Protein–RNA interactions for Protein: P34896

SHMT1, Serine hydroxymethyltransferase, cytosolic, humanhuman

Predictions only

Length 483 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHMT1P34896 BCAP29-209ENST00000465919 942 ntTSL 2 BASIC26.11■■□□□ 1.77
SHMT1P34896 STOML2-205ENST00000619795 1293 ntTSL 3 BASIC26.11■■□□□ 1.77
SHMT1P34896 ID2-201ENST00000234091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
SHMT1P34896 TMEM230-205ENST00000379279 1636 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.1■■□□□ 1.77
SHMT1P34896 TBX1-202ENST00000332710 2084 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
SHMT1P34896 BBC3-202ENST00000341983 1538 ntTSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
SHMT1P34896 UCHL5-201ENST00000367448 1534 ntTSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
SHMT1P34896 ADARB2-202ENST00000381310 1810 ntTSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
SHMT1P34896 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
SHMT1P34896 HES6-202ENST00000409002 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
SHMT1P34896 LINC01678-201ENST00000411694 863 ntTSL 5 BASIC26.1■■□□□ 1.77
SHMT1P34896 PARL-206ENST00000435888 1098 ntTSL 5 BASIC26.1■■□□□ 1.77
SHMT1P34896 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
SHMT1P34896 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
SHMT1P34896 SEPT4-205ENST00000426861 1906 ntTSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
SHMT1P34896 ASCC1-204ENST00000394915 1510 ntTSL 5 BASIC26.09■■□□□ 1.77
SHMT1P34896 C5orf49-201ENST00000399810 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
SHMT1P34896 POLR3GL-201ENST00000369313 818 ntTSL 2 BASIC26.09■■□□□ 1.77
SHMT1P34896 MRPL14-201ENST00000372014 959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
SHMT1P34896 ASPDH-202ENST00000389208 1040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.09■■□□□ 1.77
SHMT1P34896 PRKCQ-AS1-204ENST00000455810 920 ntTSL 2 BASIC26.09■■□□□ 1.77
SHMT1P34896 SSPN-204ENST00000535504 419 ntTSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
SHMT1P34896 AL354811.1-201ENST00000610286 706 ntBASIC26.09■■□□□ 1.77
SHMT1P34896 RAB43-208ENST00000615093 783 ntTSL 5 BASIC26.09■■□□□ 1.77
SHMT1P34896 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
SHMT1P34896 AC099805.1-201ENST00000523987 1797 ntTSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
SHMT1P34896 LYRM1-201ENST00000219168 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.09■■□□□ 1.77
SHMT1P34896 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
SHMT1P34896 IMPA2-201ENST00000269159 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
SHMT1P34896 CCKBR-206ENST00000532715 1734 ntTSL 3 BASIC26.08■■□□□ 1.77
SHMT1P34896 BHLHA9-201ENST00000391429 902 ntAPPRIS P1 BASIC26.08■■□□□ 1.77
SHMT1P34896 JAGN1-201ENST00000307768 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
SHMT1P34896 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
SHMT1P34896 HSD17B14-201ENST00000263278 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
SHMT1P34896 PYY-201ENST00000360085 1053 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
SHMT1P34896 LHPP-203ENST00000392757 840 ntTSL 3 BASIC26.07■■□□□ 1.76
SHMT1P34896 DUX4L2-201ENST00000561772 1275 ntBASIC26.07■■□□□ 1.76
SHMT1P34896 DUX4-206ENST00000616166 1275 ntAPPRIS P2 BASIC26.07■■□□□ 1.76
SHMT1P34896 POLR2E-214ENST00000619917 932 ntTSL 5 BASIC26.07■■□□□ 1.76
SHMT1P34896 DUX4L6-201ENST00000626483 1275 ntBASIC26.07■■□□□ 1.76
SHMT1P34896 DUX4L1-201ENST00000627662 1275 ntBASIC26.07■■□□□ 1.76
SHMT1P34896 DUX4L8-201ENST00000629013 1275 ntBASIC26.07■■□□□ 1.76
SHMT1P34896 DUX4L3-201ENST00000630187 1275 ntBASIC26.07■■□□□ 1.76
SHMT1P34896 DUX4L7-201ENST00000630678 1275 ntBASIC26.07■■□□□ 1.76
SHMT1P34896 DUX4L5-201ENST00000630834 1275 ntBASIC26.07■■□□□ 1.76
SHMT1P34896 MRPS2-202ENST00000371785 1640 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.06■■□□□ 1.76
SHMT1P34896 CFP-202ENST00000377005 1435 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
SHMT1P34896 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
SHMT1P34896 NDUFAF1-201ENST00000260361 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
SHMT1P34896 AC123595.1-201ENST00000440769 1046 ntBASIC26.06■■□□□ 1.76
SHMT1P34896 AC034268.1-201ENST00000441047 882 ntBASIC26.06■■□□□ 1.76
