Protein–RNA interactions for Protein: Q53F19

NCBP3, Nuclear cap-binding protein subunit 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 620 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NCBP3Q53F19 AC136469.2-201ENST00000623944 1028 ntBASIC29.02■■■□□ 2.24
NCBP3Q53F19 DDN-AS1-202ENST00000547866 2114 ntTSL 3 BASIC29.02■■■□□ 2.24
NCBP3Q53F19 DENND2D-202ENST00000369752 1894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.02■■■□□ 2.24
NCBP3Q53F19 ASPSCR1-202ENST00000306739 1843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.24
NCBP3Q53F19 BTBD17-201ENST00000375366 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.24
NCBP3Q53F19 SYT6-210ENST00000641643 1587 ntBASIC29.01■■■□□ 2.24
NCBP3Q53F19 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.24
NCBP3Q53F19 DMRT2-209ENST00000635183 2190 ntTSL 5 BASIC29.01■■■□□ 2.23
NCBP3Q53F19 SLC35F4-206ENST00000556826 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.01■■■□□ 2.23
NCBP3Q53F19 DCTPP1-201ENST00000319285 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
NCBP3Q53F19 HSF1-201ENST00000400780 2105 ntTSL 5 BASIC29.01■■■□□ 2.23
NCBP3Q53F19 NKX2-5-202ENST00000424406 1124 ntTSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
NCBP3Q53F19 OR2I1P-207ENST00000453522 948 ntBASIC29.01■■■□□ 2.23
NCBP3Q53F19 TOLLIP-208ENST00000527938 549 ntTSL 4 BASIC29.01■■■□□ 2.23
NCBP3Q53F19 LINC01551-203ENST00000550266 455 ntTSL 3 BASIC29.01■■■□□ 2.23
NCBP3Q53F19 Z98883.1-202ENST00000635107 1289 ntTSL 5 BASIC29.01■■■□□ 2.23
NCBP3Q53F19 ARHGAP27-207ENST00000528273 2319 ntTSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
NCBP3Q53F19 ARRDC2-202ENST00000379656 2528 ntTSL 2 BASIC29.01■■■□□ 2.23
NCBP3Q53F19 KCTD8-201ENST00000360029 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
NCBP3Q53F19 STOML1-201ENST00000316900 2169 ntTSL 2 BASIC29.01■■■□□ 2.23
NCBP3Q53F19 ME2-208ENST00000638937 2471 ntTSL 5 BASIC29■■■□□ 2.23
NCBP3Q53F19 IQCD-203ENST00000546692 1872 ntTSL 5 BASIC29■■■□□ 2.23
NCBP3Q53F19 PEMT-206ENST00000435340 960 ntTSL 5 BASIC29■■■□□ 2.23
NCBP3Q53F19 WISP2-203ENST00000372868 1600 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29■■■□□ 2.23
NCBP3Q53F19 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
NCBP3Q53F19 MRPS2-202ENST00000371785 1640 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.99■■■□□ 2.23
NCBP3Q53F19 SH3YL1-201ENST00000356150 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
NCBP3Q53F19 AL121749.1-201ENST00000635993 1768 ntTSL 5 BASIC28.99■■■□□ 2.23
NCBP3Q53F19 PTCHD3P2-201ENST00000424937 1205 ntBASIC28.99■■■□□ 2.23
NCBP3Q53F19 AC004707.1-201ENST00000511627 715 ntTSL 3 BASIC28.99■■■□□ 2.23
NCBP3Q53F19 SNAI3-AS1-201ENST00000563261 998 ntTSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
NCBP3Q53F19 VGLL2-201ENST00000326274 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
NCBP3Q53F19 SLC25A47-202ENST00000557052 1552 ntTSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
NCBP3Q53F19 PTPN13-205ENST00000502971 1708 ntTSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
NCBP3Q53F19 SNUPN-201ENST00000308588 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
NCBP3Q53F19 EPCAM-202ENST00000405271 1530 ntTSL 5 BASIC28.99■■■□□ 2.23
NCBP3Q53F19 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
NCBP3Q53F19 TARSL2-207ENST00000615656 2356 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.98■■■□□ 2.23
NCBP3Q53F19 KLC1-227ENST00000634686 2229 ntTSL 5 BASIC28.98■■■□□ 2.23
NCBP3Q53F19 HYAL2-207ENST00000442581 2318 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.98■■■□□ 2.23
NCBP3Q53F19 UBE2C-202ENST00000335046 737 ntTSL 2 BASIC28.98■■■□□ 2.23
NCBP3Q53F19 KDELR3-202ENST00000409006 931 ntTSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
NCBP3Q53F19 ZNF584-205ENST00000596281 575 ntTSL 2 BASIC28.98■■■□□ 2.23
NCBP3Q53F19 AL031602.1-201ENST00000633169 911 ntBASIC28.98■■■□□ 2.23
NCBP3Q53F19 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
NCBP3Q53F19 ZPBP2-201ENST00000348931 1543 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
NCBP3Q53F19 EEF1D-201ENST00000317198 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.97■■■□□ 2.23
NCBP3Q53F19 CCSER2-202ENST00000359979 2066 ntTSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
NCBP3Q53F19 TANGO2-210ENST00000432883 2084 ntTSL 2 BASIC28.97■■■□□ 2.23
NCBP3Q53F19 NIPA2-205ENST00000539711 1412 ntTSL 2 BASIC28.97■■■□□ 2.23
