Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 TULP1-202ENST00000322263 1941 ntTSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
CCDC54Q8NEL0 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
CCDC54Q8NEL0 HAUS3-202ENST00000443786 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
CCDC54Q8NEL0 JAGN1-201ENST00000307768 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
CCDC54Q8NEL0 GAL3ST1-202ENST00000401975 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
CCDC54Q8NEL0 ZNF668-205ENST00000426488 2282 ntTSL 5 BASIC19.26■□□□□ 0.67
CCDC54Q8NEL0 CACNG6-203ENST00000352529 1635 ntTSL 5 BASIC19.25■□□□□ 0.67
CCDC54Q8NEL0 HDAC4-201ENST00000345617 8976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
CCDC54Q8NEL0 SORCS2-203ENST00000507866 6152 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
CCDC54Q8NEL0 FAM171A2-201ENST00000293443 3160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
CCDC54Q8NEL0 LINC00526-201ENST00000581067 1875 ntBASIC19.25■□□□□ 0.67
CCDC54Q8NEL0 SLC35C1-202ENST00000442528 1756 ntTSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
CCDC54Q8NEL0 SLC25A47-202ENST00000557052 1552 ntTSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
CCDC54Q8NEL0 RPP38-201ENST00000378197 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
CCDC54Q8NEL0 GUCD1-202ENST00000402766 865 ntTSL 2 BASIC19.25■□□□□ 0.67
CCDC54Q8NEL0 SPINT2-201ENST00000301244 1802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
CCDC54Q8NEL0 LINC01529-204ENST00000636474 1715 ntBASIC19.25■□□□□ 0.67
CCDC54Q8NEL0 INPP4A-201ENST00000074304 6752 ntTSL 5 BASIC19.25■□□□□ 0.67
CCDC54Q8NEL0 GPSM1-204ENST00000429455 2057 ntTSL 3 BASIC19.24■□□□□ 0.67
CCDC54Q8NEL0 ZC3H14-219ENST00000556945 2075 ntTSL 5 BASIC19.24■□□□□ 0.67
CCDC54Q8NEL0 FNTA-208ENST00000529687 1950 ntTSL 2 BASIC19.24■□□□□ 0.67
CCDC54Q8NEL0 GNB2-201ENST00000303210 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
CCDC54Q8NEL0 PLPP1-202ENST00000307259 1597 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
CCDC54Q8NEL0 RGS7-204ENST00000366565 2494 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
CCDC54Q8NEL0 CLTA-204ENST00000433436 1235 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
CCDC54Q8NEL0 CLTA-209ENST00000538225 1181 ntTSL 2 BASIC19.24■□□□□ 0.67
CCDC54Q8NEL0 CLTA-210ENST00000540080 989 ntTSL 2 BASIC19.24■□□□□ 0.67
CCDC54Q8NEL0 DLL3-202ENST00000356433 2055 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.24■□□□□ 0.67
CCDC54Q8NEL0 H2AFY2-201ENST00000373255 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
CCDC54Q8NEL0 NCK2-201ENST00000233154 2683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.24■□□□□ 0.67
CCDC54Q8NEL0 SH3YL1-201ENST00000356150 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
CCDC54Q8NEL0 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
CCDC54Q8NEL0 TMEM165-201ENST00000381334 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
CCDC54Q8NEL0 BAZ1B-202ENST00000404251 5428 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.23■□□□□ 0.67
CCDC54Q8NEL0 RASSF10-201ENST00000529419 2530 ntAPPRIS P1 BASIC19.23■□□□□ 0.67
CCDC54Q8NEL0 LACTBL1-201ENST00000426928 1641 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC19.23■□□□□ 0.67
CCDC54Q8NEL0 TSSK1B-201ENST00000390666 2478 ntAPPRIS P1 BASIC19.23■□□□□ 0.67
CCDC54Q8NEL0 CACNB1-201ENST00000344140 1889 ntTSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
CCDC54Q8NEL0 TERF2-201ENST00000254942 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
CCDC54Q8NEL0 OSCAR-206ENST00000391760 629 ntTSL 2 BASIC19.23■□□□□ 0.67
CCDC54Q8NEL0 HOXA10-201ENST00000283921 2541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
CCDC54Q8NEL0 POU4F1-201ENST00000377208 4547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
CCDC54Q8NEL0 SYT6-209ENST00000610222 1707 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.22■□□□□ 0.67
CCDC54Q8NEL0 OSCAR-203ENST00000356532 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
CCDC54Q8NEL0 OSCAR-204ENST00000358375 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
CCDC54Q8NEL0 OSCAR-210ENST00000616447 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.22■□□□□ 0.67
CCDC54Q8NEL0 HDAC4-215ENST00000543185 8990 ntTSL 5 BASIC19.22■□□□□ 0.67
CCDC54Q8NEL0 AKT1-201ENST00000349310 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
CCDC54Q8NEL0 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.22■□□□□ 0.67
CCDC54Q8NEL0 AC009163.4-201ENST00000567194 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.22■□□□□ 0.67
CCDC54Q8NEL0 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC19.22■□□□□ 0.67
