Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 AP000802.1-201ENST00000500537 1934 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
USP4Q13107 POLD2-218ENST00000610533 1619 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
USP4Q13107 C12orf75-208ENST00000612117 1329 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
USP4Q13107 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
USP4Q13107 UBE2E2-203ENST00000425792 1248 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
USP4Q13107 HEXDC-202ENST00000337014 2285 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
USP4Q13107 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
USP4Q13107 PGF-203ENST00000553716 1699 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
USP4Q13107 SCRT2-201ENST00000246104 3577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
USP4Q13107 TSPY26P-201ENST00000476365 1326 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
USP4Q13107 ACAD8-202ENST00000374752 1797 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
USP4Q13107 PCMT1-201ENST00000367378 1293 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
USP4Q13107 AP001107.5-202ENST00000533759 948 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
USP4Q13107 SCUBE1-208ENST00000615096 1119 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
USP4Q13107 XBP1-201ENST00000216037 1850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
USP4Q13107 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
USP4Q13107 PHF10-202ENST00000366780 1589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.3
USP4Q13107 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
USP4Q13107 HORMAD2-201ENST00000336726 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
USP4Q13107 IFNGR2-202ENST00000381995 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.3
USP4Q13107 GRAMD1A-201ENST00000317991 2695 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
USP4Q13107 SAMD8-202ENST00000372690 1654 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
USP4Q13107 COMT-206ENST00000407537 1457 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
USP4Q13107 NDUFV2-201ENST00000318388 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
USP4Q13107 OR2I1P-207ENST00000453522 948 ntBASIC23.14■■□□□ 1.29
USP4Q13107 IGHV3-19-201ENST00000521488 291 ntBASIC23.14■■□□□ 1.29
USP4Q13107 AP003419.1-201ENST00000535922 470 ntTSL 3 BASIC23.14■■□□□ 1.29
USP4Q13107 SP2-202ENST00000613139 908 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
USP4Q13107 AC010999.2-201ENST00000621974 596 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
USP4Q13107 NABP2-202ENST00000341463 1411 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.14■■□□□ 1.29
USP4Q13107 HSPBP1-206ENST00000587922 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
USP4Q13107 ALKAL2-204ENST00000403610 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
USP4Q13107 MAL2-204ENST00000614891 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
USP4Q13107 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
USP4Q13107 SIAH2-201ENST00000312960 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
USP4Q13107 CPNE2-202ENST00000535318 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
USP4Q13107 SOHLH1-201ENST00000298466 1987 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
USP4Q13107 PEX5-205ENST00000420616 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
USP4Q13107 C2orf82-201ENST00000331342 465 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
USP4Q13107 AL162430.1-201ENST00000480705 870 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
USP4Q13107 AICDA-202ENST00000537228 667 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
USP4Q13107 AC008105.3-201ENST00000586376 844 ntTSL 3 BASIC23.13■■□□□ 1.29
USP4Q13107 AL138963.3-201ENST00000610057 588 ntTSL 4 BASIC23.13■■□□□ 1.29
USP4Q13107 LRRC24-201ENST00000529415 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
USP4Q13107 LSM8-203ENST00000422760 1920 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
USP4Q13107 PKIB-204ENST00000368448 1561 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
USP4Q13107 AC144652.1-201ENST00000609974 1624 ntBASIC23.12■■□□□ 1.29
USP4Q13107 CLDN5-201ENST00000403084 2357 ntBASIC23.12■■□□□ 1.29
USP4Q13107 GFOD1-204ENST00000603223 2388 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
USP4Q13107 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
USP4Q13107 AK1-201ENST00000223836 736 ntTSL 3 BASIC23.12■■□□□ 1.29
USP4Q13107 TMEM61-201ENST00000371268 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
USP4Q13107 PON2-202ENST00000433091 1726 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
USP4Q13107 AC010203.1-202ENST00000550096 695 ntTSL 3 BASIC23.12■■□□□ 1.29
USP4Q13107 CAPNS1-207ENST00000589146 578 ntTSL 3 BASIC23.12■■□□□ 1.29
USP4Q13107 SHMT1-203ENST00000354098 1656 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
USP4Q13107 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
USP4Q13107 ACTR1B-201ENST00000289228 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
USP4Q13107 AL121749.1-201ENST00000635993 1768 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
USP4Q13107 TRAF4-205ENST00000444415 1456 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
USP4Q13107 NUDT18-201ENST00000611621 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
USP4Q13107 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
USP4Q13107 ANO1-202ENST00000355303 4790 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
USP4Q13107 EPS8L1-205ENST00000586329 2130 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
USP4Q13107 CARM1-201ENST00000327064 3330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
USP4Q13107 PYCARD-201ENST00000247470 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
USP4Q13107 ZEB1-AS1-201ENST00000423714 456 ntTSL 3 BASIC23.11■■□□□ 1.29
USP4Q13107 HOMER3-206ENST00000594439 982 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
USP4Q13107 SLC12A5-217ENST00000626937 1224 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
USP4Q13107 HSD11B2-201ENST00000326152 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
USP4Q13107 NMI-201ENST00000243346 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
USP4Q13107 RNASEH2B-201ENST00000336617 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
USP4Q13107 NKX2-3-202ENST00000622383 1986 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP4Q13107 DTNB-201ENST00000288642 2464 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP4Q13107 DTNB-208ENST00000406818 2474 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP4Q13107 TERF2-201ENST00000254942 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP4Q13107 PLPP1-201ENST00000264775 1550 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP4Q13107 KLC3-202ENST00000470402 1820 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP4Q13107 CCDC96-201ENST00000310085 2091 ntAPPRIS P1 BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP4Q13107 UNC50-204ENST00000409975 2172 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP4Q13107 ZNF205-201ENST00000219091 1947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP4Q13107 PTX3-201ENST00000295927 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP4Q13107 NAE1-204ENST00000394074 1654 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP4Q13107 KCNN1-204ENST00000615435 1691 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP4Q13107 NDUFB2-201ENST00000247866 504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP4Q13107 MLF2-206ENST00000539187 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP4Q13107 AC010525.1-201ENST00000585559 441 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
USP4Q13107 AC006538.2-201ENST00000586572 543 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP4Q13107 MADCAM1-208ENST00000621286 1203 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP4Q13107 SH3RF3-AS1-201ENST00000567491 1604 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
USP4Q13107 SLC35A2-210ENST00000616181 1614 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP4Q13107 DISC1-220ENST00000602873 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP4Q13107 RYK-209ENST00000623711 2934 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP4Q13107 IQCJ-SCHIP1-203ENST00000476809 1780 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP4Q13107 ZNF76-203ENST00000373953 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP4Q13107 RPL8-201ENST00000262584 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP4Q13107 CCDC28B-201ENST00000373602 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP4Q13107 AURKAIP1-204ENST00000378853 875 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP4Q13107 GDNF-203ENST00000381826 778 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP4Q13107 GDNF-204ENST00000427982 856 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
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