SHMT1P34896 LINC01942-201ENST00000521373 513 ntTSL 4 BASIC26.06■■□□□ 1.76
SHMT1P34896 AGBL5-201ENST00000323064 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
SHMT1P34896 TMEM185B-201ENST00000426077 2131 ntAPPRIS P1 BASIC26.06■■□□□ 1.76
SHMT1P34896 FPGS-202ENST00000373228 1383 ntTSL 5 BASIC26.06■■□□□ 1.76
SHMT1P34896 STX18-205ENST00000505286 1380 ntTSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
SHMT1P34896 TRIM14-202ENST00000342043 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
SHMT1P34896 HMGA2-206ENST00000536545 1788 ntTSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
SHMT1P34896 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
SHMT1P34896 MFSD14C-201ENST00000375223 619 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.05■■□□□ 1.76
SHMT1P34896 ITGA9-AS1-210ENST00000457661 738 ntTSL 4 BASIC26.05■■□□□ 1.76
SHMT1P34896 AC093817.1-201ENST00000507296 812 ntTSL 3 BASIC26.05■■□□□ 1.76
SHMT1P34896 AL133516.1-201ENST00000633012 540 ntTSL 5 BASIC26.05■■□□□ 1.76
SHMT1P34896 AGTR1-203ENST00000404754 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
SHMT1P34896 ZNF517-207ENST00000531720 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
SHMT1P34896 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC26.05■■□□□ 1.76
SHMT1P34896 UBALD1-208ENST00000591401 1305 ntTSL 5 BASIC26.05■■□□□ 1.76
SHMT1P34896 PEX11G-203ENST00000593942 1345 ntTSL 5 BASIC26.05■■□□□ 1.76
SHMT1P34896 CTU2-201ENST00000312060 1672 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.05■■□□□ 1.76
SHMT1P34896 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
SHMT1P34896 AC084116.4-201ENST00000524320 484 ntTSL 2 BASIC26.04■■□□□ 1.76
SHMT1P34896 PTPN2-202ENST00000327283 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
SHMT1P34896 RAB24-201ENST00000303251 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
SHMT1P34896 R3HDM4-201ENST00000361574 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
SHMT1P34896 MIR222HG-201ENST00000602461 1379 ntTSL 5 BASIC26.04■■□□□ 1.76
SHMT1P34896 FAM185A-201ENST00000409231 1446 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.04■■□□□ 1.76
SHMT1P34896 ZNF837-202ENST00000597582 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.04■■□□□ 1.76
SHMT1P34896 AC096677.1-201ENST00000454651 1516 ntTSL 2 BASIC26.04■■□□□ 1.76
SHMT1P34896 RAD9A-201ENST00000307980 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
SHMT1P34896 CRB3-202ENST00000356762 733 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
SHMT1P34896 GUK1-207ENST00000366726 873 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC26.03■■□□□ 1.76
SHMT1P34896 ACYP1-205ENST00000555463 789 ntTSL 2 BASIC26.03■■□□□ 1.76
SHMT1P34896 MTX2-201ENST00000249442 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
SHMT1P34896 NPHS2-201ENST00000367615 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
SHMT1P34896 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.02■■□□□ 1.76
SHMT1P34896 LY6E-201ENST00000292494 1181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
SHMT1P34896 PRR25-201ENST00000301698 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
SHMT1P34896 YIF1B-202ENST00000337679 1257 ntTSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
SHMT1P34896 MPC1-202ENST00000360961 962 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.02■■□□□ 1.76
SHMT1P34896 FIZ1-205ENST00000592585 489 ntTSL 5 BASIC26.02■■□□□ 1.76
SHMT1P34896 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
SHMT1P34896 GALK1-201ENST00000225614 1445 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.02■■□□□ 1.76
SHMT1P34896 CAPG-201ENST00000263867 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
SHMT1P34896 CDCP1-202ENST00000425231 1416 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
SHMT1P34896 MAPK8IP1P2-201ENST00000580257 1472 ntBASIC26.02■■□□□ 1.76
SHMT1P34896 WT1-210ENST00000639563 1494 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
SHMT1P34896 CORO1A-201ENST00000219150 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
SHMT1P34896 FZD9-201ENST00000344575 2338 ntAPPRIS P1 BASIC26.02■■□□□ 1.76
SHMT1P34896 UBE2J2-203ENST00000360466 1047 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.01■■□□□ 1.75
SHMT1P34896 B3GALNT2-202ENST00000366600 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14 ms