CCDC54Q8NEL0 NRSN1-204ENST00000378491 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
CCDC54Q8NEL0 PICK1-202ENST00000404072 2164 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.22■□□□□ 0.67
CCDC54Q8NEL0 SLC25A5-AS1-202ENST00000445759 1616 ntTSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
CCDC54Q8NEL0 SLC30A2-201ENST00000374276 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
CCDC54Q8NEL0 FAM107B-211ENST00000468747 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
CCDC54Q8NEL0 SLC35F4-206ENST00000556826 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.21■□□□□ 0.67
CCDC54Q8NEL0 RNF39-201ENST00000244360 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
CCDC54Q8NEL0 EBPL-205ENST00000378284 967 ntTSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
CCDC54Q8NEL0 AC009086.3-201ENST00000623486 1008 ntBASIC19.21■□□□□ 0.67
CCDC54Q8NEL0 POLR2J2-202ENST00000358438 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
CCDC54Q8NEL0 RBM42-206ENST00000592202 1469 ntTSL 5 BASIC19.21■□□□□ 0.67
CCDC54Q8NEL0 DPEP2-204ENST00000572888 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
CCDC54Q8NEL0 FNDC4-201ENST00000264703 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
CCDC54Q8NEL0 WRAP73-201ENST00000270708 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
CCDC54Q8NEL0 PLPP2-202ENST00000327790 1397 ntTSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.66
CCDC54Q8NEL0 ZNF444-201ENST00000337080 2042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
CCDC54Q8NEL0 KCNK13-201ENST00000282146 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
CCDC54Q8NEL0 AC026785.2-201ENST00000511821 867 ntTSL 2 BASIC19.2■□□□□ 0.66
CCDC54Q8NEL0 DUX4L4-201ENST00000566884 1269 ntBASIC19.2■□□□□ 0.66
CCDC54Q8NEL0 HNRNPUL1-222ENST00000617774 451 ntTSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.66
CCDC54Q8NEL0 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
CCDC54Q8NEL0 RBM42-203ENST00000588161 1609 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
CCDC54Q8NEL0 EVC-201ENST00000264956 6431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
CCDC54Q8NEL0 SRPK3-202ENST00000370101 1958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
CCDC54Q8NEL0 SLC10A3-201ENST00000263512 2161 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.2■□□□□ 0.66
CCDC54Q8NEL0 GALNT13-201ENST00000392825 5536 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.2■□□□□ 0.66
CCDC54Q8NEL0 SLC25A29-202ENST00000392908 2242 ntTSL 2 BASIC19.2■□□□□ 0.66
CCDC54Q8NEL0 IRS2-201ENST00000375856 8138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC54Q8NEL0 ZGPAT-201ENST00000328969 1945 ntTSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC54Q8NEL0 EFCC1-201ENST00000436022 2691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC54Q8NEL0 B3GNT6-202ENST00000622824 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC54Q8NEL0 FAM120C-203ENST00000477084 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC54Q8NEL0 KRT125P-201ENST00000546827 989 ntBASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC54Q8NEL0 PRTG-204ENST00000561292 833 ntTSL 3 BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC54Q8NEL0 LINC01925-201ENST00000579492 500 ntTSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC54Q8NEL0 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC54Q8NEL0 TPI1-210ENST00000613953 1460 ntTSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC54Q8NEL0 NFIX-202ENST00000360105 5459 ntTSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC54Q8NEL0 ZSWIM8-220ENST00000604524 5465 ntTSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC54Q8NEL0 AUTS2-201ENST00000342771 6173 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC54Q8NEL0 ADGRL1-202ENST00000361434 5610 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC54Q8NEL0 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCDC54Q8NEL0 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
CCDC54Q8NEL0 SLC19A1-209ENST00000485649 1896 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.18■□□□□ 0.66
CCDC54Q8NEL0 KLF3-203ENST00000514033 1871 ntTSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
CCDC54Q8NEL0 U2AF2-202ENST00000450554 3022 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
CCDC54Q8NEL0 PACRGL-201ENST00000295290 1937 ntTSL 5 BASIC19.18■□□□□ 0.66
CCDC54Q8NEL0 METTL24-201ENST00000338882 1119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.18■□□□□ 0.66
CCDC54Q8NEL0 TMEM170A-202ENST00000561878 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 126.6 ms