Protein–RNA interactions for Protein: Q96BD8

SKA1, Spindle and kinetochore-associated protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA1Q96BD8 TBX1-202ENST00000332710 2084 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
SKA1Q96BD8 EVX1-201ENST00000222761 1500 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
SKA1Q96BD8 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
SKA1Q96BD8 EHBP1L1-201ENST00000309295 5185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
SKA1Q96BD8 RASSF10-201ENST00000529419 2530 ntAPPRIS P1 BASIC22.62■■□□□ 1.21
SKA1Q96BD8 TMEM102-202ENST00000396568 1962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
SKA1Q96BD8 ARL2BP-201ENST00000219204 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
SKA1Q96BD8 MT2A-201ENST00000245185 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
SKA1Q96BD8 MRPL46-201ENST00000312475 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
SKA1Q96BD8 LBX2-202ENST00000377566 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
SKA1Q96BD8 HSPE1-203ENST00000409729 478 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
SKA1Q96BD8 WDR86-AS1-204ENST00000489632 751 ntTSL 3 BASIC22.62■■□□□ 1.21
SKA1Q96BD8 DNAJC25-GNG10-201ENST00000374294 1448 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
SKA1Q96BD8 HSPBP1-202ENST00000433386 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
SKA1Q96BD8 C20orf27-202ENST00000379772 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
SKA1Q96BD8 ANO1-202ENST00000355303 4790 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
SKA1Q96BD8 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
SKA1Q96BD8 REPIN1-214ENST00000489432 2058 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
SKA1Q96BD8 AP2S1-201ENST00000263270 935 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
SKA1Q96BD8 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
SKA1Q96BD8 CSNK1G3-207ENST00000512718 1569 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
SKA1Q96BD8 AP001330.3-201ENST00000520123 633 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
SKA1Q96BD8 AC099791.2-201ENST00000605725 427 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
SKA1Q96BD8 AC011298.3-201ENST00000615796 283 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
SKA1Q96BD8 ACBD4-216ENST00000619916 1276 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
SKA1Q96BD8 MTMR14-202ENST00000351233 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
SKA1Q96BD8 PDLIM2-202ENST00000308354 2236 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
SKA1Q96BD8 CAMK1-201ENST00000256460 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
SKA1Q96BD8 CCDC107-205ENST00000421582 1324 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
SKA1Q96BD8 ZNF668-205ENST00000426488 2282 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
SKA1Q96BD8 ADARB2-202ENST00000381310 1810 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
SKA1Q96BD8 RALB-203ENST00000420510 1252 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
SKA1Q96BD8 PAFAH1B2-205ENST00000529887 1056 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
SKA1Q96BD8 SERGEF-219ENST00000532265 1124 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
SKA1Q96BD8 NKX2-2-AS1-201ENST00000549659 638 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
SKA1Q96BD8 MIR4767-201ENST00000582827 78 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
SKA1Q96BD8 MRPL10-202ENST00000351111 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
SKA1Q96BD8 DOK1-203ENST00000409429 1955 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
SKA1Q96BD8 POLR2H-208ENST00000456318 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
SKA1Q96BD8 DHH-201ENST00000266991 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
SKA1Q96BD8 OSCAR-209ENST00000616215 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
SKA1Q96BD8 CCDC92-209ENST00000545891 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
SKA1Q96BD8 CRTC2-203ENST00000368633 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
SKA1Q96BD8 SRM-201ENST00000376957 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
SKA1Q96BD8 SERBP1P1-201ENST00000396021 1160 ntBASIC22.59■■□□□ 1.21
SKA1Q96BD8 PPM1N-207ENST00000451287 1293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
SKA1Q96BD8 AC027682.1-201ENST00000562846 899 ntBASIC22.59■■□□□ 1.21
SKA1Q96BD8 UBFD1-208ENST00000567264 642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
SKA1Q96BD8 LYPLA1-201ENST00000316963 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