NCBP3Q53F19 KRTAP5-1-201ENST00000382171 942 ntAPPRIS P1 BASIC28.97■■■□□ 2.23
NCBP3Q53F19 TMEM80-201ENST00000397510 1094 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.97■■■□□ 2.23
NCBP3Q53F19 KCNIP1-201ENST00000328939 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
NCBP3Q53F19 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
NCBP3Q53F19 ABHD16B-201ENST00000369916 1491 ntAPPRIS P1 BASIC28.97■■■□□ 2.23
NCBP3Q53F19 STX4-202ENST00000394998 1498 ntTSL 2 BASIC28.97■■■□□ 2.23
NCBP3Q53F19 CACNG2-201ENST00000300105 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
NCBP3Q53F19 HSD17B14-201ENST00000263278 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
NCBP3Q53F19 IL12A-202ENST00000466512 1283 ntTSL 3 BASIC28.96■■■□□ 2.23
NCBP3Q53F19 AP006621.3-202ENST00000530083 765 ntTSL 3 BASIC28.96■■■□□ 2.23
NCBP3Q53F19 AP001002.2-201ENST00000625137 386 ntBASIC28.96■■■□□ 2.23
NCBP3Q53F19 AC008406.3-201ENST00000620001 1374 ntBASIC28.96■■■□□ 2.23
NCBP3Q53F19 APBB3-204ENST00000358580 2020 ntTSL 5 BASIC28.96■■■□□ 2.23
NCBP3Q53F19 ANXA8-204ENST00000583911 1874 ntTSL 2 BASIC28.95■■■□□ 2.23
NCBP3Q53F19 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.23
NCBP3Q53F19 POLR2J2-202ENST00000358438 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.23
NCBP3Q53F19 TMEM121-202ENST00000431372 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.95■■■□□ 2.23
NCBP3Q53F19 MYCBPAP-202ENST00000419930 1640 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.23
NCBP3Q53F19 SLC19A1-212ENST00000567670 2029 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.23
NCBP3Q53F19 TGFBR3L-202ENST00000565886 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.95■■■□□ 2.22
NCBP3Q53F19 RPRD1A-207ENST00000588737 1264 ntTSL 2 BASIC28.95■■■□□ 2.22
NCBP3Q53F19 ENKD1-206ENST00000602644 1353 ntTSL 5 BASIC28.95■■■□□ 2.22
NCBP3Q53F19 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.22
NCBP3Q53F19 UBE3C-209ENST00000611269 1866 ntTSL 2 BASIC28.95■■■□□ 2.22
NCBP3Q53F19 AC004687.1-201ENST00000579003 1625 ntBASIC28.94■■■□□ 2.22
NCBP3Q53F19 SLC39A14-202ENST00000289952 2137 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.94■■■□□ 2.22
NCBP3Q53F19 CADM1-201ENST00000331581 1766 ntTSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
NCBP3Q53F19 PRADC1-201ENST00000258083 1083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
NCBP3Q53F19 UBE2J2-203ENST00000360466 1047 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.94■■■□□ 2.22
NCBP3Q53F19 AC084116.4-201ENST00000524320 484 ntTSL 2 BASIC28.94■■■□□ 2.22
NCBP3Q53F19 AC007448.3-201ENST00000585193 689 ntTSL 2 BASIC28.94■■■□□ 2.22
NCBP3Q53F19 CA15P2-201ENST00000611168 834 ntBASIC28.94■■■□□ 2.22
NCBP3Q53F19 PGF-206ENST00000555567 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
NCBP3Q53F19 C11orf63-201ENST00000227349 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
NCBP3Q53F19 HSD11B1L-217ENST00000581521 1884 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.93■■■□□ 2.22
NCBP3Q53F19 C2CD4B-201ENST00000380392 1579 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.93■■■□□ 2.22
NCBP3Q53F19 IGSF21-201ENST00000251296 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
NCBP3Q53F19 AURKAIP1-204ENST00000378853 875 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.93■■■□□ 2.22
NCBP3Q53F19 PCGF3-202ENST00000400151 1175 ntTSL 2 BASIC28.93■■■□□ 2.22
NCBP3Q53F19 MYD88-205ENST00000424893 1279 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
NCBP3Q53F19 RARA-202ENST00000394081 2285 ntTSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
NCBP3Q53F19 LTB4R-201ENST00000345363 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
NCBP3Q53F19 ERGIC1-202ENST00000393784 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
NCBP3Q53F19 ARHGEF9-204ENST00000374878 2217 ntTSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
NCBP3Q53F19 ZNF395-210ENST00000523095 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
NCBP3Q53F19 ABHD6-201ENST00000295962 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
NCBP3Q53F19 SRPK3-202ENST00000370101 1958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
NCBP3Q53F19 YJEFN3-201ENST00000436027 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
NCBP3Q53F19 AC017007.3-201ENST00000479865 435 ntBASIC28.92■■■□□ 2.22
NCBP3Q53F19 ACYP1-205ENST00000555463 789 ntTSL 2 BASIC28.92■■■□□ 2.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.7 ms