201ENST00000334744 2140 ntTSL 2 BASIC28.37■■■□□ 2.13
SMC4Q9NTJ3 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
SMC4Q9NTJ3 PPP2R2D-201ENST00000455566 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
SMC4Q9NTJ3 IL17RE-201ENST00000383814 2704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
SMC4Q9NTJ3 SHMT1-203ENST00000354098 1656 ntTSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
SMC4Q9NTJ3 SUMF1-201ENST00000272902 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
SMC4Q9NTJ3 DCTPP1-201ENST00000319285 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
SMC4Q9NTJ3 CARD19-201ENST00000375464 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
SMC4Q9NTJ3 SRPK3-202ENST00000370101 1958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
SMC4Q9NTJ3 SYT6-210ENST00000641643 1587 ntBASIC28.36■■■□□ 2.13
SMC4Q9NTJ3 C16orf72-201ENST00000327827 5953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
SMC4Q9NTJ3 KCNK13-201ENST00000282146 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
SMC4Q9NTJ3 TMEM259-201ENST00000333175 2581 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
SMC4Q9NTJ3 KRTAP5-1-201ENST00000382171 942 ntAPPRIS P1 BASIC28.35■■■□□ 2.13
SMC4Q9NTJ3 KDELR3-202ENST00000409006 931 ntTSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
SMC4Q9NTJ3 IPO9-AS1-201ENST00000413035 839 ntTSL 3 BASIC28.35■■■□□ 2.13
SMC4Q9NTJ3 PLPP1-201ENST00000264775 1550 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
SMC4Q9NTJ3 C1QL3-201ENST00000298943 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
SMC4Q9NTJ3 ARHGEF9-204ENST00000374878 2217 ntTSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
SMC4Q9NTJ3 FAM193A-211ENST00000637812 4885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.35■■■□□ 2.13
SMC4Q9NTJ3 ALG1L9P-201ENST00000508969 2165 ntTSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
SMC4Q9NTJ3 CACNB1-201ENST00000344140 1889 ntTSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
SMC4Q9NTJ3 DENND2D-202ENST00000369752 1894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.34■■■□□ 2.13
SMC4Q9NTJ3 MRPS2-202ENST00000371785 1640 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.34■■■□□ 2.13
SMC4Q9NTJ3 C2orf82-201ENST00000331342 465 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
SMC4Q9NTJ3 PEMT-206ENST00000435340 960 ntTSL 5 BASIC28.34■■■□□ 2.13
SMC4Q9NTJ3 LINC01632-201ENST00000615763 496 ntTSL 3 BASIC28.34■■■□□ 2.13
SMC4Q9NTJ3 PRODH-203ENST00000357068 2462 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
SMC4Q9NTJ3 PSKH1-202ENST00000570631 1509 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
SMC4Q9NTJ3 DTNB-211ENST00000407661 2420 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
SMC4Q9NTJ3 APBB3-204ENST00000358580 2020 ntTSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.7 ms