SKA1Q96BD8 RASA4CP-201ENST00000424092 1398 ntBASIC22.59■■□□□ 1.21
SKA1Q96BD8 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
SKA1Q96BD8 NKX6-2-201ENST00000368592 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
SKA1Q96BD8 PTCHD3P2-201ENST00000424937 1205 ntBASIC22.58■■□□□ 1.21
SKA1Q96BD8 RBM38-205ENST00000440234 686 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
SKA1Q96BD8 NAA30-202ENST00000554703 795 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
SKA1Q96BD8 EYA2-203ENST00000357410 2465 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
SKA1Q96BD8 SPEF1-201ENST00000379756 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
SKA1Q96BD8 SH3GLB2-203ENST00000372564 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
SKA1Q96BD8 MEIOB-202ENST00000397344 1792 ntTSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.2
SKA1Q96BD8 CHADL-201ENST00000216241 2533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
SKA1Q96BD8 CREG1-201ENST00000370509 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
SKA1Q96BD8 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.2
SKA1Q96BD8 CHST6-202ENST00000390664 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
SKA1Q96BD8 PDE5A-201ENST00000264805 3020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
SKA1Q96BD8 FAM72A-202ENST00000367128 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
SKA1Q96BD8 FAM72D-201ENST00000400889 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
SKA1Q96BD8 AL161729.1-201ENST00000604104 1402 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
SKA1Q96BD8 AL122058.1-201ENST00000412321 1166 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
SKA1Q96BD8 CBWD3-212ENST00000616550 721 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
SKA1Q96BD8 CBWD6-216ENST00000617933 721 ntTSL 3 BASIC22.57■■□□□ 1.2
SKA1Q96BD8 ECHDC1-203ENST00000368291 1354 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
SKA1Q96BD8 PFKFB4-202ENST00000383734 1491 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
SKA1Q96BD8 NANOS2-201ENST00000341294 1657 ntAPPRIS P1 BASIC22.57■■□□□ 1.2
SKA1Q96BD8 WRNIP1-204ENST00000380773 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
SKA1Q96BD8 BOP1-205ENST00000569669 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
SKA1Q96BD8 AC009102.2-201ENST00000606772 1639 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
SKA1Q96BD8 WRNIP1-203ENST00000380771 2595 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
SKA1Q96BD8 TMEM200B-201ENST00000420504 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
SKA1Q96BD8 MATK-203ENST00000395045 2073 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
SKA1Q96BD8 DNAAF3-203ENST00000524407 2059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
SKA1Q96BD8 NFIX-203ENST00000397661 3143 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
SKA1Q96BD8 TMED4-205ENST00000481238 1755 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
SKA1Q96BD8 AC026271.2-201ENST00000428091 497 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
SKA1Q96BD8 AC004707.1-201ENST00000511627 715 ntTSL 3 BASIC22.56■■□□□ 1.2
SKA1Q96BD8 SCO2-204ENST00000543927 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
SKA1Q96BD8 AC092666.2-201ENST00000613287 246 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
SKA1Q96BD8 LINC02043-201ENST00000419745 1832 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
SKA1Q96BD8 FAR2P4-203ENST00000560285 1739 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
SKA1Q96BD8 IGF2-AS-201ENST00000381361 2063 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
SKA1Q96BD8 MYCN-201ENST00000281043 2602 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
SKA1Q96BD8 P4HA3-202ENST00000427714 2248 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
SKA1Q96BD8 PTX3-201ENST00000295927 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
SKA1Q96BD8 C1orf229-201ENST00000623686 2258 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
SKA1Q96BD8 ANOS2P-203ENST00000472227 1816 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
SKA1Q96BD8 LLGL2-202ENST00000375227 1374 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
SKA1Q96BD8 METTL23-201ENST00000341249 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
SKA1Q96BD8 RNF39-201ENST00000244360 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
SKA1Q96BD8 HAR1A-201ENST00000433161 1882 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
SKA1Q96BD8 HAS1-202ENST00000540069 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
SKA1Q96BD8 PRPSAP2-201ENST00000268835 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.1 ms