Protein–RNA interactions for Protein: Q15465

SHH, Sonic hedgehog protein, humanhuman

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Length 462 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHHQ15465 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
SHHQ15465 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
SHHQ15465 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
SHHQ15465 FAXDC2-211ENST00000520968 558 ntTSL 4 BASIC24.13■■□□□ 1.45
SHHQ15465 FGF13-208ENST00000626909 1039 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
SHHQ15465 TBCB-214ENST00000629269 413 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
SHHQ15465 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
SHHQ15465 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
SHHQ15465 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
SHHQ15465 CBWD2-201ENST00000259199 1812 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
SHHQ15465 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
SHHQ15465 NAE1-204ENST00000394074 1654 ntTSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
SHHQ15465 NOXO1-203ENST00000397280 1147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
SHHQ15465 KANSL1-AS1-201ENST00000398275 517 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
SHHQ15465 AP000282.1-201ENST00000454622 682 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
SHHQ15465 GGTA1P-203ENST00000481799 1487 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
SHHQ15465 PKIB-204ENST00000368448 1561 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
SHHQ15465 CDC20-202ENST00000372462 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
SHHQ15465 UNC119-202ENST00000335765 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
SHHQ15465 TRAPPC5-201ENST00000317378 790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
SHHQ15465 UBE2J2-203ENST00000360466 1047 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
SHHQ15465 AC034102.6-201ENST00000550947 559 ntTSL 4 BASIC24.11■■□□□ 1.45
SHHQ15465 OAS3-207ENST00000551007 998 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
SHHQ15465 PARD6A-203ENST00000602551 1171 ntTSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
SHHQ15465 PFKL-212ENST00000628044 129 ntTSL 3 BASIC24.11■■□□□ 1.45
SHHQ15465 AC093762.3-201ENST00000641918 318 ntAPPRIS P1 BASIC24.11■■□□□ 1.45
SHHQ15465 FP325331.1-202ENST00000623531 1380 ntBASIC24.11■■□□□ 1.45
SHHQ15465 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
SHHQ15465 ILKAP-211ENST00000612675 1335 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
SHHQ15465 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
SHHQ15465 CKMT1B-207ENST00000441322 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
SHHQ15465 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
SHHQ15465 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
SHHQ15465 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
SHHQ15465 ZNF292-204ENST00000392985 1096 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
SHHQ15465 CD8B-205ENST00000393761 932 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
SHHQ15465 SLC29A4P1-201ENST00000398760 971 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
SHHQ15465 CD8B-206ENST00000431506 692 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
SHHQ15465 NCAPD3-204ENST00000526422 1060 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
SHHQ15465 AC012313.1-203ENST00000597980 570 ntTSL 4 BASIC24.1■■□□□ 1.45
SHHQ15465 SEC22C-207ENST00000423701 1458 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
SHHQ15465 SIGLEC15-201ENST00000389474 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
SHHQ15465 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
SHHQ15465 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
SHHQ15465 PCMT1-202ENST00000367380 1628 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
SHHQ15465 PCMT1-211ENST00000544496 1628 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
SHHQ15465 SH3RF3-AS1-201ENST00000567491 1604 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
SHHQ15465 RASL12-202ENST00000421977 1523 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
SHHQ15465 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
SHHQ15465 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
SHHQ15465 TOR2A-201ENST00000336067 1370 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
SHHQ15465 KHDC3L-201ENST00000370367 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
SHHQ15465 WWTR1-AS1-203ENST00000495094 975 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
SHHQ15465 AC005181.1-201ENST00000604782 1256 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
SHHQ15465 AC231657.2-201ENST00000624556 255 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
SHHQ15465 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
SHHQ15465 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
SHHQ15465 RNASEH2B-201ENST00000336617 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
SHHQ15465 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
SHHQ15465 AC138649.1-201ENST00000619611 1449 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
SHHQ15465 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
SHHQ15465 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
SHHQ15465 MAL-201ENST00000309988 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
SHHQ15465 LRRC3C-201ENST00000377924 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.08■■□□□ 1.45
SHHQ15465 FAM229A-204ENST00000432622 699 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
SHHQ15465 TRIQK-221ENST00000524107 737 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.08■■□□□ 1.45
SHHQ15465 SCO2-203ENST00000535425 1002 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
SHHQ15465 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
SHHQ15465 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
SHHQ15465 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.44
SHHQ15465 ZC3H14-223ENST00000557607 1983 ntTSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
SHHQ15465 UCHL5-201ENST00000367448 1534 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
SHHQ15465 XXYLT1-202ENST00000356740 564 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
SHHQ15465 POLR3GL-201ENST00000369313 818 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
SHHQ15465 C19orf12-205ENST00000392278 895 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
SHHQ15465 ACYP1-205ENST00000555463 789 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
SHHQ15465 XPA-201ENST00000375128 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
SHHQ15465 PACRGL-208ENST00000503585 1582 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
SHHQ15465 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
SHHQ15465 HAR1A-201ENST00000433161 1882 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
SHHQ15465 VIL1-204ENST00000440053 1454 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
SHHQ15465 ZNF511-202ENST00000361518 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
SHHQ15465 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
SHHQ15465 AC007322.1-201ENST00000426983 750 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
SHHQ15465 POU5F1P3-201ENST00000428824 1078 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
SHHQ15465 ARL5A-202ENST00000428992 747 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
SHHQ15465 BX890604.1-207ENST00000486571 904 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
SHHQ15465 MLF2-206ENST00000539187 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
SHHQ15465 DUX4L16-201ENST00000555130 1264 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
SHHQ15465 SNAP23-210ENST00000564153 775 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
SHHQ15465 SNAP23-214ENST00000567094 834 ntTSL 3 BASIC24.06■■□□□ 1.44
SHHQ15465 AC133041.1-202ENST00000642053 222 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
SHHQ15465 RBFOX1-206ENST00000535565 1599 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
SHHQ15465 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
SHHQ15465 LTBP3-212ENST00000529189 1997 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
SHHQ15465 C1QTNF4-201ENST00000302514 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
SHHQ15465 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
SHHQ15465 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
SHHQ15465 GUK1-209ENST00000366730 937 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC24.05■■□□□ 1.44
SHHQ15465 EIF5A-205ENST00000419711 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
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